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1. 개요
초기에는 1터미널만 개장했고 1992년 2터미널의 개장과 더불어 1터미널은 순차적으로 리노베이션 및 확장을 거쳤다. 2터미널 개장 후 초기에는 1터미널은 외항사, 2터미널은 일본항공과 전일본공수 양대 국적사(및 일부 외항사)의 허브 터미널로 사용하는 체제였다. 2006년 6월 2일 1터미널 확장 완료 후에는 ANA와 유나이티드 항공을 1터미널 남쪽 구역으로 이전하고 각 부분을 스카이팀, 스타얼라이언스, 원월드 등 각 항공동맹의 본진으로 사용하도록 했다. 2015년 4월 8일부터는 2터미널 북측의 화물터미널 부지를 일부 전용해서 제3여객터미널을 운영하고 있다. 이 3터미널은 LCC(저가항공사)전용으로 운영되고 있다. 참고한국 국적기 중 대한항공과 아시아나항공만 나리타를 오가던 2010년까지만 해도 국내 항공사는 1터미널을 벗어나지 못했다. 아시아나는 2006년 1터미널 남쪽 윙 재개장 전에는 2터미널을 이용했다. 그러다가 이스타항공이 인천-나리타 항공노선을 개설하면서 2터미널로 들어갔다. 2015년 4월 8일부로 제3터미널이 오픈함에 따라 제주항공 및 바닐라 에어 등은 기존 2터미널에서 3터미널로 옮기게 되었다.
나리타시바리(成田縛り), 한국어로는 "나리타 속박, 나리타 묶음" 정도로 번역되는 국토교통성의 지침으로 인해 나리타에 취항하던 외항사가 하네다에도 새로 취항할 경우 나리타 발착 항공편을 남겨두도록 하는 행정 지도정책이 시행되어 왔기 때문에 나리타, 하네다 모두 취항하는 항공사가 상당히 많다. 물론 어디까지나 공식 정책은 아니고 수면 아래의 행정지도에 불과하긴 하지만, 항공사들 입장에선 무시하기 어려워 일종의 정책처럼 여겨져 왔다.
하지만 버진 애틀랜틱항공이 나리타에서 철수하면서 일본과 영국이 마찰을 빚게 되었고, 런던-도쿄 운수권 문제까지 불거지면서 상황이 복잡해졌고 콴타스도 하네다로 옮기는 등 이 지침이 흔들리게 되었다. 그래서 델타항공도 나리타에서 철수, 하네다로 옮겨가기도 했기에 여전히 하네다-나리타를 모두 운항하는 항공사는 많지만 이전보다는 한 곳만 취항하는 항공사도 늘어났다. 그치만 여전히 양쪽 모두 운항하는 항공사도 많은 편. 특히 일본 항공사들은 여전히 많은 항공편, 특히 국제선을 두 곳 모두에서 띄우며 외국 FSC들의 주력 항공편들 역시 양 쪽 모두 운항하는 경우도 제법 있다. 특히 아시아의 플래그 캐리어들, 대한항공 및 아시아나항공이나 중국국제항공, 중국남방항공, 홍콩의 캐세이퍼시픽 항공, 필리핀 항공, 싱가포르항공, 북미의 유나이티드 항공, 에어 캐나다 등.
하지만 도심에 가까워 생기는 이착륙 상의 문제 때문에 하네다 자체의 슬롯은 제한되어 있고, 도심과의 이동 거리 상의 편의성[1] 등으로 인해 하네다는 운수권을 따기 어렵기에 대신 나리타로 오는 항공사들도 있다. 특히 나리타 발착은 운수권 제한이 해제되어 국내 저가 항공사들이 새로 도쿄에 취항하는 경우 십중팔구는 나리타로 온다. 실제로 하네다에 취항하는 국내 항공사는 대한항공과 아시아나항공뿐이고, 나머지 국내 LCC들은 나리타에 취항 중이다.
아래에서 [HND]라고 표기된 항공편은 하네다에서도 동일 목적지, 항공사의 항공편이 운항 중임을 의미한다. 즉 전일본공수의 호놀룰루[HND]이라면, 전일본공수가 호놀룰루 국제공항 행 항공편을 나리타에서도, 하네다에서도 띄운다는 뜻이다. 실제로 나리타발 호놀룰루행으로는 NH184편이 에어버스 A380으로, 하네다발 호놀룰루행은 NH186편이 보잉 787-9로 운항 중이다.
2. 1터미널
2.1. 국내선
| 항공사 | 국가 | 편명 | 취항지 |
| | NH | 나고야(중부)[HND], 오사카(이타미)[HND], 삿포로(신치토세)[HND] | |
| | MM | 오사카(간사이), 후쿠오카, 삿포로(신치토세), 오키나와(나하), 아마미, 이시가키 |
2.2. 국제선
2.2.1. 북쪽 윙(North Wing)
| 항공사 | 국가 | 편명 | 취항지 |
| | ZG | 동아시아 [[대한민국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]서울(인천) 동남아시아 [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]마닐라 [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]방콕(수완나품) [[싱가포르|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]싱가포르(창이) 북아메리카 [[캐나다|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 밴쿠버 [[미국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]호놀룰루, 샌프란시스코, 산호세, 로스앤젤레스 | |
| | MM | 동아시아 [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]타이베이(타오위안)[HND] | |
| | KE | 서울(인천)[HND], 부산 | |
| | LJ | 서울(인천), 부산 | |
| | CZ | 광저우[HND], 상하이(푸둥), 창춘, 선양, 다롄, 정저우, 선전 | |
| | MF | 샤먼, 푸저우 | |
| | [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 3U | 청두 |
| | HX | 홍콩 | |
| | [[몽골|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | M0 | 울란바토르 |
| | VN | 하노이[HND], 호찌민, 다낭 | |
| | [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | SL | 동아시아 [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]타이베이(타오위안) 동남아시아 [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]방콕(돈므앙)[13] |
| | [[브루나이|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | BI | 반다르스리브가완 |
| | [[방글라데시|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | BG | 다카 |
| | GA | 자카르타[HND], 발리(덴파사르)[16], 마나도 | |
| | LY | 텔아비브 | |
| | [[아랍에미리트|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | EY | 아부다비 |
| | AF | 파리(샤를 드 골)[HND] | |
| | KL | 암스테르담 | |
| | SB | 누메아 | |
| | [[캐나다|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | WS | 캘거리 |
| | [[멕시코|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | AM | 멕시코시티 |
2.2.2. 남쪽 윙(South Wing)
| 항공사 | 국가 | 편명 | 취항지 |
| | NH | 동아시아 [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]베이징(서우두)[HND], 상하이(푸둥)[HND], 광저우[HND], 다롄, 항저우 [[틀:국기|]][[홍콩|]][[틀:국기|]]홍콩 동남아시아 [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]마닐라[HND] [[베트남|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]하노이, 호찌민[HND] [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]방콕(수완나품)[HND] [[말레이시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]쿠알라룸푸르[HND] [[싱가포르|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]싱가포르(창이)[HND] [[인도네시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 자카르타[HND] 남아시아 [[인도|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]뭄바이 유럽 [[벨기에|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]브뤼셀 북아메리카 [[미국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]호놀룰루[HND]. 로스앤젤레스[HND], 샌프란시스코[HND], 시카고(오헤어)[HND] [[멕시코|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]멕시코시티 오세아니아 [[호주|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]퍼스 | |
| | NQ | 동아시아 [[대한민국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]서울(인천) 동남아시아 [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 방콕(수완나품) [[싱가포르|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | |
| | OZ | 서울(인천)[HND] | |
| | BX | 서울(인천), 부산 | |
| | RS | 서울(인천) | |
| | CA | 베이징(서우두)[HND], 상하이(푸둥), 다롄, 톈진[41], 항저우 | |
| | ZH | 선전 | |
| | BR | 타이베이(타오위안), 가오슝 | |
| | OM | 울란바토르 | |
| | TG | 방콕(수완나품)[HND] | |
| | SQ | 동남아시아 [[싱가포르|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 싱가포르(창이)[HND] 북아메리카 [[미국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]로스앤젤레스 | |
| | [[싱가포르|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | TR | 동아시아 [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]타이베이(타오위안) 동남아시아 [[싱가포르|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]싱가포르(창이)[48] |
| | HY | 타슈켄트 | |
| | TK | 이스탄불[HND] | |
| | [[폴란드|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | LO | 바르샤바(쇼팽) |
| | OS | 빈 | |
| | LX | 취리히 | |
| | MS | 카이로 | |
| | ET | 동아시아 [[대한민국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]서울(인천) 아프리카 [[에티오피아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]아디스아바바[56] | |
| | AC | 밴쿠버, 토론토(피어슨)[계절편][HND], 몬트리올 | |
| | UA | 동남아시아 [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 북아메리카 [[미국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]샌프란시스코[HND], 로스앤젤레스[HND], 덴버, 휴스턴, 뉴욕(뉴어크)[HND] 오세아니아 [[틀:국기|]][[틀:국기|]][[괌|]]괌 [[틀:국기|]][[틀:국기|]][[북마리아나 제도|]] 사이판 | |
| | NZ | 오클랜드 |
3. 2터미널
3.1. 국내선
| 항공사 | 국가 | 편명 | 취항지 |
| | JL | 나고야(중부)[HND], 오사카(이타미)[HND] |
3.2. 국제선
| 항공사 | 국가 | 편명 | 취항지 |
| | JL | 동아시아 [[홍콩|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 홍콩[HND] [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]타이베이(타오위안) 동남아시아 [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]마닐라[HND] [[인도네시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]자카르타, 쿠알라룸푸르 [[싱가포르|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]싱가포르(창이)[HND] [[베트남|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]하노이, 호찌민[HND] [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]방콕(수완나품)[HND] 남아시아 [[인도|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]뱅갈루루 유럽 [[독일|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]프랑크푸르트(암 마인) 북아메리카 [[미국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]호놀룰루[HND], 코나[계절편], 시애틀(타코마), 샌프란시스코[HND], 로스앤젤레스[HND], 샌디에이고, 보스턴 [[캐나다|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]밴쿠버 오세아니아 [[틀:국기|]][[틀:국기|]][[괌|]] 괌 [[호주|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]멜버른 | |
| | TW | 서울(인천), 대구 | |
| | ZE | 서울(인천) | |
| | YP | 서울(인천) | |
| | MU | 상하이(푸둥)[HND], 난징, 시안, 우한, 쿤밍, 칭다오 | |
| | [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | HU | 베이징(서우두)[HND], 시안 |
| | HO | 상하이(푸둥)[HND] | |
| | CX | 동아시아 [[틀:국기|]][[홍콩|]][[틀:국기|]]홍콩[85] [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]]타이베이(타오위안) | |
| | [[틀:국기|]][[홍콩|]][[틀:국기|]] | UO | 홍콩[HND] |
| | HB | 홍콩 | |
| | NX | 마카오 | |
| | CI | 타이베이(타오위안), 가오슝 | |
| | JX | 타이베이(타오위안) | |
| | CI | 타이베이(타오위안)[HND], 가오슝 | |
| | [[몽골|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | OM | 울란바토르 |
| | PR | 마닐라[HND], 세부 | |
| | 5J | 마닐라, 세부, 클라크 | |
| | QH | 하노이 | |
| | VJ | 하노이, 호찌민[HND] | |
| | | FD | 동아시아 [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 동남아시아 [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] |
| | XJ | 방콕(수완나품) | |
| | MH | 쿠알라룸푸르[HND], 코타키나발루 | |
| | [[말레이시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | D7 | 동아시아 [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 동남아시아 [[말레이시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] |
| | | OD | 쿠알라룸푸르 |
| | RA | 카트만두 | |
| | AI | 델리 | |
| | UL | 콜롬보 | |
| | EK | 두바이[HND] | |
| | QR | 도하[HND] | |
| | AY | 헬싱키[HND] | |
| | IB | ||
| | HA | 호놀룰루[HND] | |
| | AA | 댈러스-포트워스[HND] | |
| | FJ | 나디 | |
| | TN | 파페에테[112] | |
| | [[호주|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | QF | 멜버른, 브리즈번 |
4. 3터미널
4.1. 국내선
| 항공사 | 국가 | 편명 | 취항지 |
| | GK | 홋카이도 삿포로(신치토세), 아사히카와 간사이 오사카(간사이) 시코쿠 다카마쓰, 고치, 마츠야마 규슈 후쿠오카, 오이타, 나가사키, 구마모토, 미야자키, 가고시마 오키나와 오키나와(나하), 미야코(시모지시마) | |
| | IJ | 삿포로(신치토세), 히로시마 |
4.2. 국제선
| 항공사 | 국가 | 편명 | 취항지 |
| | GK | 동아시아 [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 상하이(푸둥) [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 타이베이(타오위안) 동남아시아 [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 마닐라 | |
| | IJ | 동아시아 [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] 상하이(푸둥), 하얼빈, 톈진, 난징, 닝보 | |
| | 7C | 서울(인천), 부산 | |
| | RF | ||
| | 9C | 상하이(푸둥)[HND] | |
| | [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | Z2 | 마닐라, 세부 |
| | JQ | 브리즈번, 케언즈 |
5. 화물 터미널
| 항공사 | 국가 | 편명 | 취항지 |
| 일본화물항공 | KZ | 앵커리지, 상하이(푸둥), 홍콩, 밀라노, 암스테르담, 시카고(오헤어), 뉴욕(JFK), 방콕, 싱가포르, 로스앤젤레스, 샌프란시스코, 댈리스-포트워스 | |
| ANA 카고 | NH | 상하이(푸둥), 시카고(오헤어), 칭다오, 다롄, 홍콩, 방콕, 서울(인천), 광저우, 샤먼 | |
| JAL 카고 | JL | 나고야(센트레아), 서울(인천), 상하이(푸동), 타이베이(타오위안), | |
| 스프링재팬[야마토] | IJ | 기타큐슈, 삿포로(신치토세), 나하 | |
| 대한항공 카고 | KE | 서울(인천), 로스앤젤레스 | |
| 아시아나 카고 | OZ | 서울(인천) | |
| 에어인천 | KJ | 서울(인천) | |
| 제주항공 카고 | 7C | 서울(인천) | |
| 에어홍콩 | LD | 홍콩 | |
| 캐세이퍼시픽 카고 | CX | 홍콩 | |
| 산동항공 | SC | 칭다오 | |
| 중국화운항공 | CK | 상하이(푸둥) | |
| YTO항공 | YG | 옌타이 | |
| 중화항공 카고 | CI | 타이베이(타오위안) | |
| FedEx Express | FX | 앵커리지, 서울(인천), 멤피스, 광저우, 상하이(푸둥) |
[1] 나리타에 비해 하네다에 도착 시의 도쿄 도심 이동 시간이 압도적으로 짧다.[SA] 스타얼라이언스[HND] 하네다 국제공항 발착편도 운항중[HND] [HND] 하네다 국제공항 발착편도 운항중[HND] [ST] 스카이팀[HND] [HND] [ST] 스카이팀[ST] 스카이팀[HND] [13] 타이베이(타오위안) 경유[ST] 스카이팀[HND] [16] 일부편 마나도 경유[ST] 스카이팀[HND] [ST] 스카이팀[ST] 스카이팀[SA] 스타얼라이언스[22] 인천행 노선을 모두 아시아나항공의 코드셰어로 전환하고 직접 운항하지 않고 있다. 다만 아시아나항공이 같은 터미널에 있는 만큼 혼동의 여지는 없다.[HND] 하네다 발착편도 운항중[HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [36] 2024년 4월 26일 신규 취항[SA] 스타얼라이언스[HND] [SA] 스타얼라이언스[HND] [41] 다롄 경유[SA] 스타얼라이언스[SA] 스타얼라이언스[SA] 스타얼라이언스[HND] [SA] 스타얼라이언스[HND] [48] 일부편에 한하여 타이베이(타오위안) 경유[SA] 스타얼라이언스[HND] [SA] 스타얼라이언스[SA] 스타얼라이언스[SA] 스타얼라이언스[SA] 스타얼라이언스[SA] 스타얼라이언스[56] 서울(인천) 경유[SA] 스타얼라이언스[계절편] [HND] [SA] 스타얼라이언스[61] 2024년 7월 31일 신규취항[HND] [HND] [HND] [SA] 스타얼라이언스[OW] 원월드[HND] [HND] [OW] 원월드[HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [HND] [계절편] [HND] [HND] [ST] 스카이팀[HND] [HND] [SA*] 스타얼라이언스 커넥팅 파트너[HND] [OW] 원월드[85] 일부편 타이베이(타오위안) 경유[HND] [ST] 스카이팀[HND] [HND] [HND] [91] 2024년 6월 16일 신규취항[92] 가오슝 경유[93] 2024년 6월 16일 신규취항[OW] 원월드[HND] [96] 2024년 5월 31일 신규취항[97] 타이베이(타오위안) 경유[98] 2024년 5월 31일 신규취항[SA] 스타얼라이언스[OW] 원월드[HND] [OW] 원월드[HND] [OW] 원월드[HND] [OW] 원월드[107] 2024년 10월 27일 복항[HND] [OW] 원월드[HND] [OW*] 원월드 커넥트[112] 2024년 05월 08일 - 10월 26일 임시 운항 중단 및 2024년 3월 말 운항 재개 예정[OW] 원월드[JAL] 국제선연결편에 한하여 JAL 공동운항[115] 2024년 5월 30일 신규 취항[HND] [117] 2024년 4월 20일 취항 예정.[야마토] 야마토 운수의 국내 화물 수탁 운항.