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- 모든 경기는 왼쪽 팀이 홈 팀이다.
전국축구선수권대회가 공식 명칭에서 제외된 첫 대회
1. 1라운드
- 모든 경기는 3월 1일에 치러진다.
- 팀 분포
- K3리그: 8팀
- U리그: 4팀
| 한양대학교 (U) | 고려대학교 (U) |
| 1 | 0 |
| 청주 직지 FC (K3) | 삼척 신우전자 (K3) |
| 2 (7) | 2 (6) |
| 서울 유나이티드 (K3) | 용인 시민축구단 (K3) |
| 1 | 0 |
| 중앙대학교 (U) | 아현 FC (K3) |
| 7 | 1 |
| 구미 실트론 (K3) | 광주 광산 FC (K3) |
| 2 | 1 |
| 선문대학교 (U) | 양주 시민축구단 (K3) |
| 1 | 0 |
K3리그 3팀, U리그 3팀이 2라운드 진출에 성공했다.
2. 2라운드
- 모든 경기는 3월 7일에 치러진다.
- 팀 분포
- K3리그: 3팀
- U리그: 9팀
| 경희대학교 (U) | 광운대학교 (U) |
| 1 (5) | 1 (4) |
| 전주대학교 (U) | 서울 유나이티드 (K3) |
| 0 | 1 |
| 고려대학교 (U) | 청주 직지 FC (K3) |
| 1 (5) | 1 (4) |
| 홍익대학교 (U) | 중앙대학교 (U) |
| 0 | 1 |
| 연세대학교 (U) | 구미 실트론 (K3) |
| 0 | 2 |
| 숭실대학교 (U) | 선문대학교 (U) |
| 0 | 1 |
K3리그 2팀, U리그 4팀이 3라운드에 진출하였다.
3. 3라운드
- 모든 경기는 3월 8일에 치러진다.
- 팀 분포
- K3리그: 2팀
- U리그: 4팀
| 경희대학교 (U) | 서울 유나이티드 (K3) |
| 1 (4) | 1 (3) |
| 고려대학교 (U) | 중앙대학교 (U) |
| 1 (4) | 1 (5) |
| 구미 실트론 (K3) | 선문대학교 (U) |
| 2 (1) | 2 (4) |
U리그 3팀이 32강에 진출하였다.
4. 32강
- 모든 경기는 5월 13일에 치러진다.
- 팀 분포
- K리그: 15팀
- 내셔널리그: 14팀
- U리그: 3팀
| 포항 스틸러스 (K) | 홍천 이두 (N) |
| 7 | 1 |
| FC 서울 (K) | 김해시청 축구단 (N) |
| 2 | 0 |
| 인천 유나이티드 (K) | 경희대학교 (U) |
| 0 | 1 |
| 울산 현대 호랑이 (K) | 고양 국민은행 (N) |
| 1 (6) | 1 (7) |
| 제주 유나이티드 (K) | 강릉시청 축구단 (N) |
| 0 (5) | 0 (3) |
| 부산 아이파크 (K) | 울산 현대미포조선 (N) |
| 2 | 1 |
| 강원 FC (K) | 인천 코레일 (N) |
| 2 (4) | 2 (3) |
| 대전 시티즌 (K) | 천안시청 축구단 (N) |
| 2 | 0 |
| 경남 FC (K) | 안산 할렐루야 (N) |
| 1 | 0 |
| 광주 상무 (K) | 예산 FC (N) |
| 5 | 0 |
| 대구 FC (K) | 수원시청 축구단 (N) |
| 3 | 1 |
| 성남 일화 천마 (K) | 부산교통공사 축구단 (N) |
| 5 | 2 |
| 전북 현대 모터스 (K) | 창원시청 축구단 (N) |
| 1 | 0 |
| 전남 드래곤즈 (K) | 대전 한국수력원자력 (N) |
| 2 | 1 |
| 수원 삼성 블루윙즈 (K) | 노원 험멜 (N) |
| 1 | 0 |
| 선문대학교 (U) | 중앙대학교 (U) |
| 0 (2) | 0 (4) |
5. 16강
- 모든 경기는 7월 1일에 치러진다.
- 팀 분포
- K리그: 13팀
- 내셔널리그: 1팀
- U리그: 2팀
| 고양 국민은행 (N) | 포항 스틸러스 (K) |
| 0 | 4 |
| 제주 유나이티드 (K) | 광주 상무 (K) |
| 1 (4) | 1 (3) |
| 전남 드래곤즈 (K) | 강원 FC (K) |
| 1 | 0 |
| 전북 현대 모터스 (K) | FC 서울 (K) |
| 3 | 1 |
| 대전 시티즌 (K) | 경희대학교 (U) |
| 2 | 1 |
| 성남 일화 천마 (K) | 중앙대학교 (U) |
| 1 | 0 |
| 경남 FC (K) | 대구 FC (K) |
| 0 (4) | 0 (5) |
| 부산 아이파크 (K) | 수원 삼성 블루윙즈 (K) |
| 0 | 1 |
6. 8강
- 모든 경기는 7월 15일에 치러진다.
- 팀 분포
- K리그: 8팀
| 대구 FC (K) | 대전 시티즌 (K) |
| 0 (3) | 0 (5) |
| 제주 유나이티드 (K) | 전북 현대 모터스 (K) |
| 2 | 5 |
| 수원 삼성 블루윙즈 (K) | 전남 드래곤즈 (K) |
| 3 | 0 |
| 성남 일화 천마 (K) | 포항 스틸러스 (K) |
| 2 | 1 |
7. 준결승
- 모든 경기는 10월 7일에 치러진다.
- 팀 분포
- K리그: 4팀
| 대전 시티즌 (K) | 성남 일화 천마 (K) |
| 0 | 1 |
| 수원 삼성 블루윙즈 (K) | 전북 현대 모터스 (K) |
| 3 | 0 |
8. 결승
- 팀 분포
- K리그: 2팀
8.1. 스코어보드
| 2009 대한축구협회 FA컵 결승전 | ||||||||||||||||||||
| 11월 8일 | ||||||||||||||||||||
| 성남종합운동장 | ||||||||||||||||||||
| | VS | |||||||||||||||||||
| 성남 일화 천마 | 수원 삼성 블루윙즈 | |||||||||||||||||||
| K리그 | K리그 | |||||||||||||||||||
| 1(2) | 1(4) | |||||||||||||||||||
| 라돈치치 (27') | 에두 (87') | |||||||||||||||||||
| 중계방송사: | ||||||||||||||||||||
[1] 전/후반전까지 두 채널에서 동시에 생중계됐으며, 연장전 부터는 지상파 정규방송 편성 관계로 SBS Sports에서 끝까지 생중계됐다.