2001년 중반에 경기대영업소가 생기면서 경기대차고지로 연장해 양재역, 강남역, 신사역을 거쳐 서울역까지 갔는데 전면 행선판에 '수원'이라는 문구가 들어가 있어서 낚이기 쉬웠으나, 사실은 종점이 경기대학교일 뿐이고, 경기대학교는 수원 끝자락에 있는지라 이런 낚시 아닌 낚시가 벌어졌다. 역으로 차고지에서 바로 타려는 경기대생들의 수요도 제법 많았다.
2003년 3월 1일부터 강남대로를 경유하지 않는 노선이 됐다.
변경 직전의 5500번
2008년 9월 20일에 회차구간이 변경돼 세종문화회관과 삼성플라자를 경유하지 않게 됐다.
2010년 1월 4일에 남대문경찰서의 남대문로 과포화 정체해소 요청에 의해 본래 노선으로 환원됐다.
차고지를 경기대에서 광교신도시로 이전하면서 2011년 10월 5일부터 경기대 구간을 운행하지 않고, 광교차고지에서 출발해 광교신도시 일부를 지나간다. 이로 인해 경기대생들은 후문에서 8800번의 가축수송에 시달리거나 스쿨버스 정류장으로 달려가거나 혹은 M4101번으로 환승하러 수지 지역난방공사까지 나가게 됐지만, 이후 M5414번이 개통하면서 어느 정도 해결됐다.
2011년 10월 수지 광역버스 개편으로 인해 5500-2번이 운행했던 심야버스 노선을 대체운행하게 돼 심야가 되면 수지구간과 도심구간은 주간노선과 동일하지만 수지-강남간 심야승객을 위해 심야운행시 강남대로(양재시민의숲, 양재역, 강남역, 신논현역, 논현역, 신사역)로 운행했다. 용인시 시정소식 심야버스 판대기를 꽂고 다녔고 GBIS에는 5500-3번으로 등록했다. 하지만 서울 도심에서 좌석이 다 차 강남대로로 오면 콩나물 시루마냥 꽉꽉 채워 운행하는 바람에 2012년 9월 10일 강남대로 구간은 6800번이 대신하게 됐다.
2014년 8월 14일부터 서울역 방향 진행 시 서울백병원, 평화방송 중앙차로 정류장에서 남대문세무서 가변차로로 이전해 정차한다.
2017년 4월 19일에 평일과 토요일은 심야운행이 1회 감회돼 광교차고지 막차가 0시 반에서 0시로, 서울역 막차가 1시 40분에서 1시로 앞당겨졌다. 공휴일은 아예 심야운행이 폐지돼 광교차고지 막차가 22시 40분으로, 서울역 막차가 23시 50분으로 대폭 앞당겨졌다.
이용수요 감소 및 운송수지 악화를 이유로 2017년 9월 4일에 운행이 중지될 예정이었으나 11일로 연기되더니 그 마저도 취소됐다. 출퇴근 시간에는 입석 승객이 넘쳐나는데[1]
결국 한달 뒤 2017년 10월 10일에 폐선됐다. 다만 인가상으로는 폐선이 아닌 휴업상태라서 인가 10대가 여전히 잡혀있었으며 1263호를 제외한 나머지 차량들은 8100번으로 이동했다.
직행좌석버스 개편으로 3년 만에 광화문으로 재진입했다. 정확하게는 광화문 복원 및 광화문 광장 조성공사 때문에 이쪽을 지나는 노선 일부를 종각-무교동-명동-숭례문으로 돌렸던 것을 예전 경유로 환원한 것이다.
심야버스 역할에 꽤 충실한 편이었다. 상위호환 노선인 M4101번은 숭례문 막차가 0시인 반면 이 노선은 서울역버스환승센터 막차가 1시 40분이었기 때문.[2] 하지만 이 노선이 폐선되면서 1005-1번(서울역 막차 02:00)을 타고 분당으로 가서 택시를 이용해서 수지로 가야했으나 1005-1번도 폐선되면서 버스로 수지를 가는 방법은 9000번(서울역 막차 01:00)이나 422번(군자역 막차 01:45)을 타고 분당에서 택시를 타야한다.
[1] 운송수지 악화 이유를 이해 못하는 사람이 많은데 이용수요 감소 이유는 8200번과 M4101번이 개통하고 적자가 났기 때문이다. M4101번은 머내기업은행 다음에 대왕판교로를 지나 고속도로로 진입하는 반면 이 노선은 대왕판교로에 정차하는 정류장이 많아 시간을 많이 쏟기 때문이다.[2] 풍덕천동에서는 새벽 1시에도 이 노선 차량이 혼자 서울 방향으로 가는 모습을 볼 수 있었다.