2020년 8월부터 2021년 1월에 발간되어 인저스티스가 시작되기 이전을 다룬 내용. 1~14화로 구성되있다.
저스티스 리그 멤버들을 포함해 저스티스 소사이어티까지 등장하며 조커로 인해 조커가 아포피스의 호부(마법의 부적)로 히어로들을 조종해 저스티스 소사이어티 멤버 일부가 죽고, 몇몇은 다른 세계관으로 뿔뿔히 흩어지는 상황이 생기면서 히어로들끼리 싸우게 만드는 악행을 벌이지만 슈퍼맨 일행이 조커의 악행을 막는다.
조커를 살려두면 또다른 희생자들이 생길수 있다며 죽여야한다는 원더우먼과 달리 조커를 죽이는데 반대하는 배트맨 사이에서 의견충돌이 생기자 슈퍼맨은 배트맨 의견에 따라 조커를 죽이지 않기로 결정한다.
심하게 중상을 입은 조커는 슈퍼맨에게 있어서 중요한 인물인 로이스 레인을 언급하며 사악한 계획을 세우게 되고, 남아있는 저스티스 소사이어티 멤버들은 다른 세계관으로 날아가버린 동료들을 찾아나서며 슈퍼맨 & 배트맨 & 로이스 레인과 작별한다.
모든 사건이 시작되는 거의 모든 계기가 집결된 작품. 배트맨의 주적인 조커를 두고 벌어지는 슈퍼맨과 배트맨 간의 심리적 갈등관계에 초점을 두고있다.
1화
인저스티스: 갓즈 어몽 어스 시간대로부터 5년 전, 클라크 켄트는 밤중에 로이스 레인과 자던 중 그녀 뱃속의 태아의 움직임 소리에 잠에서 깨어 그녀가 임신했다는 사실을 깨닫지만 한편으론 그녀가 위험에 처할까봐 불안해한다. 와중에 로이스는 핸드폰으로 부패 정치인이 항구에서 뇌물 거래가 있다는 익명의 제보를 받고 몰래 촬영하기 위해 지미 올슨과 항구로 출발한다. 그리고 슈퍼맨은 메트로폴리스에 있던 배트맨을 만나 임신 소식을 알리려 하던 찰나 배트맨은 슈퍼맨의 모습을 보고 단박에 로이스의 임신 사실을 알아채며, 슈퍼맨은 배트맨에게 대부가 되어줄 것을 부탁한다.
한편 지미와 로이스는 항구에서 부패 정치인을 발견하지만 사실 이는 변장한 할리퀸과 조커의 함정으로 조커는 올슨을 살해하고 로이스를 납치한다.
2화
다음날 아침까지 로이스가 귀가하지 않자 슈퍼맨은 항구를 탐색하다 사망한 지미와 조커의 표식을 발견한다. 한편 배트맨은 스타 연구소에 도착하여 도난 당한 물건이 크립토나이트라는 것을 알게 되며 연구원들은 메트로폴리스 담당인 슈퍼맨이 아닌 굳이 배트맨을 호출한 이유가 이 때문이라고 말한다. 와중에 슈퍼맨이 스타 연구소로 날아와 배트맨에게 조커의 표식을 보여주며 조커가 로이스를 납치했다고 말한다. 배트맨은 저스티스 리그 요원들에게 연락해 지원을 요청했고 플래쉬, 원더우먼 등의 도움으로 조사 끝에 조커가 스케어크로우를 살해하고 그의 공포 가스를 훔쳐서 잠수함으로 도주 중이라는 사실을 알아낸다. 이를 들은 슈퍼맨은 조커가 은둔한 잠수함을 찾아내 바닷속에서 들어올려 갑판을 뜯어냈고, 그 안에서 방독면을 쓴 채로 로이스의 몸 안에 무언가를 이식하고 있는 조커와 할리퀸을 발견한다. 슈퍼맨은 곧바로 로이스를 구하려 들지만 잠수함 내에 가득찬 어떤 가스에 취해 잠시 비틀거린다. 정신을 차려보니 앞에는 둠스데이가 있었고 슈퍼맨은 둠스데이를 막기 위해 그를 지구 밖으로 몰아낸다.
3화
이후 후발대 저스티스 리거들이 조커와 할리퀸을 포박하고 배트맨은 조커가 어떤 끔찍한 짓을 했는지 알게 된다.
배트맨이 우주로 나간 슈퍼맨에게 그가 보고 있는 둠스데이는 허상이라고 무전을 보내자 슈퍼맨은 정신을 차리고 자신이 막고자 했던 둠스데이가 사실은 로이스 레인이었다는 것을 알게 됐지만 이미 늦었다. 조커가 공포 가스와 크립토나이트를 조합해 슈퍼맨이 공포에 사로잡혀 로이스를 둠스데이로 착각하게 만든 것.
조커는 거기에 멈추지 않고 로이스의 심장이 멈추는 순간 메트로폴리스에 장치된 핵폭탄이 발동되게 해놓았고, 로이스가 우주에서 산소 부족으로 사망함과 동시에 메트로폴리스마저 소멸해버린다.
4화
이후 배트맨은 조커에게 왜 이런 짓을 저질렀냐면서 심문한다. 조커는 항상 배트맨에게 패배하니까 지루했다면서 "이지 모드"를 플레이하고 싶었다고 한다. 배트맨은 슈퍼맨이 절대 선을 넘지 않을거라고 단언하지만 조커는 "슈퍼맨은 인간인척 하는 신"이라면서 배트맨과는 다른 인물이기에 배트맨이 생각하는 대로 하지 않을 것이라고 한다.
그리고 조커의 예상대로 분노한 슈퍼맨은 조커를 찾으러 고담 시티로 향하고 이를 막으려는 할 조던까지 순식간에 무력화시킨 뒤, 고담 시티 경찰서 건물 벽을 부수고 처들어와 배트맨의 눈앞에서 조커를 꿰뚫어 죽여버렸다. 이로 인해서 조커는 죽어버린 대신에 지구상에서 가장 위대한 영웅으로 추앙받는 슈퍼맨의 정신을 무너트려 버림으로써 영원한 승리를 맞이했다.
5화
이 사건이 일어나고 얼마 뒤, 아캄 정신병원에 갇혀있던 할리 퀸은 경찰을 살해하고 예전 조커의 아지트로 탈출한다. 하지만 그린 애로우가 아지트 건물 앞에서 할리가 탈취한 경찰차를 보고 아지트에 들어와 할리를 붙잡는다.[1] 그린 애로우는 할리를 자신의 아지트에 데려온 뒤 자신이 할리를 살려주고 거기다가 자신의 아지트에까지 데려온 이유를 말해준다. 자신은 슈퍼맨 같은 힘있는 자가 자신의 힘으로 남을 죽이는 것이 싫었고, 친구인 슈퍼맨이 더 안좋은 방향으로 가는 것을 막기 위해 이전까지 적이었던 사람들과 힘을 합치기 위함이었던 것.
6화
조커를 죽여버린 후에 홀로 고통스러워하던 슈퍼맨[2]은 고독의 요새 안에서 세계 각지의 뉴스를 듣던중 중동의 독재자가 국민을 괴롭히는 소식을 듣고는 더이상 참지 못하고 날아간다. 독재자가 국민을 학살하던 곳에 도착해서 사람들을 구한 슈퍼맨은 독재자의 궁정으로 쳐들어가 이럴순 없다고 반발하는 독재자를 끌어내 학살당하던 사람들에게로 데려간다. 이때 원더우먼이 등장, 슈퍼맨을 진정시키고 다음날 UN의 인터뷰에서 자기 의견을 얘기하라고 조언한다.[3] 이를 받아들인 슈퍼맨은 다음날 UN에서 자신의 정체가 클라크 켄트임을 밝히고 더 이상은 세계의 악을 그대로 두지 않겠다고 선언, 자신이 지구를 진정 평화로운 곳으로 만들겠다고 천명한다.
7화
슈퍼맨의 간섭으로 중동을 압박하지 못하자[4] 정부는 슈퍼맨을 억제하려 하고 조나단 켄트와 마사 켄트 부부를 납치, 슈퍼맨을 협박한다.
8화
원더우먼은 저스티스 리그 대원들을 모아놓고 슈퍼맨의 양부모가 납치된 사실을 알린다. 슈퍼맨의 현 행보에도 불구하고 모든 리그원들은 슈퍼맨을 돕기로 한다. 악당들을 심문하다가 미러 마스터가 슈퍼맨의 부모를 가둬놓았다는걸 알게 되고 플래시는 캡틴 콜드를 찾아가 싸운뒤 미러 마스터의 위치를 알아낸다. 이후 미러 마스터에게서 슈퍼맨은 부모를 구하게 된다. 미국 대통령은 이 사실에 낙담해하고 백악관에 몰래 들어온 배트맨은 대통령에게 왜 그런 짓을 했냐고 따진다. 대통령은 배트맨과 대화를 나누면서 힘을 가진 자는 분명 타락한다는 얘기를 하지만, 배트맨은 이르러 '지구상에서 가장 강력한 남자'를 통제하려고 시도함으로써 오히려 그가 더욱 강경하게 행동할 의지를 주게 만들었다고 비난한다.[5]
9화
전쟁을 막기 위해 군인들을 공격하던 원더우먼에게 아레스가 찾아온다. 아레스는 원더우먼의 꿍꿍이를 묻고 원더우먼은 슈퍼맨을 도와 전쟁이나 다른 악이 존재하지 않는 세계를 만들것이며 그 목표를 위해 무슨 짓이든 할 것이라고 한다. 전쟁의 신인 아레스는 슈퍼맨과 원더우먼의 협력으로 전쟁이 없는 세상이 오면 자신의 힘이 없어질 것을 두려워해 원더우먼에게 반발하여 그녀를 제압하려다 그자리에 날아온 슈퍼맨에게 단숨에 제압당한 뒤 원더우먼에게 칼까지 박힌다. 슈퍼맨과 원더우먼이 자리를 떠난 후에 아레스는 슈퍼맨과 동조하는 원더우먼의 말대로 지구상에서 전쟁이 없어짐으로써 자신의 입지가 좁아지는 미래가 실현될 가능성을 고려하기 시작한다.
10화
배트 케이브에서 수련하던 데미안과 나이트윙은 슈퍼맨의 방문을 받는다. 슈퍼맨이 배트맨에게 자신의 양부모가 납치될때 뭘하고 있었냐고 따지자, 배트맨은 아무리 악인인 조커일지라도 그를 죽이는 것은 마음대로 결정할 일이 아니었으며 사람들에게 공포를 심었을 뿐이라고 받아친다. 슈퍼맨은 조커 단 한 명의 죽음으로 말미암아 악인들이 두려워하게 되어 세상은 훨씬 더 안전해졌다며 자신의 행보를 변호하나, 배트맨은 '모든 비극은 언제나 그 한 사람에서 시작된다'고 쓸쓸하게 말한다. 한편 일본의 포경선에 잡힌 고래가 죽어가며 아쿠아맨에게 고통을 호소하자 분노한 아쿠아맨은 포경선을 침몰시키고선 아틀란티스 병사들을 시켜 선원들을 죽여버리려 한다. 그 때 원더우먼, 샤잠, 할 조던, 호크 걸이 제지하고 협상을 제안하며 아쿠아맨과 함께 아틀란티스를 방문한다. 아틀란티스의 궁전에서 아쿠아맨은 지상의 인간들이 벌이는 환경오염과 해양생물 남획을 더는 용서할 수 없으니 가만있지 않겠다고 말하고, 원더우먼은 그가 너무 극단적이라고 비난하며 언쟁을 벌인다. 원더우먼과 아쿠아맨이 불안불안한 상태에서 협상을 하려던 중 아틀란티스 병사 중 하나가 실수로 원더우먼을 공격한다. 그와 동시에 협상은 결렬되고 당황한 아쿠아맨을 분노한 원더우먼이 공격한다.
11화
전편에서부터 갈등이 계속 이어져서 원더우먼, 샤잠, 할 조던, 호크걸은 아쿠아맨과 아틀란티스인들에 맞서 싸우고 슈퍼맨은 배트맨과 조커를 처단한 일로 언쟁을 한다. 슈퍼맨은 조커 처단을 계속 질책하는 배트맨을 답답해하며[6] 나중에는 배트맨이 조커를 좋아해서 그 때까지 살려둔게 아니냐며 비난하는[7] 동시에 배트맨이 자신을 이해해주길 바라지만[8] 배트맨은 "넌 나보다 더 나은 사람이다"라며 슈퍼맨이 마음을 돌리기를 바란다. 이후 슈퍼맨은 배트 케이브를 떠나고 알프레드는 떠나는 슈퍼맨에게 자신의 주인을 적대한 행위에 대해 불쾌한 의사를 내보인다.
12화
아쿠아맨을 막기 위해 슈퍼맨이 나서고 배트맨은 양측에 필사적으로 무전을 날려서 싸움을 중재하려고 하지만 슈퍼맨 측은 모조리 배트맨의 무전을 끊어버리고, 아쿠아맨 역시 배트맨의 말을 듣지 않는다. 결국 슈퍼맨과 아쿠아맨은 대치하게 되고 슈퍼맨은 당장 아틀란티스로 돌아가라고 했지만 아쿠아맨은 오히려 지상이 바다에 위협이 된다면 지상과 전쟁을 할 것이라고 엄포를 놓는다. 또한 아쿠아맨이 화물선들을 모두 격침시켜버리고 크라켄과 아틀란티스 군을 보내서 지상을 공격하기 시작한다. 슈퍼맨과 배트맨은 그를 비난하며 당장 중지하라고 하지만 아쿠아맨은 끝까지 거부한다.
이에 분노한 슈퍼맨은 원더우먼, 샤잠과 할 조던 등과 함께 아틀란티스를 사하라 사막으로 옮겨버린다. 이일로 슈퍼맨은 배트맨과 아쿠아맨한테 크게 실망하였고 아쿠아맨과의 협상에 본인은 가지않고 원더우먼을 대신 보낸다. 결국 아쿠아맨은 정전 협정을 받아들이고 바다로 돌아가고 슈퍼맨도 아틀란티스를 다시 원래대로 옮겨놓는다. 이후 사신으로 온 원더우먼에게 아쿠아맨은 슈퍼맨의 심정을 이해한다며 어려운 일이 있으면 조언을 해주겠다고 얘기하고 그가 로이스를 잃은 일에 대하여 진심으로 유감을 표한다는 걸 전해주라고 요청한다. 그러나 돌아온 원더우먼은 슈퍼맨에게 아쿠아맨이 도와주겠다고 한 얘기는 하지만 몰래 슈퍼맨을 사모하고 있던 그녀는 로이스에 대한 애도는 전해주지를 않는다.
13화
슈퍼맨의 지배가 점점 강해짐에 따라 호주에서 이에 반대하는 시위가 벌어지자 슈퍼맨과 원더우먼은 이를 진압하려 한다. 이때 한 아마추어 히어로가 정당히 시위할 권리를 주장하며 슈퍼맨과 원더우먼에 맞서지만 이내 공격당해 척추가 박살나고 만다. 플래시는 이 장면을 바로 앞에서 목격했지만 그를 구하기는 커녕 아무것도 하지 못한 자신에게 회의감을 느끼고, 그때 무전을 해킹한 배트맨의 호출을 받고 캔버라의 한 연구소로 가게 된다. 연구소에 있는 그 아마추어 히어로의 방은 플래시와 찍은 사진 그리고 히어로 포스터들로 가득했고, 이에 그가 자신을 동경해서 히어로가 되었다는 사실을 알게 된 플래시는 큰 충격을 받고 갈등하게 된다.
14화
고담 뉴스 앵커들을 죽이려던 투페이스를 간단히 제압한 슈퍼맨은 공식적으로 악인들을 '질병'으로 규정하고, 이들이 다시는 시민을 해할 수 없게 격리하겠다고 공표한다. 이에 저스티스 리그가 아캄 수용소로 갈 것을 직감한 배트맨과 나이트윙은 그들을 막기 위해 배트윙에 탑승하나, 데미안은 슈퍼맨이 아캄을 없앤다면 오히려 환영해야 하지 않나며 반문한다.[9] 아캄 정신병원에 에 도착한 배트맨과 나이트윙은 죄수들이 강제로 이송되는 것을 막으려 하나, 저스티스 리그가 나타나고 데미안까지 그들의 옆에 서게 된다.
* 15화
아캄 정신병원에서 배트맨은 슈퍼맨과 원더우먼의 노선을 비판하고 슈퍼맨이 아캄의 수용자들을 강제로 어딘가로 끌고가자 배트맨은 슈퍼맨의 지시를 따르는 사이보그를 공격한다. 슈퍼맨이 이를 저지하고 배트맨은 슈퍼맨을 비난하면서 분위기가 매우 험악해진다. 반면 5화에서 할리 퀸을 붙잡았던 그린 애로우는 "슈퍼맨은 독재자가 되어가는 거지 살인마가 되어가는게 아니다"며 할리를 아캄으로 데려와 일단 아캄에서 조용히 있으라고 한다. 하지만 배트맨과 슈퍼맨이 험악한 분위기를 풍기며 대치하는 모습을 보고 그린 애로우는 할리를 놔둔채 배트맨에게 가는 실수를 저지른다. 슈퍼맨을 보자 복수심에 휩싸인 할리는 가짜 수염에 숨겨놓은 락픽(...)으로 수갑을 풀고 간수를 기절시킨 다음 아캄의 모든 죄수들을 풀어버린다. 그리고 이 와중에 데미안 웨인이 솔로몬 그런디에게 붙잡히고 만다.
16화
슈퍼맨과 배트맨, 원더우먼, 그린 애로우, 블랙 카나리, 사이보그, 플래시, 나이트윙은 그런디, 킬러 크록, 투페이스, 빅터 쟈즈를 제압하고 데미안을 구해준 뒤 나머지 죄수들을 각자의 감방에 넣는데 힘을 쓴다. 반면 데미안은 죄수들을 감방에 집어넣으면서 리들러를 제압하고는 그가 저질러온 악행에 분노하면서 인정사정 없이 두들겨팬다.[10] 이에 나이트윙은 데미안에게 '로빈은 쓰러진 사람을 건드리지 않는다'며 자제하라 하지만 데미안은 화를 참지 못하고 곤봉을 나이트윙의 머리를 향해 던져버리는데...
나이트윙이 머리를 맞은 뒤 균형을 잃고 넘어지면서 목이 부러져 사망한다.[11][12][13]
이 장면을 보고 데미안과 다른 히어로들은 물론 죄수들마저 함께 멘붕을 경험하고 배트맨은 절규한다. 데미안은 자신의 행동을 크게 후회하고 슬퍼한다.
17화
나이트윙을 잃고 집에 처박혀 일주일째 나오지 않는 배트맨이 걱정된 슈퍼맨은 부잣집을 도둑질하던 캣우먼에게 나이트윙의 죽음을 말해주며 배트맨을 도와달라고 부탁한다. 캣우먼은 슈퍼맨 때문에 많은 사람들이 죽었다고 비난하면서 배트맨을 도와주기로 결심한다. 이후 평상복으로 갈아입고 배트맨의 집으로 찾아간다. 하지만 아무리 문을 두드리고 벨을 눌러도 답이 없자 캣우먼은 직접 문을 따고 들어가 상심하며 술을 마시던 알프레드와 만나 배트맨의 안부를 묻는다. 그리고 배트케이브로 내려가서 대련기둥을 주먹으로 피가 나도록 때리는 배트맨을 만류하며 그를 안아주며 달랜다.
18화
고담시 하늘에 배트 시그널이 뜨고 캣우먼과 배트맨은 고든 청장을 만나러 출동한다. 하지만 그곳에 있던 사람은 고든이 아니라 대통령이었고, 그는 슈퍼맨을 막기위해 배트맨에게 도움을 청한다. 배트맨은 이미 대통령이 자신한테 도움을 청하러 올줄 알았다면서 도움을 약속하고 슈퍼맨과 대항할 히어로들을[14] 모은다. 한편 슈퍼맨은 눈에서 붉은 빔을 내뿜으며 이스라엘과 팔레스타인의 평화조약을 중재(...)한다.
19화
슈퍼맨, 원더우먼과 함께 블랙 아담을 제압한 샤잠은 지나칠 정도로 과격한 슈퍼맨과 원더우먼, 그리고 슈퍼맨을 블랙 아담처럼 공포의 대상으로 보는 시민들을 본다. 다음날 빌리 뱃슨은 거리의 시민들에게 현재 히어로들의 모습을 어떻게 생각하는지 물어보고 영상으로 담는다. 그리고 자신은 이런 상황에서 어떤 위치에 서있고 어떻게 행동할 것인지 자문자답하는 시간을 갖는다.
20화
메트로폴리스에 핵이 터진지 1달이 되었을 때, 미국의 모든 라디오에서 어떤 사람의 구조요청이 흘러나온다. 할 조던과 원더우먼, 슈퍼맨은 생존자를 찾기 위해 메트로폴리스를 뒤지고 메트로폴리스 지하의 어느 벙커에서 그 생존자를 찾아낸다. 그 생존자는 바로 렉스 루터. 이 세계관에서의 렉스 루터는 악당이 아니라 슈퍼맨의 친한 친구라 슈퍼맨과 렉스 루터는 반가워하며 기뻐한다. 한편 배트맨은 '정체를 알 수 없는 누군가'로부터 렉스 루터 밑에서 일하던 스피드스터 초능력자[15] 덕분에 렉스가 생존했던 걸 알게되고 루터의 행방을 궁금해한다. 그 시각 렉스 루터는 저스티스 리그 와치타워에서 자신이 슈퍼 히어로들의 진짜 신분을 진작에 파악했으나 아무에게도 밝히지 않았음을 증명하고, 자신도 저스티스 리그에 들어가게 해달라고 부탁한다.
* 21화
배트맨의 명령에 의해 블랙 라이트닝과 헌트리스는 슈퍼맨의 편인 호크걸을 납치해 아지트에 일주일 동안 감금하려고 한다. 한편 원더우먼은 모가디슈의 난민 캠프에 가서 남성 군인들이 여성 난민들을 희롱하는 걸 보고는 화가 치밀어 그들을 모두 제압한 다음,[16] 군인들의 총을 뺏어 여성 난민들에게 줘 남성 군인들이 죽도록 방치한다. 그리고 와치타워에선 사라진 호크걸을 찾을 계획을 세우는데 분명 배트맨의 아지트에 있어야 할 호크걸이 와치타워에 등장한다.
22화
와치타워에 돌아온 호크걸은 배트맨이 하고픈 말인 '슈퍼맨이 강제로 평화를 강요하는 걸 멈춰달라'고 부탁해주는 대신 자신은 바로 풀려났다고 말한다. 슈퍼맨의 행동에 불만이 있던 플래시와 샤잠은 이 말을 듣고 슈퍼맨의 행동을 따지기 시작하나 슈퍼맨을 지지하는 데미안 웨인은 이건 배트맨의 함정이라고 주장한다. 이 현장을 보던 루터는 슈퍼맨이 지구인과 소통이 부족했음을 말해주고 시민과 대화를 하는 걸 추천한다. 그리고 슈퍼맨은 파리에서 수많은 인파 앞에서 연설을 한다. 한편 아포콜립스에서 칼리박은 다크사이드한테 슈퍼맨이 지구의 군대를 무장해체하고 있으니 지금이 지구를 공격할 가장 좋은 시기라고 말하자 다크사이드는 침공을 허용해 칼리박은 군대를 이끌고 지구를 침공한다. 그리고 다크사이드는 블랙 레이서를 고문한다. 슈퍼맨은 소통을 위해 메트로폴리스 시민들이 모인 광장에서 연설을 하는데 이때 갑자기 하늘에서 차원문이 열리며 아포콜립스의 군대가 쏟아져나와 메트로폴리스를 공격했고 시민들을 학살하기 시작했다.
23화
아포콜립스 군대의 공격은 파리 뿐만 아니라 지구의 모든 지역이 대상이었고 지구 곳곳이 공격당하기 시작했고 수많은 사람들이 학살당한다.[17] 슈퍼맨은 맞서 싸우며 저스티스 리거들에게 아포콜립스의 군대를 부탁하고 자신은 칼리박과 싸운다. 칼리박은 싸우면서 슈퍼맨을 계속 도발하고 사람들의 공포에 차고 학살당하는 비명소리를 들은 슈퍼맨은 히트비전만으로 수많은 아포콜립스 병사들을 없애버릴 정도로 분노한다. 한편 배트맨과 그의 동료들 또한 아포콜립스 군대와 싸울 채비를 하고 블랙 카나리는 이럴 땐 슈퍼맨과 다시 힘을 합쳐야 한다고 주장한다.
24화
아포콜립스의 군대가 엄청난 규모로 쳐들어왔던지라 히어로들의 분전에도 전세가 갈수록 불리해지며 피해도 커지기 시작한다. 배트맨도 고담에서 동료들과 필사적으로 싸우나 부상을 입고 위기에 몰린다. 화가 머리 끝까지 난 슈퍼맨은 칼리박을 죽여버리고 초고속으로 대화를 나눌 수 있는 유일한 상대인 플래시에게 지구를 구하기 위해 아포콜립스 군인들을 죽여야 하지 않겠냐고 호소한다. 플래시는 자기가 슈퍼맨에게 살인 허가를 내줄 수는 없다고 말하지만, 자신의 초고속 생각 속도에도 불구하고 살인 외에 수많은 사람들을 효과적으로 아포칼립스의 침공으로부터 구할 방법은 없다는 말을 들은 이후 슈퍼맨은 자신이 직접 나서서 전 지구의 아포콜립스 군대를 순식간에 전부 죽여버린다. 가루처럼 찢어진 아포콜립스 군대의 잔해가 비처럼 하늘에서 내린다. 그리고 사람들은 그 잔해들을 맞으며 자신을 구해준 슈퍼맨에게 환호한다.
* 25화
슈퍼맨의 과격한 행보가 결과적으로 지구를 구하게 되자[18] 지구인들에게서 슈퍼맨에 대한 지지가 높아졌고 배트맨의 팀 내부에서도 헌트리스가 슈퍼맨이 옳은 것이 아니냐는 의견을 내고 배트맨의 독선에 반발하며 언쟁을 벌인다. 하지만 배트맨은 헌트리스가 떠나려고 할 때 슈퍼맨이 일반인을 초인으로 만들어주는 약물을 이용해 사적인 군대를 만들고 있음을 알고 있다고 말하며 자신을 모두가 믿을 수 있도록 가면을 벗어 자신이 브루스 웨인임을 팀원에게 털어놓는다.[19] 슈퍼맨은 승리했지만 수많은 사람들이 사망한것을 알고는 슬퍼하고 원더우먼은 슈퍼맨을 위로해준다. 그리고 슈퍼맨을 추앙하는 폭력적인 종교집단이 슈퍼맨을 비판하는 시위를 하는 시민들을 상대로 행패를 부리는 걸 해결하기 위해 컬티스트와 싸움을 시작한다. 하지만 곧 슈퍼맨, 원더우먼, 할 조던이 등장해 자신이 해결할 일이라며 배트맨 팀과 종교집단을 돌려보낸다. 배트맨과 슈퍼맨은 전쟁 이후 처음으로 대면하지만 둘은 한 마디도 주고받지 않는다.
26화
배트맨이 알고 있던 정보대로, 슈퍼맨과 렉스 루터는 일반인을 초인으로 만드는 약물을 개발하는데 성공한다. 하지만 루터로부터 이 결과물을 본 켄트 부부는 자신의 아들에게 필요한 건 이런 약물이 아니라 속내를 털고 이야기할 대상이라며 부정적인 반응을 보이고, 슈퍼맨으로부터 소식을 들은 플래시는 슈퍼맨에게 이건 매드 사이언티스트나 할 짓이라며 항의하여 슈퍼맨이 달랜다. 이후 슈퍼맨과 플래시는 체스를 두며[20] 서로의 생각을 주고받으며 토론을 한다.
슈퍼맨은 총기의 위험함을 역설하며 플래시에게 모든 총을 없애지 않겠냐고 제안하지만 플래시는 그렇게 따지면 다음은 담배, 다음은 과속 운전자, 다음은 맹견 사육자 등등 모두 다 체포해야겠다며 수퍼맨을 비꼰다. 그러면서 체스 게임에서 계속 슈퍼맨을 이긴다. 반면 켄트 부부는 루터에게 아들의 어린 시절을 이야기하며 "우리 아들이 '세상을 요새 속에 가두고 안전하게 만들었다'고 생각할까봐 두렵다. 만일 내 아들로부터 세상을 구해야할 날이 오면 자네가 우리 아들을 구할 방법을 찾아주게"라고 부탁한다.[21]
27화
슈퍼맨은 저스티스 리그 회의에서 이 초인 약물을 이용해 세상을 지킬 영웅들을 양성할 것을 말한다. 이에 데미안은 신기해하는 반응을 보였고 호크걸은 악용될 수 있음을 걱정한다. 그날 밤 데미안은 몰래 약물 하나를 빼돌리고, 배트 케이브로 가서 나이트윙의 코스튬을 보고 알프레드와 인사를 나눈다. 그때 배트맨이 등장해 알프레드의 조언에 따라 데미안과 대화화려 했으나 나이트윙이 죽은 날 배트맨이 자신을 내버려두고 간 것 때문에 빡쳐있던 데미안은 그 동안의 서운함과 분노를 털어내다가 자신을 말리려는 알프레드를 밀쳐버린다.여기서 알프레드까지 죽었으면 데미안은 조커보다도 더 많은 배트 패밀리를 죽인 게 된다 약물의 효과가 이렇게 강한지 몰랐다며 데미안은 당황하지만 이내 분노하여 덤벼드는 배트맨까지 밀쳐낸다. 이때 배트맨이 배트 케이브의 거대한 (투페이스의)동전 장식에 부딪혀 동전이 쓰러지면서 하마터면 알프레드가 깔려 죽을 뻔하나, 갑자기 등장한 호크걸이 알프레드를 구해준다. 호크걸은 데미안에게 와치타워로 돌아가자고 말하지만 데미안은 배트케이브의 위치도 모르는 호크걸이 뜬금없이 왔다는 것, 계속해서 배트맨 측 입장을 대변했다는 것, 그리고 저렇게 거대한 구조물을 받칠만큼 강하지는 않다는 것을 통해 호크걸의 정체를 눈치채고 불을 지른다. 가짜 호크걸이자 정체를 알 수 없는 배트맨의 정보원은 바로 마샨 맨헌터였음이 밝혀지고, 그가 불 때문에 당황하는 사이 데미안은 와치타워로 도주한다.
28화
다음날 데미안은 슈퍼맨에게 배트맨의 계획과 마샨 맨헌터가 스파이로 와치타워에 있었음을 고자질해버린다. 그리고 배트맨이 저스티스 리그원 모두의 정보와 약점과 가족관계를 알고 있으며 맘만 먹으면 이를 이용한 공격을 할 것임을 경고한다. 슈퍼맨은 이에 대항해 공격적으로 대응해 배트맨의 정체를 전세계에 방송으로 공개하려고 한다. 방송에 의해 배트맨의 정체가 전세계에 공개되기 직전 배트맨은 와치타워의 생명유지장치, 중력장치를 비롯한 모든 장치를 꺼버리고 타워가 지구로 추락할 상황을 만든다. 하지만 슈퍼맨은 이에 굴하지 않고 인터넷 SNS를 이용해 배트맨의 정체를 기어이 폭로해버리고 추락하는 와치타워를 안전하게 착륙시킨다. 수많은 기자들이 웨인의 집 앞에 몰려들고 배트맨은 사람들을 피해 저택을 버리고 숨을 준비를 한다.
29화
슈퍼맨과 원더우먼, 플래시, 할 조던은 호크걸을 구하기 위해 배트케이브로 간다. 거기서 배트맨은 당당하게(?) 슈퍼맨을 맞이한다. 배트맨은 호크걸은 이미 풀어줬으며 할일을 다 했다면 물러가라고 말하나 원더우먼은 배트맨에게 깝치지 말라며 위협협박을 한다. 하지만 원더우먼의 말을 배트맨은 싹 무시한 뒤 하늘로 날아오른다.(!) 알고보니 배트맨은 이미 도망쳤고 마샨 맨헌터가 배트맨으로 변신한 뒤 슈퍼맨을 맞이한 것. 슈퍼맨과 원더우먼과 할조단은 마샨 맨헌터를 쫒아가지만 마샨 맨헌터는 이내 몸을 투명화해 할 조던을 바다로 떨어뜨려 버리고 원더우먼은 할을 받으러 내려간다. 마샨 맨헌터는 슈퍼맨에게 자신의 화성에서의 기억을 보여주며 그를 설득하려 노력하지만 곧 원더우먼이 다시 올라온다. 마샨 맨헌터는 슈퍼맨을 올바르지 않은 길로 유도하는 원더우먼의 폭력성과 오만함을 경고하기 위해, 변신술을 이용해 원더우먼의 몸 내부까지 들어가 그녀를 제압한다.
원더우먼은 슈퍼맨에게 히트비전을 자신에게 쏴달라고 부탁하고 슈퍼맨은 진짜로 히트비전을 원더우먼에게 쏴버린다. 마샨 맨헌터는 온몸이 불에 활활 탄채 원더우먼에게서 떨어져 바다로 추락해버린다.
30화
6년 전[22] 메트로폴리스에서 사는 한 소년은 언덕에서 자전거를 타다가 돌부리에 걸려 넘어진다. 이 소년 앞에 슈퍼맨이 등장해[23] 소년에게 괜찮냐고 물어본 뒤 바퀴가 휘어진 걸 보고 자신이 다시 맞춰보겠다고 손보다가 오히려 바퀴를 더 망가뜨린다. 슈퍼맨은 소년에게 웃으며 소년에게 집까지 데려다 주겠다고 말한 뒤 소년을 데리고 하늘을 날아 소년을 집으로 데려다준다. 하늘을 날은 경험이 너무나 좋았던 소년은 한번 더 날아보고 싶어 자신의 집 앞에서 여긴 제 집이 아니라고 거짓말을 하나 슈퍼맨은 웃으며 "더 날고 싶어서 거짓말 하는거지? 좋아 한번 더 날아보자"며 소년의 소원을 들어준 뒤 소년을 집에 데려다 준다. 이후 슈퍼맨은 강도를 막고 뒷골목을 떠나 더 나은 삶을 살으라며 친절하게 조언을 해주고 로이스 레인과 짧지만 다정한 대화도 나눈다. 다음날 슈퍼맨은 소년에게 새 자건거 바퀴를 주고 괴력보단 스패너를 쓰는 게 좋겠다며 농담을 건넨다. 6년 후 소년은 항상 분노에 찬 모습인 슈퍼맨을 TV로 보며 6년전의 슈퍼맨을 그리워한다.
31화
배트맨은 팀원들에게 마샨 맨헌터의 죽음을 알리고[24], 초인 약물을 빼돌리기 위해 고독의 요새에 잠입하려 한다. 본래 배트맨은 캣우먼, 블랙 카나리, 캡틴 아톰만 데려갈 생각이었지만[25], 그린 애로우가 끝끝내 따라붙고 만다. 결국 배트맨 일행은 대통령이 미국 군대 일부를 한반도로 진격시켜 슈퍼맨의 주의를 끌어준 사이 고독의 요새에 잠입하는 데는 성공했지만, 그 안에서 켄트 부부를 만나게 되고 예상치 못한 상황에 배트맨은 크게 당황한다. 그 즉시 배트맨은 목적도 뒤로 미루고 후퇴하려 하지만[26], 바로 그 순간 대통령의 유인책이 속임수라는 걸 간파한 슈퍼맨이 들이닥치고 만다.
32화
캡틴 아톰은 슈퍼맨에게 반격하고, 그 와중에 고독의 요새 입구가 무너져 그린 애로우는 홀로 켄트 부부와 함께 요새 안쪽에 고립된다. 블랙 카나리는 절대 그린 애로우를 홀로 남겨둘 수 없다며 버티려 했지만, 결국 슈퍼맨이 일단 자리를 뜨면 즉시 구하러 오겠다 약속하고 잠시 모두 후퇴한다. 한편 캡틴 아톰은 슈퍼맨을 점점 몰아붙이고, 사실 펜타곤이 슈퍼맨을 없애라는 명령을 내렸음을 털어놓으며 그를 없애려 한다. 하지만 그 때 원더우먼이 둘 사이로 난입, 원더우먼의 마법의 칼이 캡틴 아톰의 목에 상처를 낸다. 그로 인해 캡틴 아톰의 피부가 감싸고 있던 에너지가 불안정해져 폭주하기 시작하고[27], 이것이 마지막 기회가 될 것임을 직감한 캡틴 아톰은 그대로 슈퍼맨을 끌고 우주로 벗어나 자폭한다. 그리고 그를 막으려던 원더우먼도 폭발에 휘말린다.
33화
핵공격에 준하는 자폭에도 불구하고 슈퍼맨은 살아남는다. 가까스로 정신을 차린 슈퍼맨은 플래시를 불러 역시나 자폭으로 큰 부상을 입고 정신을 잃은 원더우먼을 넘겨주며 캡틴 아톰과 배트맨이 자신을 죽이려 했다고 전하고[28], 이에 플래시는 큰 충격을 받는다. 분노한 채 요새로 돌아온 슈퍼맨의 앞에는 부모님과 함께 있는 그린 애로우가 있었고, 대체 무슨 일이냐 묻는 켄트 부부에게 슈퍼맨은 미국 정부가 자신의 죽음을 사주했음을 밝히며 그린 애로우에게 이에 대해 알고 있는 걸 털어놓으라 윽박지른다. 이에 그린 애로우는 천연덕스럽게 질문을 넘기며 [29], 최대한 슈퍼맨의 주의를 돌리며 빼돌린 초인 약물 한 알을 화살에 실어 밖으로 쏘아보내려 하지만 슈퍼맨이 튕겨낸 화살 하나가 그만 조나단 켄트의 어깨에 맞아버리고 만다.
가까스로 약물을 실은 화살을 배트맨이 있는 쪽에 쏘아 보내는 데 성공했지만, 블랙 카나리를 떠올리는 것을 마지막으로 그린 애로우는 그대로 이성을 잃은 슈퍼맨의 손에 목숨을 잃는다.
34화
이성을 잃은 채 계속해서 그린 애로우의 시체에 주먹질을 하던 슈퍼맨을 끝내 초인 약물을 먹은 마사 켄트가 붙잡아 제지하고, 무심코 약물을 두었던 곳을 향해 시선을 돌린 슈퍼맨은 곧 약물이 하나 더 사라진 것을 알게 된다. 곧 배트맨을 쫓아가려는 슈퍼맨을 조나단이 날 이대로 놔둘 셈이냐며 멈춰세우려 하지만 온통 배트맨이 가져간 약물의 존재에 정신이 팔린 슈퍼맨은 듣지 않고, 그 때 친아버지인 조-엘의 화상이 떠올라 살인을 저지르고 그걸 정당화하는 슈퍼맨에게 비난을 가한다. 뒤늦게 조금 정신을 차린 슈퍼맨은 자신이 저지른 참상을 보고 멘붕하지만 곧 이건 모두 배트맨 때문이라며 다시금 격노. 세 부모님의 만류와 설득에도 슈퍼맨은 결국 배트맨을 쫓아 고독의 요새를 떠나고, 남겨진 켄트 부부와 조-엘은 아들의 상실을 슬퍼한다. 양부모들은 당신의 아들을 잘못 키워 죄송하다며 눈물을 흘리고, 조-엘은 여러분에게 이런 일이 닥치게 해서 죄송하다고 서로 사과한다. 한편 그린 애로우가 빼돌려준 약물을 가지고 기지로 돌아온 배트맨은 그린 애로우와 캡틴 아톰의 행방을 묻는 나머지 팀원들에게 우리가 알던 슈퍼맨은 사라져 버렸다고 씁쓸히 고하며, 전부 어딘가 깊이 숨을 것을 명령하고 약물의 분석과 합성을 위해 홀로 배트케이브로 향한다. 이에 캣우먼이 슈퍼맨이 당신을 죽이려 할 거라며 말리고 함께 가려 하지만 배트맨은 그녀를 수면 가스로 잠재우고 결국 홀로 떠난다.
35화
홀로 배트케이브에서 약물을 분석하는 배트맨의 앞에 어떤 의문의 메시지가 도착한다. 슈퍼맨이 그를 향해 가고 있으며 당장 도망치라고 메시지는 경고하지만, 배트맨은 약물 합성을 끝마치기 위해 끝끝내 케이브에 남는다. 얼마 지나지 않아 슈퍼맨이 케이브에 도착하고, 여기서 슈퍼맨은 배트맨을 아캄 정신병자들의 근원이라고 부르며 매도한다. 컴퓨터가 약물을 분석할 시간을 벌기 위해 배트맨은 그린 애로우에 대한 죄책감을 자극하고, 슈퍼맨과 로이스의 결혼식 영상을 트는 등 슈퍼맨의 마음 이곳저곳을 들쑤시며 그와 설전을 벌인다[30]. 그러다 마침내 컴퓨터가 약물 분석을 거의 끝내자 배트맨은 초음파를 가동시켜 슈퍼맨이 괴로워하는 사이 약물을 빼돌려 탈출하려 하지만 약물에 채 손이 닿기도 전에 슈퍼맨이 배트맨의 팔을 움켜쥐고, 붙잡은 배트맨을 향해 슈퍼맨은 그를 죽이지는 않겠지만 더 이상 배트맨이 자신 또는 세계에 해를 끼치게 놓아둘 수 없다고 선언하며
슈퍼맨은 배트맨을 아직 살아남아 있는 나머지 고담 빌런들과 함께 유폐하려 하지만 곧 배트맨이 자신과 싸운 것이 시간을 벌기 위함이었음을 깨닫게 된다. 분석한 약물의 데이터를 어디로 빼돌렸느냐고 윽박지르지만 배트맨은 입을 열기는커녕 변해버린 슈퍼맨을 향해 질타를 날린다.[31] 순간 말문이 막힌 슈퍼맨의 뒤로 알프레드가 다가온다.
분석이 완료된 약물을 복용해 메타휴먼화된 알프레드는 슈퍼맨에게 실망했다고 말하고[32]더이상 슈퍼맨이 자신의 가족을 해하게 놔두지 않겠다고 외치며 순간 방심한 슈퍼맨의 허를 찔러 사정 없이 두들겨 패 쓰러뜨리고 배트맨을 챙겨 사라진다.
다음 날 UN회의에서 슈퍼맨은 배트맨을 테러리스트로 공표하며, 자신들이 세계를 선도할 것임을 선포한다.
이어1의 사건이 랜턴 군단 전쟁으로까지 확장되는 에피소드. 이전 이어에서 조커로 인해 이미 피폐해진 슈퍼맨이 그린 랜턴의 주적인 시네스트로의 계략에 의해 완전히 타락하게 되는 이야기.
1화
과거 회상으로 시작. 어느 행성을 구하고 지구로 돌아온 할 조던, 블랙 카나리, 그린 애로우는 어느 바에 들러 휴식시간을 가진다. 어느 불량배들이 블랙 카나리에게 집적대고 까불대는 그린 애로우에게 시비를 걸자 블랙 카나리는 불량배들을 떡실신 시켜버린다. 그리고 서로 닭살 행각을 벌이는 블랙 카나리와 그린 애로우를 보고 할 조던은 자기가 찬밥신세라며 한탄한다. 시간은 현재로 돌아와서 그린 애로우의 장례식. 블랙 카나리는 할 조던과 둘만 남은 상태에서 할에게 슈퍼맨을 계속 따를거냐고 따지고 할은 긍정하며 변명하려고 하지만 블랙 카나리는 듣가 싫다며 가버리라고 한다. 뒤이어 슈퍼맨이 나타나 변명하지만 분노한 블랙 카나리는 슈퍼맨에게 음파 공격을 시전하고 슈퍼맨은 손쉽게 블랙 카나리의 입을 틀어박아 버린다. 블랙 카나리는 슈퍼맨에게 그가 인류를 나약한 존재로 보지만 오히려 인류가 슈퍼맨을 부셔버릴거라고 경고한다. 슈퍼맨은 블랙 카나리가 그린 애로우의 아이를 임신했음을 깨닫고 떠난다. 블랙 카나리는 오라클에게 연락하고 그 장면을 전부 녹화하고 있었음을 밝힌다.
2화
고담에서 배트시그널이 켜져있는 것을 본 짐 고든 청장은 슈퍼맨이 자신을 불렀다는 것을 알아낸다. 슈퍼맨은 고든에게 배트맨의 행방을 추궁하지만, 고든은 몰랐고, 그런 고든에게 슈퍼맨은 고든이 심각한 폐암에 걸렸다는 사실만을 말해주면서 유유히 떠난다. 한편 브루스 웨인은 쓰러진 채로 시공간을 벗어났기에 누구도 찾지 못하는 곳인 닥터 페이트의 탑 안에서 일어나고, 알프레드의 부탁에 따라 자타나가 와 브루스를 구해줬다는 사실을 알게된다. 또 한편, 지구가 어떤 꼴이 되었는지를 전혀 파악하지 못하며 우주에서의 임무로 마치고 지구로 귀환 중이던 그린 랜턴 카일 레이너. 그러나 그의 눈앞에 지구를 유심히 지켜보던 시네스트로와 시네스트로 군단이 나타난다. 시네스트로는 카일이 다른 그린 랜턴들에게 연락을 취하지 못하도록 반지가 끼워진 손가락을 간단하게 뜯어버리고, 곧바로 능지처참 시킨다.
3화
지구를 유심히 지켜보던 것은 시네스트로만이 아니였다. 우주의 수호자들 중 간셋도 뭔가 할 조던과 슈퍼맨이 심상치 않다는 것을 알면서 경계를 하고, 그런 간셋을 가이 가드너는 코웃음치며 부정한다. 하지만 카일이 지구 근처에서 실종되었다는 소식을 듣자, 가이는 지구로 향하기 시작한다. 한편 할 조던은 자신의 직업인 테스트 파일럿 일을 하던 도중, 비행기 오작동으로 추락할 뻔하지만 반지의 힘으로 구사일생한다. 평소 비행기를 탈 때는 반지를 끼지 않는 할과는 다른 모습을 본 캐롤 페리스는 어째서 그랬냐고 하고, 할은 정부가 슈퍼맨을 죽이려고 해 경계태세를 강화할 수 밖에 없었다고 한다. 그 때, 슈퍼맨이 할을 호출한다. 바로 미국 의회가 정부를 해산하려고 하지만 자신의 전의 사건이 있어서 가지 못할 것 같으니 대신 막아달라는 것. 할은 내정간섭의 정도가 너무 심한 것 아니냐고 하지만, 슈퍼맨은 이게 다 보호하기 위해서라며 할을 설득시킨다. 결국 어쩔 수 없이 의회에 도착한 할과 플래시는 의회 문을 잠가버리고 의원들을 협박하기 시작한다.
4화
의회 사태의 상황이 심각하다고 본 대통령은 배트맨에게 전화를 거나, 오라클이 대신 받게되고 상황을 전달받게 된다. 할 조던은 의회에서 의원들이 부패하고 사리사욕에 쩔어있다며 비판을 한다. 한편 혼수상태에 빠진 원더우먼을 지켜보던 슈퍼맨에게 원더우먼의 어머니, 히폴리타가 찾아와 슈퍼맨에겐 잘못이 없다며 위로해준다. 그 때 시네스트로가 찾아오고, 슈퍼맨은 곧바로 시네스트로를 때려눕히지만, 시네스트로는 "그들이 오고있다"는 말을 하기 시작한다. 한편, 일을 마치고 나오는 할 조던과 플래시의 눈앞에 가이 가드너와 간셋이 찾아와 슈퍼맨을 데리고 오라고 한다.
5화
과거. 섹터 2813의 행성 크립톤은 멸망하고, 그 최후의 후손인 "칼 엘"은 지구로 보내지게 된다. 현재. 지구 사정에 큰 간섭을 하지 말고 하는 짓을 그만하라는 간셋의 명령에 슈퍼맨은 그린랜턴 군단이 자기 행성을 간섭했다면 크립톤을 구할 수 있었을 거라고 반박한다. 감정이 격해진 간셋과 슈퍼맨은 주먹다짐까지 갈 위기에 놓이나, 가이 가드너의 만류로 일단 간셋이 오아로 돌아가고, 할 조던도 그 자리에서 나간다. 이후 슈퍼맨의 뒤에서 시네스트로가 나타나 슈퍼맨을 위로하지만, 슈퍼맨은 시네스트로를 강하게 거부한다. 하지만 시네스트로는 때가 되면 슈퍼맨이 자신을 필요로 하게 될 것이라고 한다.
6화
슈퍼맨과 렉스 루터는 초인 약물로 강화된 자신들의 "평화유지군"을 고담에 가장 먼저 투입시킨다. 고든은 그 모습을 보면서, 오라클이 있는 곳의 감시카메라를 통해 오라클에게 자신을 그 안으로 들여보내달라는 소리를 한다. 오라클은 어떻게 아버지가 이 사실을 알았는지 당황한다. 한편 우주의 수호자들은 킬로웍, 존 스튜어트를 포함한 모든 그린 랜턴 군단을 전원 호출시킨다. 할 조던은 간셋과 가이가 데려가는데, 그 문제로 캐롤은 또 자신을 두고 어디로 가냐며 할에게 화를 있는대로 내지만, 할은 어쩔 수 없이 오아로 가게된다. 바바라가 어떻게 자신의 정체를 알았냐고 묻자, 고든은 매일 밤마다 딕 그레이슨과 함께 밤 중에 몰래 나가던 걸 지켜봤었다고 얘기하고, 자신이 암으로 죽어간다는 사실도 얘기한다. 그러자 바바라는 고든에게 배트맨의 행방에 대해 말해준 뒤, 블랙 카나리, 배트우먼, 캣우먼 등의 저항군 멤버를 보여준다.
7화
시네스트로를 렉스 루터의 특수 감옥에 넣은 슈퍼맨은 그를 어떻게 둘 것인지에 대해 플래시, 루터와 토론하고, 플래시는 그를 받아들이는 것을 강력히 반발한다. 시네스트로는 슈퍼맨을 보며 예전의 자신과 닮았다는 소리를 하고, 자신의 과거를 얘기하기 시작한다. "가장 위대한 그린 랜턴"이라고 불리는 코루가 행성의 시네스트로는, 코루가의 정부가 부패하자 코루가 정부를 무너뜨린다. 그러자 사람들은 열광하기 시작한다. (하지만 실제로는, 사람들은 시네스트로를 두려워하기 시작한다.) 시네스트로는 무너진 정부를 아내인 아린 수르와 딸인 소라닉의 거처로 삼으나, 시네스트로가 다른 임무를 하기 위해 코루가에 없었을 당시 아린 수르는 갑자기 사망하게 되고, 딸은 실종되었다. 그것을 자신의 반대세력의 음모로 여긴 시네스트로는 반대파들을 마구잡이로 쳐죽이기 시작한다. (하지만 실제로는, 아린 수르는 괴물이 되어가는 남편이 두려워 딸을 다른 가족에게 넘겨줘버리고 약을 먹어 자살한 것이였다.) 그러자 할 조던이 이끄는 그린 랜턴 군단이 시네스트로를 체포하기 위해 나타나고, 시네스트로는 자신은 억울하다며 자신의 상황에 대해 설명한다. (하지만 실제로는, 분노에 정신이 나가 자신을 체포하러 온 그린 랜턴 군단을 무너뜨리려고 한다.) 자신의 애제자였던 할 조던이 자신의 반지를 빼자, 시네스트로는 배신감에 절망에 빠지게 된다. 하지만 우주의 수호자들이 할 조던의 정신을 분명 이상하게 헤집어놔서 그런 것일테니, 할을 저주하지는 않는다고 한다. 플래시와 루터는 그의 말을 듣지 말라고 하지만, 이야기를 끝까지 들은 슈퍼맨은 자신과 비슷한 행보를 걸었던 시네스트로를 동정하게 된다. 시네스트로는 특수 감옥에서 아주 간단히 걸어나온 뒤, 자신을 두려워하기에 자꾸만 자신을 부정하는 플래시와 루터 앞에서 자신의 반지를 슈퍼맨에게 넘겨주고, 다시 스스로 감옥 안에 들어간다.
8화
오아에 가게 된 할은 수호자들에게 슈퍼맨과 저스티스 리그가 하는 일은 옳은 일이라고 설득시키려고 노력한다. 그러나 수호자들은 킬로웍을 필두로 한 그린 랜턴 군단의 일부에게 슈퍼맨을 체포하라는 명령을 한다. 킬로웍과 그린 랜턴 군단이 일이 끝날 때까지 할 조던의 반지를 맡으라는 명령을 받았다고 하자, 할은 그들을 뿌리치고 지구를 향해 날아가지만, 곧바로 붙잡혀 기절당하고 나머지 군단원들은 계획대로 슈퍼맨을 잡으러 떠난다.
9화
오아 감금실에 갇히게 된 할. 그러나 그런 할을, 존 스튜어트는 믿고 따르기에 풀어준다. 한편 슈퍼맨은 그린 랜턴 군단의 움직임을 센서로 포착하고, 포셋 시 고등학교에서 수업을 받고있던 빌리 뱃슨을 데려간다. 지구에 도착한 그린 랜턴 군단과 대면한 슈퍼맨은 그들 내에 할 조던이 없다는 것을 파악하자, 사이보그에게 명령을 내려 왓치타워의 레이저로 군단과의 선전포고를 내린다.
10화
레이저를 맞고도 살아있는 그린 랜턴 군단은 슈퍼맨과 맞서려고 한다. 슈퍼맨은 "생각보다 빠른 나를 생각에 기반한 무기를 가지고 어떻게 맞서냐"고 비아냥대지만, 슈퍼맨의 속도보다도 더 빠른 생각의 속도를 가진 그린 랜턴 치'프가 슈퍼맨을 공격하자, 슈퍼맨은 무기력하게 패배하기 시작한다.[33] 슈퍼맨이 완전히 패배할 것을 이미 아는 시네스트로는 렉스 루터에게 슈퍼맨을 살리고싶다면 자신을 푸는 것이 좋을 거라고 추궁하기 시작하고, 그의 언변에 말려든 루터는 시네스트로를 풀어주고 반지도 쥐어준다. 한편, 가이 가드너는 블랙 카나리에게 찾아가 슈퍼맨이 완전히 미쳤다는 사실을 확인받게 된다. 그 사이, 슈퍼맨을 포함한 저스티스 리그는 그린 랜턴 군단에 의해 박살난다. 하지만, 뒤이어 나타난 시네스트로가 치'프의 머리를 꿰뚫어 죽여버리자 다시 상황은 뒤집히기 시작한다.
11화
시네스트로를 얻은 저스티스 리그는 다시 그린 랜턴 군단에 저항하기 시작한다. 뒤이어 나타난 할 조던은 킬로웍과 슈퍼맨의 싸움을 막고, 존 스튜어트는 시네스트로를 붙잡으려고 한다. 그 때, 시네스트로 군단 전군이 도착한다. 한편, 통금 시간을 어긴 한 커플이 슈퍼맨의 저항유지군에 의해 체포되려고 하자 하비 불록이 경찰의 권한을 내세우면서 봐달라고 얘기한다. 하지만 그 저항유지군은 오히려 불록을 마구잡이로 폭행한다. 고든은 병원에 실려간 하비가 아무 죄 없는 경찰이 길거리에서 쳐맞았음에도 구금시키지 못한다는 현실에 분개해하자 그를 다른 곳으로 데려가며 도시를 지키자고 얘기한다. 또 한편 수세에서 너무 밀리던 그린 랜턴 군단 때문에 킬로웍은 항복을 하고 오아로 물러나 있을테니 부상자와 사망자를 수습할 시간을 달라고 슈퍼맨에게 간청한다. 그러나 시네스트로는 군단이 오아로 돌아가면 분명 군단 전원이 밀려들 것이라며, 몰살시켜버리는 게 현명한 길이라고 슈퍼맨을 설득하려 한다.
12화
사람들은 시위를 하기 시작한다. 그러자 유지군은 폭력으로 그들을 제압하기 시작한다. 한편 슈퍼맨은 그린 랜턴들을 죽이지는 않을 거라고 하고, 시네스트로가 그러면 포로로라도 잡으라고 시킨다. 슈퍼맨은 킬로웍과 그린 랜턴 군단에게 반지를 벗어달라고 부탁하고, 킬로웍은 저항하지만, 그들을 죽인 것은 시네스트로 군단이지, 자신들은 누구도 해치지 않는다고 설득하자 결국 반지를 벗게 된다. 슈퍼맨은 시네스트로에게 시네스트로 군단은 떠나보내고, 시네스트로는 남아달라고 부탁한다. 시네스트로는 그 부탁을 들어준다. 그 모습을 지켜보던 가이 가드너는 블랙 카나리에게 슈퍼맨이 시네스트로 군단과 접촉하고 있다며 사태가 생각보다 훨씬 더 심각하다고 얘기한다. 또 한편 고담의 모든 경찰들을 집결시킨 고든은, 어떻게 슈퍼맨과 맞설 거냐는 한 경찰의 질문에 초인약을 먹고, 총에 맞아도 끄떡없어진 자신의 모습을 보여주며, 초인 군대를 만들 계획을 얘기한다.
13화
죽은 그린 애로우의 남겨진 장비를 확인하기 위해 애로우 케이브에 들어간 블랙 카나리, 하지만 그 안에는 이미 할리 퀸이 있었고 둘은 싸울 준비 태세를 갖춘다. 그 순간, 카나리에게서 입덧이 찾아와 토하게 되고, 할리 퀸은 그 장면을 보고 카나리와 이야기를 나눈다. 할리 퀸과 조커 사이에게는 사실 숨겨진 아이가 있던 것. 하지만 조커에게 자식은 짐일 뿐이란 생각이 든 할리는 딸을 숨겼던 것이다.[34] 이 이야기를 나누며 아이가 있다는 것과 연인이 슈퍼맨에 의해 죽었다는 공감대가 형성된 할리는 카나리에게 부탁을 하기 시작한다.
14화
수호자들은 지구가 자신들의 시야에서 벗어났다는 사실에 걱정하기 시작하고, 가이 가드너가 도착해 슈퍼맨이 인류를 배반하고 시네스트로와 손을 잡았다는 사실을 알려준다. 시네스트로가 수작을 부려 수호자들의 지구를 보는 시야를 가로막은 것. 수호자들은 슈퍼맨의 군대와 시네스트로 군단과 싸우려면 지구가 파괴되는 것은 불가피한 일이라며, 전쟁을 할 수 있도록 군대를 갖춰야 하니, 지구인들은 그동안 스스로를 지켜야 한다고 한다. 한편, 초인 약을 먹어 초인이 된 고담의 경찰들과 영웅들은 소수의 저항군을 잡아들이기 시작한다. 하비 불록은 그들을 체포하려고 하지만, 고든은 "이들은 범죄자가 아니라 군사다"라며 저항군을 포로로 잡아 알고있는 모든 정보를 캐낼 것을 명령한다.
15화
지구에 갑자기 누군가가 추락한다. 그것은 바로 저스티스 리그의 오랜 적들 중 하나인 데스페로. 데스페로가 시카고의 빌딩에 추락해 당황해 하는 사이, 시네스트로가 나타나 데스페로를 공격하기 시작한다. 데스페로는 시네스트로에게 이상한 수작 말라며, 시네스트로 군단원들이 자신을 지구에 집어 던졌다고 항의하자, 시네스트로는 데스페로의 몸을 조종해 마치 자신을 공격하는 것처럼 보이게 만든다. 그리고 할 조던과 존 스튜어트가 나타나자, 어쩔 수 없는 선택이라는 듯이 데스페로의 머리를 완전히 꺾어 죽여버린다. 그 장면을 본 할 조던은 시네스트로가 완전히 타락에서 해방되었다고 굳게 믿는 반면, 존 스튜어트는 의심을 하기 시작한다. 한편, 아이를 낳은 카나리 앞에 할리 퀸이 나타나 선물을 주는 사이, 그린 랜턴 군단이 절반 가까이의 군단원들과 군단의 최종병기인 모고를 데리고 지구로 향하고 있다는 사실을 가이 가드너가 카나리에게 통신 기계로 알려준다.
16화
그린 랜턴 군단이 지구에 강림하고 있다는 소식을 들은 슈퍼맨은, 전 지구인들에게 자신과 함께 그린 랜턴 군단과 맞서 싸워 달라며 방송한다. 이 방송을 보며 고담의 경찰들과 영웅들, 블랙 카나리 등등도 그린 랜턴 군단을 도와 슈퍼맨을 무너뜨릴 준비를 단단히 하고, 운명의 탑에서 이 소식을 들은 재활 치료 중인 배트맨은 이것이 슈퍼맨을 무너뜨릴 마지막 기회일지도 모른다며 그 모든 반란군을 응원한다. 하지만 만일의 사태에 대비해 플랜 B를 세워야 한다며 자타나에게 자신을 오라클에게 보내달라고 한다.
17화
배트맨은 오라클로부터 "하늘이 녹색으로 변하는 것이 공격 개시의 신호다"라는 소식을 듣게 되는데, 그 순간 하늘이 어두워지기 시작한다. 그린 랜턴 군단과 모고가 지구 근처까지 온 것. 그것을 본 시네스트로 군단과 할 조던, 존 스튜어트, 슈퍼맨은 가이 가드너에게 철수하라고 명령하려 한다. 하지만 가이 가드너는 철수할 생각이 없었고, 슈퍼맨이 가이를 공격하자 가이는 도망치며 할과 존에게 피하라고 외친다. 바로 모고가 슈퍼맨과 시네스트로 군단에게 무지막지한 의지의 에너지포를 쏜 것. 그러자 지구의 하늘이 녹색으로 변하고, 알프레드로부터 크립토나이트 총알을 받은 카나리가 움직이기 시작한다. 배트맨은 이기더라도 슈퍼맨이 예전처럼 다시 착해질 수도 있으니 죽이지는 말아달라고 하지만, 카나리는 그럴 생각이 없다.
18화
모고의 에너지포로 인해 시네스트로 군단의 4분의 1이 죽었지만, 슈퍼맨은 시네스트로와 할을 데리고 빠져나가 살게 된다. 슈퍼맨이 살았단 소식을 들은 반란군은 모두 초인약을 먹고 저스티스 리그의 기지인 홀 오브 저스티스에서 자폭을 하면서 공격한다. 이로 과정에서 홀 오브 저스티스를 지키고 있던 플래시와 데미안 웨인, 렉스 루터는 쓰러지고, 사이보그는 도망간다. 그러나 루터는 고든에게 자신도 그들과 같은 편이라며, 사이보그가 통신을 전부 해킹하고 있어 바바라의 위치를 알려고 한다는 사실을 얘기해준다. 이 얘기를 하며 루터는 고들을 왓치타워 본부로 텔레포트 시킨다.
19화
반란군은 비행기를 얻기 위해 코스트 시티의 페리스 항공사를 습격하고, 캐롤은 할에게 그 사실을 알려준다. 그 사실을 듣고 곧장 날아간 할은 반란군을 막지만, 뒤이어 가이가 나타나 그와 적대한다. 하지만 시네스트로가 나타나 가이를 쓰러뜨리고 죽이려고 든다. 하지만 간셋이 나타나 시네스트로를 막고, 분노한 시네스트로가 비행기 하나를 간셋에게 던지자 간셋은 비행기를 즉시 폭발시킨다. 비행기 파편에 맞아 죽기 직전인 캐롤을 가이가 나타나 구해주고 하늘 위로 날아가지만, 할이 가이에게 빨리 캐롤을 넘기라고 하며 공격하자, 간셋은 할 조던을 즉시 그린 랜턴 군단에서 추방시키고 반지를 빼앗는다. 캐롤 페리스와 할 조던이 같이 추락하자 할은 시네스트로에게 제발 캐롤을 구해달라고 부탁하지만, 시네스트로는 자신은 구하기 싫으니, 네가 구하라며 할에게 또다른 시네스트로 군단 반지를 준다. 이를 받은 할은 시네스트로 군단원이 되고, 시네스트로는 수호자들이 자신에게서 앗아갔던 제자를 돌려받았다며 기뻐한다.
20화
슈퍼맨과 시네스트로 군단은 그린 랜턴 군단을 서서히 압도하며, 전쟁으로 인해 전 지구는 파괴되기 시작한다. 한편, 왓치타워에 침입한 고든은 오라클의 위치를 추적하던 사이보그를 찾아내고 그와 싸워 이긴다. 고든은 사이보그의 기계 얼굴을 박살내지만, 초인약의 힘으로 인해 급속도로 퍼진 암 때문에 죽게 된다.
21화
반란군은 페리스 항공사의 비행선들을 타고 뿔뿔이 흩어지고, 시네스트로 군단원이 된 할을 본 간셋은 허망해하며 "그냥 이 일보다 더 중요한 일이나 해야겠다"며 지구를 떠나려 한다. 시네스트로 군단이 간셋을 붙잡으려 하지만 전부 나가떨어지고, 슈퍼맨도 간셋을 잡으려 하지만 한방에 무너져 우주에서 지구로 추락하게 된다. 추락하는 슈퍼맨에게 배트윙 하나가 돌진하자 슈퍼맨은 히트비전을 사용해 배트윙을 박살내지만, 탑승자였던 블랙 카나리가 뛰쳐나와 슈퍼맨에게 초음파 공격을 사용하며 슈퍼맨을 쓰러뜨린다.
22화
곧바로 일어나 카나리의 목을 조르는 슈퍼맨이였지만, 카나리가 쏜 크립토나이트 총알로 인해 슈퍼맨은 거의 다 죽어가게 된다. 시네스트로 군단도 간셋이 하나둘씩 처치하고, 샤잠이 그런 간셋을 막으러 가나 간셋의 "쉿" 한마디에 샤잠도 같이 나가떨어진다. 저스티스 리그 멤버들은 고담의 경찰들과 할리 퀸이 생포한다. 이렇게 전쟁이 반란군의 승리로 끝나려 하기 직전, 시네스트로가 시네스트로 군단의 반지를 슈퍼맨에게 보내고, 시네스트로 군단원이 되어 크립토나이트가 통하지 않게 된 슈퍼맨은 블랙 카나리의 배를 히트비전으로 뚫어버린다.
23화
죽어가는 블랙 카나리. 하지만 그녀는 슈퍼맨과의 싸움을 녹화하고 있었고, 이는 전 세계에서 생중계로 방송되고 있었다. 바로 슈퍼맨의 진실을 세계 사람들에게 알리고자 한 것. 분노한 슈퍼맨은 이 모든 원흉이라 생각되는 간셋에게 다시 날아간다. 한편, 전쟁이 지속되는 동안 어떻게든 싸움을 막으려 하는 존 스튜어트에게 시네스트로가 나타나 진정하라며 자기를 완전히 믿어달라고 간청한다. 그러면서 눈을 감고 골똘히 생각해보라고 하는데, 존이 눈을 감고 생각하다 "싸우기 싫다"라고 하자, 시네스트로가 그럴줄 알았다며 존 스튜어트의 가슴을 찔러 죽여버린다. 시네스트로가 존의 시체를 들고 할에게 가자, 할은 미친 듯이 오열하며 분노하고, 할이 누가 그랬냐고 묻자 시네스트로는 "가이 가드너"라고 대답한다. 할은 가이에게 달려들고, 가이는 그 반지가 할의 정신을 오염시키고 있다며 멈추라고 하지만, 계속해서 가이 가드너를 죽여버리라는 시네스트로의 말에 할은 가이의 팔을 뜯어버리고 죽여버린다.
24화
슈퍼맨의 행위가 생중계 된다는 사실을 안 배트맨은 최대한 빨리 방송을 꺼버리라고 소리지른다. 시네스트로 군단의 반지는 "착용자를 두려워하는 사람이 많으면 많을 수록 점점 더 강력해진다"는 특수 능력이 있는데, 그 방송으로 인해 전 지구인들이 슈퍼맨을 두려워하게 되며, 슈퍼맨이 무지막지한 힘을 추가로 얻게 된 것. 엄청난 힘을 손에 넣은 슈퍼맨은 간셋에게 가 간셋의 목을 조르고, 모고에게 날아가 모고와 함께 태양에 처박아 같이 죽여버린다. 결국 반란군은 무너지고, 지구로 출동한 그린 랜턴들은 몰살당했다. 황폐화된 지구를 비추며 할이 "우리가 무슨 짓을 저지른 거지?"라고 하자, 시네스트로가 한마디를 한다.
"우리가 세계를 구했다."
에필로그
블랙 카나리는 죽었지만, 닥터 페이트가 나타나 살려준다.[35] 그리고 다른 차원으로 그녀와 그녀의 아기를 이동시켜 그 세계의 그린 애로우[36]에게 데려다 주어, 새로운 삶을 살도록 힘을 써준다.
콘스탄틴을 필두로 한 마법 히어로들이 슈퍼맨을 어떻게 처리할 것인가에 대해 서로 충돌과 갈등을 일으키는 이야기.
1화: 슈퍼맨과 그린랜턴 군단의 전쟁으로 존 콘스탄틴은 자신의 아내와 아들을 잃고 자신과 딸만이 살아남은 상황에 처하게 된다. 콘스탄틴은 이에 대한 복수를 하기 위해 배트맨과 손을 잡을 마음을 굳히고 자신의 딸을 닥터 페이트와 자타나에게 보호를 요청한다. 이후 침팬지 탐정인 디텍티브 침프에게 도움을 청한다.
2화: 콘스탄틴은 생포된 레이븐의 행방을 가지고 트라이곤과 자신의 영혼을 가지고 거래를 시도하나 실패한다. 이후 배트맨과 침프 탐정과 만나 팀에 합류한다.
3화: 슈퍼맨과 시네스트로는 배트맨에게 협력한 한 경관을 고문하고 가족에 관해 협박해서 배트맨의 위치를 알아내려 한다. 반면 배트맨의 새로운 팀은 제이슨 블러드의 집에서 작전 회의를 하려 모인다. 하지만 하비 불록은 쟁쟁한 인물들 사이에서 자신의 낄 자리가 없다고 생각해 나가려 한다. 하비 불록은 침프 탐정이 설득했지만 하비 불록이 조금 열은 문 틈 때문에 제이슨 블러드의 보호 마법이 깨진다. 제이슨 블러드는 다시 마법을 치려 하지만 스펙터의 공격에 제이슨 블러드와 하비 불록은 뼈와 살이 분리되어 사망해버린다.
4화: 악마 에트리간은 제이슨 블러드의 죽음을 감지하고 슬퍼한다. 한편 스펙터에 의해 풍전등화같은 상황에 몰린 배트맨 팀. 콘스탄틴은 이 상황에 화가 치밀어 배트맨에게 폭언을 날리다가 얼굴을 얻어맞는다. 배트맨은 스펙터로부터 숨는 대신 당당히 앞으로 나와 스펙터의 시선을 끈 뒤 자타나가 나머지 팀원을 페이트의 탑으로 순간이동 시키고 직후 배트맨까지 스펙터를 피해 페이트의 탑으로 순간이동시킨다.
5화: 스펙터의 공격으로 중상을 입었던 침팬지 탐정이 겨우 의식을 회복했지만 아직 죽을지 살지 알 수 없는 상황. 침프 탐정의 상황을 걱정하는 콘스탄틴의 딸에게 할리 퀸은 걱정마라고 위로하고 책임감있게 살려내겠다고 다짐한다. 콘스탄틴은 흑마법의 대가 클라리온에게 침팬지 탐정을 살려주라 명령하고 자신의 딸이 동전마술을 하는 걸 본다. 페이트는 콘스탄틴에게 이것은 마술이 아니라 마법으로 없는 물건을 소환한거라 설명하지만 딸이 마법과 연관되지 않길 원하던 콘스탄틴은 페이트의 설명을 부정한다. 이후 콘스탄틴은 배트맨과 함께 싸움의 실마리를 찾기 위해 예언자 마담 재너두에게 찾아간다. 반면 슈퍼맨은 시네스트로가 배트맨에게 도움을 준 경관을 잔인하게 고문하는 걸 눈감아주고 자신을 지지한다는 스펙터와 만난다.
6화: 재너두는 콘스탄틴을 문전박대 하려하지만 결국엔 들어보내 예언을 시작한다. 그러나 그 과정에서 연인이었던 제이슨 블러드의 사망을 알고 분노한다. 배트맨과 콘스탄틴은 10분동안 밖에 나가 재너두가 화를 식히는 걸 기다린 뒤 다시 들어간다. 분노를 삼키며 재너두는 예언을 시작하는데 재너두는 순간적으로 조커로 의심되는 존재에게 빙의 당한다. 존 콘스탄틴 덕분에 정신을 차린 재너두는 "녹음이 자라나고 지옥 불꽃이 타오르리. 망자가 쓰러진 뒤, 망자가 일어서리라. 영혼들은 패배하고 배신자들이 승리의 찬가를 부를 것이니. 여제는 깨어나고 황제는 눈을 감는다. 책략가는 추방된 뒤 조커가 돌아오리라."[스포일러]고 예언의 내용을 전한다. 내용을 전한 뒤 재너두는 공포에 몸서리치고 배트맨과 콘스탄틴은 예언을 해석하기 시작한다.
7화: 콘스탄틴과 클라리온은 배트맨 몰래 네크로맨서인 클라리온의 특기를 살려 레이븐의 영혼을 슈퍼맨에게 보내버린다. 물론 레이븐의 몸은 고담에 그대로 있었고 레이븐의 영혼이 슈퍼맨에게 도움을 청하는 사이에 콘스탄틴은 레이븐의 몸과 레그맨을 바꿔치기하고 슈퍼맨이 오길 기다린다. 슈퍼맨은 레이븐을 감금하고 있던 건물의 문이 마법으로 열리지 않아 아예 건물 지붕을 들어올리고 레이븐을 찾다가 레그맨의 함정에 걸려 포박당한다.
8화: 레그맨은 타락한 영혼을 잡아먹는 존재인데 슈퍼맨은 타락한 존재라 꼼짝없이 레그맨의 포박을 풀지못하고 바둥댄다. 하지만 마법적 존재인 샤잠에게 겨우 도움을 요청하는 데 성공하고 샤잠은 스펙터와 시네스트로, 할 조던을 이끌고 레그맨과 슈퍼맨을 찾아내버린다. 샤잠은 레그맨을 죽이지 않으려 하지만 스펙터는 슈퍼맨을 죽이려한 것에 책임을 물어 레그맨을 죽여버린다.
9화: 심문을 위해 정의의 전당으로 끌려가는 콘스탄틴을 구하기 위해 데드맨이 나선다. 데드맨은 샤잠의 몸에 빙의해 콘스탄틴을 풀어버리고 자나타가 콘스탄틴을 데리고 도주한다. 하지만 빌리 뱃슨의 강한 저항과 스펙터 때문에 데드맨은 바로 잡혀버린다. 데드맨은 스펙터 안에 있는 짐 코리건과 대화해보려 하지만 스펙터는 의미심장한 미소를 짓는다.
10화: 스펙터 안에 짐 코리건이 없는 걸 눈치챈 데드맨은 당황하며 짐 코리건의 행방을 물으나 스펙터는 데드맨의 질문을 무시하고 데드맨을 공격한다. 데드맨은 죽어가는 영체를 이끌고 히말라야의 라마 쿠쉬나를 찾아간다. 데드맨은 사라지는 자신을 대신할 새로운 후계자를 지목하고 데드맨의 자리를 넘겨준다. 놀랍게도 그 후계자는 나이트윙 딕 그레이슨이었다. 데드맨은 나이트윙에게 짐 코리건을 찾고 배트맨에게 자신의 죽음을 전해달라는 마지막 말을 남기고 배트맨과 콘스탄틴은 지금까지 상황을 되집으며 예언의 내용을 해석하고 녹음이 스왐프 씽이라고 생각해 그에게 도움을 청하러 가지만 스왐프 씽은 슈퍼맨이 자연을 보호하기에 그를 지지한다며 콘스탄틴의 도움을 거절한다.사실 그를 도우는 것은 사망 플래그다. 그리고 되돌아 가던 콘스탄틴은 주저없이 스왐프 씽을 제거할 생각을 한다.
11화: 페이트의 타워에 배트맨 팀이 모여 회의를 하고 침팬지 탐정도 몸을 회복하고 회의에 참석한다. 여기서 침프는 깨어나는 여재는 원더우먼이고 잠드는 황제는 슈퍼맨이라 추측한다.[38] 그리고 현재 테마스키라에 있는 자신의 정보원에 따르면 원더우먼의 잠은 비정상적인 이유라고 말하고 그 원인이 콘스탄틴에게 있다고 말한다. 콘스탄틴은 자신이 따로 원더우먼에게 마법을 초월한 무언가를 걸어놓았기 때문이라고 말한다. 그리고 침팬지 탐정은 콘스탄틴에게 이런 X새끼가...라는 말이 튀어나올 표정으로 따로 만나서 심각한 이야기를 해보자고 말한다. 회의장에 닥터 페이트가 와서 스펙터가 팬텀 스트레인저와 만나는 걸 알려주고 침프는 이때가 슈퍼맨을 잠재울 기회라 주장한다. 그리고 콘스탄틴과 배트맨은 슈퍼맨을 잠들게 하는 동안 우리를 지켜줄 또 다른 자에게 협력을 요청할 계획을 세운다. 반면 팬텀 스트레인저는 우주에서 스펙터에게 우리같은 존재는 이런 일에 관여하면 안된다며 지금의 행보를 그만두라고 충고한다. 그러나 스펙터는 팬텀 스트레인저 또한 제거할 대상이라며 말하면서 팬텀 스트레인저를 공격한다. 그리고 팬텀 스트레인저에게 자신의 정체를 공개한다. 그 시간 정의의 전당에서는 슈퍼맨이 에트리간에게 습격당한다.
12화: 시네스트로는 에트리간의 지옥불에 상처를 입고 할 조던은 시네스트로를 데리고 피한다. 한편 스펙터는 팬텀 스트레인저의 정체와 죄를 안다고 하며 그의 귀에 뭔가를 속삭인다. 스펙터는 슈퍼맨의 위험을 감지하지만 팬텀 스트레인저는 스펙터의 시간을 끌고, 스펙터는 팬텀 스트레인저를 죽여버린다. 에트리간은 슈퍼맨의 바로 앞에서 배트맨으로 변한다. 배트맨이 제이슨 블러드를 잃은 에트리간과 거래를 한 것. 배트맨은 슈퍼맨에게 정체불명의 알약 가루를 집어넣고 슈퍼맨은 그대로 쓰러진다.
13화: 슈퍼맨의 꿈 속. 슈퍼맨은 둠스데이를 지구 밖으로 날려보내지만, 그 정체가 로이스라는 사실을 알아내고 살려낸다. 반면 배트맨은 조커를 체포하던 도중 분노해 조커의 목을 꺾어 죽여버린다. 그리고 곧바로 자수한다.
14화: 계속해서 꿈 속. 로이스는 딸, 라라 레인-켄트를 낳고, 셋은 행복하게 산다. 배트맨은 정체를 밝히고 스스로 감옥에 투옥된 상황. 그리고 시간이 흘러, 아버지와 같은 능력을 얻게된 라라는 세계 평화에 힘쓰고, 로이스는 대통령이 된다. 그러나 둘이 황혼의 나이가 들어 늙어갈 때, 슈퍼맨은 이제는 가야만 한다고 하며 환상에서 벗어나기 시작한다.
15화: 원더우먼의 꿈 속. 노을을 쳐다보는 슈퍼맨이 태양을 아름답다고 평하자 원더우먼이 그냥 노란 원일 뿐이라며 매몰차게 받아친다. 슈퍼맨이 자신이 독재자라고 욕을 먹는 와중에 왜 원더우먼은 끝까지 자신을 따르는지 묻자, 슈퍼맨은 언제나 옳았기 때문이라고 답한다. 둘이 키스를 하려는 찰나, 원더우먼이 꿈에서 깨고 일어난다. 혼수상태였던 다이애나가 일어나는데 헤라의 도움이 있었다는 소식을 아레스에게 듣자, 뭔가 수작이 있을 거라 확신한 원더우먼은 아레스를 협박하나, 바로 정의의 전당으로 가본다. 슈 정의의 전당에서 시네스트로 군단원이 된 슈퍼맨이 쓰러져 있는 것을 보고, 원더우먼은 이 일을 옆에 있던 시네스트로의 수작으로 여기고 목을 조르기 시작한다.
16화: 원더우먼은 시네스트로를 흠씬 두들겨 패고, 할이 그런 원더우먼을 막으려 하지만 아레스가 할을 막아선다. 그러나 깨어난 슈퍼맨이 원더우먼을 막아서고 시네스트로를 살린다. 원더우먼이 슈퍼맨이 공포를 힘으로 사용하는 반지를 끼는 것을 두고 볼 수 없다고 하자, 슈퍼맨은 반지를 벗고 원더우먼에게 준다. 그 때 스펙터가 나타나 배트맨위 반란군이 페이트의 탑에 있다는 사실을 알리자, 슈퍼맨과 정부군은 스펙터와 같이 바로 탑으로 향한다.
17화: 고담 시에 날아간 데드맨/나이트윙은 미쳐버린 상태의 제이슨 블러드를 아캄 수용소에서 찾아낸다. 한편 배트맨과 반란군은 슈퍼맨의 정부군이 페이트의 탑에 도착하자 기다렸다는 듯이 초인 약물을 전부 먹고, 닥터 페이트는 탑을 미로로 만들어버린다. 그렇게 양측 간 싸움이 시작되고, 얼마 지나지 않아 시네스트로가 클라리온을 죽여버린다. 이에 존 콘스탄틴은 모두가 빠져나갈 시간을 벌기 위해 대악마 트라이곤을 불러온다.
18화: 곧바로 슈퍼맨과 적대하는 트라이곤. 배트맨이 경악하지만 콘스탄틴은 트라이곤을 소환한 게 아니라 그냥 딸의 위치를 알려준 것일 뿐이라며 포탈을 통해 후퇴를 촉진한다. 그 사이 디텍티브 침프는 클라리온이 죽었기 때문에 같이 소멸한다. 도중에 데드맨이 된 딕 그래이슨이 반란군에 합류하고, 반란군은 포로들을 끌고 하우스 오브 미스테리에 도착한다. 딕은 제이슨 블러드가 슈퍼맨을 지금까지 지켜주던 마법적 존재에 의해 맛이 간 상태라는 것을 배트맨에게 알린다. 한편 슈퍼맨과 정부군을 쓰러뜨린 트라이곤이 슈퍼맨을 죽이려하자, 스펙터의 새로운 숙주였다는 것이 밝혀진 미스터 믹시즈피틀릭이 등장해 막아선다.
19화: 슈퍼맨은 자신이 괴롭힐 거라는 믹시즈피틀릭과 트라이곤 간에 전투가 벌어진다. 그리고 믹시즈피틀릭은 슈퍼맨의 정부군을 배트맨의 반란군이 있는 하우스 오브 미스테리로 보내버린다. 그렇게 다시 시작된 전투. 배트맨 파가 약간 우세한 것으로 보일 때쯤, 스왐프 씽이 나타난다.
20화: 콘스탄틴에게 분노한 스왐프 씽은 슈퍼맨의 정부군을 도와 콘스탄틴에게 적대하지만, 콘스탄틴은 바로 마법으로 빠져나가 데드맨이 된 딕에게 스왐프 씽을 막을 방도를 찾아오기를 얘기한다. 나머지는 계속해서 전투를 치르고, 결국 샤잠이 배트맨의 턱을 쳐 쓰러뜨린다.
21화: 딕은 자신의 빙의 기술을 이용해 고담에 있던 포이즌 아이비를 데려와 스왐프 씽과 적대하도록 조장하고, 배트맨을 쓰러뜨린 샤잠도 무력화시킨다. 이 때 할은 배리를 구하기 위해 하우스 오브 미스테리로 뛰쳐들어 간다. 그 와중에 원더우먼은 진실의 올가미로 헌트리스의 목을 너무 세게 졸라 죽여버리고, 믹시즈피틀릭에게 질린 트라이곤은 지옥불을 퍼뜨리기 시작한다.
22화: 할 조던은 콘스탄틴과 닥터 페이트와 적대하지만, 믹시즈피틀릭과 트라이곤의 전투로 개판 오분전 상황이 될 바깥에 나가지 말라는 콘스탄틴의 조언을 듣게 된다. 바깥이 불바다가 되자 싸우던 스왐프 씽과 포이즌 아이비는 녹음을 지키기 위해 어쩔 수 없이 힘을 합친다. 그러나 트라이곤에 의해 하우스 오브 미스테리 바깥에 있는 모두가 지옥에 떨어질 위기에 처하자, 플래시는 모두를 안전한 집 안에 들일 수 있도록 콘스탄틴에게 부탁한다. 결국 콘스탄틴이 플래시를 풀어주자, 배리는 곧장 달려가 밖에 있는 모두를 집 안에 들인다. 그러나 스왐프 씽 만은 너무 늦어버려 집 안에 들이지 못하게 되고, 그렇게 스왐프 씽 혼자 지옥에 떨어진다.
23화: 믹시즈피틀릭과 트라이곤의 전투로 의해 지구가 멸망할 위기에 처하자 딕과 샤잠과 닥터 페이트가 힘을 합쳐 둘 다 몰아내기로 한다. 그 와중에 레이븐이 깨어난다.
24화: 믹시즈피틀릭과 트라이곤의 싸움을 샤잠의 도움으로 닥터 페이트가 막으며 자신을 희생해 믹시즈피틀릭과 트라이곤을 다른 차원으로 보내버린다. 일단 급한 불은 끈 반란군과 정부군은 또다시 진열을 가다듬게 되며 나중에 있을 전투를 준비한다. 콘스탄틴은 트라이곤이 사라지자, 자신의 목적이 애초에 트라이곤을 몰아내는 것이였다는 것을 밝히며 딸인 로즈를 데리고 배트맨을 떠나간다.
1화: 올림포스 산의 꼭대기에서 아레스와 해라클레스가 만난다. 그리고 아레스는 헤라클레스에게 어떤 제안을 하나 건넨다. 한편, 정부군은 배트맨의 반란군을 찾기 위해 혈안이 되어있는 상태. 슈퍼맨은 할 조던에게 능력을 더 짜내 조사를 착수하라고 명령한다. 할 조던은 그걸 불가능으로 여기며 자신을 부하로 생각하지 말라며 슈퍼맨과 적대한다. 이를 막은 원더우먼도 슈퍼맨이 다른 히어로들을 하대하면 반대 세력이 늘어날 거라며 경고한다. 한편 알래스카에 은둔 중인 배트맨을 알프레드가 보좌하며 이 모든 일은 브루스 혼자의 책임이 아니라며 위로해준다. 그 동안 정부군에 있는 사이보그와 데미언 웨인은 서로 자신이 배트맨을 잡겠다고 말장난을 하고 있었는데, 그때 누군가 기습해 사이보그를 쓰러뜨린다. 이후, 배트윙을 타고 어딘가로 날아간 배트맨은 아레스와 만나 아레스의 알 수 없는 제안을 받아들인다.
2화: 10년 전. 신입 경찰 르네 몬토야는 소여 형사와 같이 어느 오컬트 집단의 아지트를 습격한다. 자신을 죽이려 드는 집단의 멤버에게 총을 쏴 죽여 몬토야는 충격에 빠지지만, 할 일을 했을 뿐이라고 뒤이어 나타난 헌트리스에게 위로받는다. 4시간 전. 그 꿈에서 깬 몬토야. 캣우먼은 더 이상 배트맨만 기다리면서 은둔해 살 수는 없다면서 나간다. 한편 할리퀸은 같이 놀자며 포이즌 아이비에게 찾아가지만 거절당한다. 결국 할리는 대신 빌리 뱃슨의 학교로 찾아간다. 현재. 이전 화에서 사이보그를 쓰러뜨린건 르네 몬토야였다. 몬토야는 뒤이어 로빈도 쓰러뜨리고 슈퍼맨에게 당장 나오라고 소리지른다.
3화: 4시간 전. 헌트리스를 죽인 정부군에 분노한 몬토야는 슈퍼맨을 죽이기로 결심하고 캣우먼의 도움을 받아 워싱턴 DC로 가게 된다. 현재. 자신을 만류하는 부모님의 말을 계속 부정하는 슈퍼맨. 르네 몬토야가 자신을 부른다는 것을 알게되고 바로 날아간다. 그 동안 엄마가 찾아왔다며 학교에서 나온 빌리 뱃슨은 할리퀸을 만난다. 할리퀸을 무시하고 가려던 빌리는 할리에게 뒷통수를 맞아 기절한다. 그 동안 슈퍼맨은 몬토야와 맞선다. 르네 몬토야는 죽을 작정으로 강화약을 엄청나게 많이 한꺼번에 복용한 상태였고, 때문에 슈퍼맨과 비슷한 힘을 얻어냐었기 때문이 그를 죽이려고 한다.
4화: 올림포스. 그 동안의 슈퍼맨의 만행을 지켜보던 제우스와 헤라. 둘은 어쩔 수 없이 인간계에 간섭을 하고자 한다. 그 동안 르네 몬토야와 싸우던 슈퍼맨. 그러나 몬토야는 약의 부작용으로 심한 발작을 일으키다 결국 죽는다. 그때 몬토야를 막으러 브루스 웨인이 헬기를 타고 도착하나, 이미 그녀는 죽은 상태. 이제 배트맨을 없애자는 원더우먼의 의견을 무시하고 슈퍼맨은 오열하는 브루스 웨인에게 돌려보낼테니 항복의 의사만 밝히라고 한다. 그리고 브루스 웨인은 항복의 의사를 밝힌 뒤 다시 반란군 진영으로 돌아간다. 하지만 반란군 앞에서 배트맨은 이 싸움을 절대 끝낼 수 없다며 다짐한다. 그 동안 오라클은 렉스 루터와 연락을 취해 도움을 요청하고, 루터는 자신의 복제 슈퍼맨을 바라본다.
5화: 배트맨은 아쿠아맨에게 도움을 요청하지만, 아쿠아맨은 지난 번에 아틀란티스를 사막에 버려둔 슈퍼맨의 무지막지함 때문에 그를 거역할 수는 없다며 거절한다. 배트맨은 곧바로 반란군 멤버들을 전부 집합시킬 것을 오라클에개 요청한다. 이를 받아들인 오라클은 루터에게 가 허리 수술을 받기 시작한다. 빌리를 애로우 케이브퀴버에 잡아둔 할리도 집합 명령을 듣고 빌리를 잠재운뒤 나간다. 그리고 모두가 모인 그 자리에, 이제 배트걸이 된 바바라 고든이 나타난다. 한편, 슈퍼맨의 정부군에게 아마존들이 찾아온다.
6화: 몬토야에게 진 것을 훈련으로 분풀이 하는 로빈. 그에게 플래시와 사이보그가 한마디 하려고 하지만, 열등감에 마구 공격을 내지르는 로빈의 공격을 피하고 그를 놀리며 떠난다. 몇 일 전. 헤라 여신은 데미스키라에 강림해 아마존 전군을 이끌고 슈퍼맨의 정부군을 칠 것을 히폴리타에게 명령한다. 히폴리타가 정부군에는 다이애나가 있다며 거절하자, 헤라는 히폴리타를 쓰러뜨린다. 현재. 아마존과 정부군이 대치 중인 상황에서 반란군 전부가 그들 앞에 나타난다.
7화: 3일 전. 메트로폴리스 사태와 슈퍼맨에 대해 자책 중이던 루터에게 배트맨이 전화를 건다. 배트맨은 슈퍼맨을 쓰러뜨릴 모든 대안이 다 떨어졌다며 이제 신들과 계약을 맺어야 한다고 한다. 그러고서는 아레스와 계약을 맺은 배트맨. 배트맨의 계략에 따라 아레스와 헤라를 포함한 신들은 히폴리타를 잡아들이고, 강제적으로 아마존들을 정부군과 대치하도록 한 것이다. 이미 제우스까지 정부군을 부정하는 상황이라 원더우먼은 아마존들과 맞서면 배신자가 되어버리는 이러지도 저러지도 못하는 꼴이 된다. 원더우먼은 이 상황 속에서 아마존들과 정부군 내에서 한명씩 대표를 뽑아 그리스 신들의 전통적인 1:1 결투로 승부를 내자는 제안을 한다. 헤르메스가 제안을 받아들이자, 원더우먼은 자기가 나서려 하지만 슈퍼맨이 나서서 자신이 그 대표자가 된다. 그러자 배트맨은 웃으며 아마존들의 대표자는 원더우먼이라고 외친다.
8화: 그 말을 듣자 원더우먼은 열받아서 배트맨을 죽이려 들지만, 제우스가 나타나 만류한다. 그리고 이미 헤라가 히폴리타의 목숨을 담보로 놓은 상황이라, 원더우먼은 아마존들의 편이 될 수 밖에 없는 상황에 처한다. 결국 슈퍼맨과 싸우기로 한 원더우먼. 둘은 혈전을 벌이지만, 원더우먼이 슈퍼맨의 팔을 부러뜨린다.
9화: 원더우먼이 우세한 상황에서도 절대 포기하지 않고 원더우먼을 몰아붙이는 슈퍼맨. 그런 슈퍼맨을 보며 할 조던은 불가능을 가능으로 만드는 의지력의 힘을 떠올린다. 하지만 슈퍼맨의 그 의지력이 무너질 것을 두려워하는 할 조던. 그와 동시에 슈퍼맨도 힘이 부쳐 원더우먼에게 완전히 패배하기 직전에 놓인다. 그 순간 자신이 지배하는 다른 구역을 감시하러 떠났던 시네스트로가 나타나 슈퍼맨은 공포의 힘을 써야만 한다며 원더우먼을 공격한다.
10화: 배신자를 숙청한다는 명목 하에 원더우먼을 죽기 직전까지 상태로 만든 시네스트로. 할 조던은 시네스트로에게 분노하지만, 시네스트로는 자신의 철학을 읊어대며 슈퍼맨에게 너무 무르다고 비판한다. 이 말을 듣고 슈퍼맨은 시네스트로를 때려눕힌다. 그리고 당연히 분노한 올림포스 신들은 총공격을 감행한다. 먼 과거 회상. 슈퍼맨과 원더우먼이 격투 훈련을 장난으로 하자, 배트맨이 슈퍼맨에게 가 원더우먼이 배신했을 경우에는 어떨지를 얘기하며 슈퍼맨에게 똑바로 하라고 말한다. 그런 그를 보며 슈퍼맨은 배트맨이 너무 비뚤어진 마음을 가진 것 같다고 여긴다. 현재. 올림포스의 신들은 저스티스 리그를 거의 다 박살내버린다.
11화: 저스티스 리그의 비상 호출기가 울리고, 알 수 없는 공간을 떠돌던 레이븐은 그걸 보며 고민한다. 잡혀있는 빌리 뱃슨의 호출기는 아레스가 가져간다. 렉스 루터에게도 호출기가 울리나, 그는 무시하고 슈퍼맨의 클론 개발에 계속 집중한다. 신들은 슈퍼맨에게 홀 오브 저스티스를 떠날 시간을 정해줄테니 그 안에 떠나라고 한다. 배트맨은 저들에게 쉴 틈을 줘서는 안된다고 말리지만, 신들의 명에 따라 어쩔 수 없이 굴복한다. 그리고 헤르메스는 원더우먼에게 먼저 올림포스로 떠난 제우스에게 가자고 끌고 가려고 한다.
12화: 원더우먼은 이 곳을 떠나지 않겠다며 발버둥치고 해르메스를 때려눕힌다. 결국 또 저스티스 리그와 신들 간에 싸움판이 벌어지고, 저스티스 리그가 또 패배한다. 한편, 아레스는 빌리 뱃슨을 풀어주며 슈퍼맨에게는 네가 필요하다는 말을 꺼낸다.
13화: 슈퍼맨을 쓰러뜨린 해라클레스. 그러나 그를 샤잠이 나타나 때려눕히기 시작한다. 그 사이 혼란한 틈을 타 원더우먼의 진실의 올가미를 빼앗은 배트우먼은 올가미로 원더우먼의 목을 조르지만, 이렇게 죽을 가치가 없다며 풀어준다. 그 사이 샤잠과 싸우던 헤라클레스의 뒤를 슈퍼맨이 치면서 죽여버린다.
14화: 헤라클레스가 죽자 더욱 분노한 신들은 공격을 가속화한다. 그 사이 로빈은 배트맨과 만나 대적한다. 그리고 가슴에 붙은 로빈 마크를 떼어버리며 이제 더 이상 배트맨과의 관계를 완전히 끊을 것을 다짐하며 맞서지만, 배트맨에게 패배한다. 그 동안 신들과 싸우던 샤잠에게 번개가 내리쳐 샤잠은 다시 빌리 뱃슨으로 돌아간다.
15화: 빌리는 샤잠을 외치지만, 다시 강림한 제우스에 의해 힘이 완전히 막혀버렸다. 빌리를 좋아하는 할리가 제우스를 공격하려 하지만, 번개를 맞고 바로 사라진다. 저스티스 리그는 결국 제우스의 호령에 따라 해산을 결정한다. 헤르메스는 뉴스 인터뷰로 이제 슈퍼맨의 정권은 끝났다고 선언한다. 그 뉴스를 지켜보던 루터는 누군가를 만난다. 그 사이, UN을 시네스트로가 습격해 뭔가를 꾸민다. 루터는 알 수 없는 인물을 슈퍼맨에게 데려다 준다. 그리고 그 인물의 정체는 사실 아레스였다.
16화: 과거. 신들 간의 대전쟁과 라그나로크가 일어나던 시기. 아레스는 다른 신들의 몰락을 지켜보며 저들을 도와야 한다며 나서지만, 제우스와 헤라는 전쟁광 아들을 비난하며 그를 전쟁의 신이라는 이름 하에 묶어버린다. 이후로 복수를 다짐했던 아레스는 슈퍼맨을 끌어들이려는 계획이였던 것. 슈퍼맨은 아레스에게 어떻게 해야 올림포스의 신들을 처리할 수 있는지 묻고, 아레스는 제우스도 꺼리는 형제들인 포세이돈과 하데스의 얘기를 한다. 한편 데미스키라에 머물던 배트맨. 그에게 원더우먼이 나타나 비난한다. 그런데 그때, 높은 쓰나미가 일어나 데미스키라를 향해 온다.
17화: 빌리, 할리퀸, 히폴리타는 지하계로 떨어져 스틱스 강을 건너가 저주받은 자들의 땅으로 향하게 된다. 그 동안 데미스키라에 있는 모두들은 쓰나미를 데려오고 있는 포세이돈을 막으려 하지만, 슈퍼맨이 포세이돈과 손을 잡았다는 것을 알리며 방해한다. 배트맨은 이에 아쿠아맨과 메라를 호출한다. 아쿠아맨은 처음에는 주저하지만, 결국 포세이돈의 쓰나미를 막아서며 나타난다.
18화: 지구가 아닌 곳의 어느 용암 지대. 아레스가 누군가를 만나 모든게 계획대로 되고 있다는 사실을 알린다. 하지만 아레스를 도청 중이던 루터가 이 모든게 아레스의 계략이였단걸 배트맨에게 알린다. 그동안 포세이돈과 결투를 벌이던 아쿠아맨은 포세이돈을 상어에게 먹이지만,[39] 메라가 포세이돈의 능력에 밀리자 결국 섬이 물에 휩쓸리기 시작한다.
19화: 지하계에 떨어진 빌리, 할리퀸, 히폴리타는 강화 약물을 먹고 지하 세계의 괴수들과 싸우며 탈출을 계획하지만 아레스에게 저지당한다. 세 명이 아레스와 싸우던 도중, 빌리가 아레스에게서 떨어진 마더박스를 입수하고, 모두를 알 수 없는 다른 곳으로 이동시킨다.
20화: 쓰나미가 섬 전역을 뒤덮기 직전, 제우스가 나타나 포세이돈을 막아선다. 슈퍼맨은 이에 제우스를 공격하지만, 제우스는 가볍게 떨쳐낸다. 배트맨은 이 일의 모든 흑막이 아레스라고 알려주지만, 제우스는 듣지를 않는다. 배트맨이 이어서 할리가 마더박스를 입수했다는 정보를 슈퍼맨에게 알려주자, 슈퍼맨이 놀란 표정을 짓고 하늘로 날아간다.
21화: 슈퍼맨이 사라진 사이, 각국의 정부는 지상에 위협이 될지도 모르는 그리스 신들에 대한 핵전쟁을 준비한다. 할리, 빌리, 히폴리타를 붙잡은 다크사이드에게 슈퍼맨이 날아온다. 아레스와 짜고 그리스 신들 간의 젼쟁을 조장한 원흉이 바로 다크사이드였던 것. 슈퍼맨과 대면한 다크사이드는 결투를 벌이고, 그 사이 잡혀있던 세 명은 마더박스를 이용해 지구로 돌아가 배트맨 등의 히어로들을 호출한다. 할리를 만난 배트맨은 할리의 마더박스를 인계받는다. 그 사이 제우스는 로마 전 지역을 공격하기 시작한다.
22화: 마더박스로 뉴 제네시스에 가 다크사이드의 천적 하이파더를 만난 배트맨. 배트맨은 하이파더에게 아레스가 다크사이드와 손을 잡았다는 것을 알려준다. 한편, 슈퍼맨과 계속 대전 중이던 다크사이드는 심복 데사드가 이러다간 아포콜립스까지 위험해진다고 말리자, 그를 가차없이 죽여버린다. 그리고 다시 결투를 시작한다. 그 사이 지구에서는 모든 히어로 세력들이 각자 앞으로 해야 할 일들을 준비하고 있으며, 각국의 정상들이 그리스 신들을 향해 핵무기를 하늘로 쏘아올린다.
23화: 정부군이 데미스키라를 습격한다. 한창 전투가 이어지던 도중, 하늘에서 핵무기들이 나타난다. 하지만 핵무기들을 전부 처리한 원더우먼과, 뒤이어 나타난 슈퍼맨. 일을 마친 후 슈퍼맨이 데미스키라에 서자, 제우스가 나타나 그를 막아서려고 한다. 하지만 하이파더가 나타나며 제우스를 막아선다.
24화: 하이파더는 시간을 멈춘 뒤 제우스에게 모둔 사건의 전말을 설명하고 신들이 있으면 지상의 상황이 더 악화되기만 하니 지구에서 떠나기를 명한다. 이에 모든 진실을 알고 납득한 제우스는 떠나게 되고, 빌리에게도 다시 샤잠의 힘을 준다. 이 모습을 본 하이파더도 다시 자신의 세계로 간다. 이제 골칫거리들이 사라진 슈퍼맨은 다크사이드에게 지구를 건드리지 말라고 으름장을 놓은 뒤, 핵무기를 발사한 각국 정부에게도 이제 모든 권한을 내놓으라며 협박을 한다. 마지막으로 배트맨에게 호출해 어느 지점에서 만나자고 하며 함정을 깔아두지만, 배트맨은 슈퍼맨을 만나주지 않는다. 배트맨과 교신 중이던 루터가 자신이 실험 중이던 슈퍼맨의 복제 인간이 탈출했다는 사실을 알아내게 되며 이어4는 막을 내린다.
게임 본편이 시작하기 직전을 다루고 있다. 코믹스의 마지막 부분은 게임의 오프닝과 겹치는 장면이 많다.
1화
플라스틱맨이 아틀란티스에서 범죄자들을 탈출시키자 분노한 슈퍼맨. 그에 따라 저스티스 리그는 흩어진 악당들을 소탕하는데 힘쓴다. 그동안 자기 백성들을 고통스럽게 한 것에 대해 죄책감을 가지고 있는 원더우먼. 하지만 히폴리타 여왕은 그녀를 위로하며 원더우먼이 사랑하는 슈퍼맨에게 가보라고 조언한다. 한편 배트맨은 이제 슈퍼맨의 감옥에서 막 풀려난 캡틴 콜드를 제외한 로그스와 손을 잡는다. 플래시가 킬러 프로스트 등의 파이어스톰 악당들을 열심히 잡으려고 고군분투하던 그때, 분노한 상태의 슈퍼맨이 나타난다. 악당들은 슈퍼맨을 보자 모조리 전부 항복한다. 슈퍼맨이 악당들을 잡아가던 그때, 둠스데이가 우주에서 날아와 슈퍼맨 앞에 착륙한다.
2화
브루스 웨인과 셀리나 카일은 변장한 채로 커피숍 앞에서 말다툼을 한다. 5년 동안 갖은 수를 써도 슈퍼맨을 이기지 못했으니, 다 포기하고 슈퍼맨의 편을 들자며 캣우먼이 배트맨을 설득하려는 것이다. 그동안 슈퍼맨은 둠스데이와 싸우며 도시를 다 때려부수고, 싸움은 고담에서까지 이어진다. 그 모습을 본 베인은 자기가 나설 차례라는 말을 하며 다가간다.
3화
홀 오브 저스티스에 도착한 원더우먼은 저스티스 리그 감시카메라를 보다 둠스데이가 지구에 왔다는 사실을 알아낸다. 원더우먼이 급히 둠스데이를 향해 날아가던 순간, 갑자기 베인이 둠스데이를 포박해 슈퍼맨이 둠스데이를 쓰러뜨릴 수 있게 도와준다. 원더우먼은 바로 베인을 잡으려 들지만 베인은 자신의 목적과 슈퍼맨의 목적이 같고, 자신은 세계 곳곳의 음지를 조사할 수 있는 능력이 되니 정부군에 끼워달라는 협상을 건다. 그 사이 옐로우 랜턴 할 조던과 사이보그가 패러사이트를 잡는데 고군분투하자, 슈퍼맨이 바로 가 패러사이트를 태양 속에 던져버린다. 이후 저스티스 리그가 모두 모여 베인을 어떻게 처리할지 회의하던 도중, 호크걸이 나타나 베인을 팬다. 하지만 고심한 슈퍼맨은 베인을 정부군에 끼우고, 자신과 목적이 같은 쓸모있는 자들은 아무리 범죄자라도 동료로 받아들일 것을 선언한다. 그리고 아무도 이에 대해 이의를 제기하지 말라고 으름장을 놓는다. 한편, 독일에 거구의 남자가 나타난다.
4화
사이보그에게서 현재 범죄율이 어느 정도로 줄었는지 듣는 슈퍼맨. 그때 원더우먼이 나타나 슈퍼맨에게 자신은 범죄자를 동료로 받아들일 수 없다는 의견을 내비춘다. 한편, 독일에서 벌거벗은 채 돌아다니는 거구의 남자. 어느 재단사 노인이 그를 불쌍히 여기고 빨간 천을 둘러준다. 그러나 노인은 그 남자의 얼굴을 보고 슈퍼맨이라 생각하며 매우 놀란다. 그 동안 캣우먼은 고담에서 펭귄을 배트맨의 반란군 멤버로 끼우려고 한다. 캣우먼은 펭귄에게 자신만의 규율이 있는 범죄자들을 배트맨의 편에 끼우려는 것. 하지만 펭귄은 자신은 지는 게임을 하지 않는다며 베인을 부른다. 베인은 뒤이어 나타난 킬러 프로스트와 함께 캣우먼을 붙잡는다.
5화
재단사 노인은 거리에서 만난 낯선 남자가 슈퍼맨인줄 알고, 그를 불러들여 슈퍼맨 옷을 만들어준다. 하지만 남자는 거울을 보고 마크가 뒤집혔다며 성질을 부린다. 어쩔 수 없이 노인은 거울 속에서 슈퍼맨 마크가 똑바로 되도록 마크를 뒤집어놓는다. 인저스티스 세계관의 비자로가 탄생한 것. 한편, 펭귄에게서 캣우먼이 납치되었다는 것을 알게된 배트걸은 배트맨과 연락을 한다. 슈퍼맨이 드디어 흉악한 악당들과 제대로 손을 잡았다는 것을 알게된 배트맨은 분개한다. 하지만 렉스 루터는 현재 초인 약물의 공급량이 급격히 떨어지고 있으니, 슈퍼맨은 세력을 유지하기 위해 더 많은 범죄자들과 손을 잡을 거고, 배트맨도 동료의 기준을 넓혀야만 한다고 조언한다. 그동안 블러드헤이븐에서 데미언 웨인을 쫓는 리그 오브 어쌔씬. 라스 알 굴과 리그는 범죄자들이 풀려난 지금이야말로 자신들이 세계를 무너뜨릴 기회라면서 데미언을 설득하지만, 오히려 데미언을 쫓던 리그 전체가 죽고 만다. 홀 오브 저스티스에서는, 새롭게 정부군이 된 베인과 킬러 프로스트가 캣우먼을 잡았음에도 돌아오지 않자 원더우먼이 그들에게 가려고 한다. 그녀와 대화 중이던 슈퍼맨은 자기 말 안 끝났다면서 윽박지르지만, 원더우먼은 캣우먼이 고문 당하는 것은 막아야 한다면서 간다. 그동안 베인과 킬러 프로스트는 캣우먼에 대한 고문 준비를 한다.
6화
슈퍼맨이 범죄자들을 영입해가며 국민들을 압박하자 "최소한 조커는 자유를 지향했다"라는 의견을 가진 집단이 비밀 집회를 열기 시작한다. 그 곳에 몰래 숨어든 할리 퀸은 캣우먼이 베인에게 납치되었다는 소문을 듣게된다. 할리 퀀은 곧바로 반란군 진영에게 이 사실을 알리지만, 사실 베인이 캣우먼을 걸고 배트맨에게 도전장을 내미는 동영상을 인터넷에 유포시킨지라 다들 알고있었다. 이에 배트맨, 배트우먼, 할리 퀸은 베인과 킬러 프로스트를 만난다. 배트맨과 베인이 싸우기 시작하지만, 배트맨은 베인의 공격을 요리조리 피할 뿐 반격하지는 않는다. 그러나 사실 이 배트맨은 베인의 시간을 벌기 위한 홀로그램이였고, 그 사실이 밝혀지자 배트우먼과 할리 퀸은 베인과 킬러 프로스트와 싸운다. 그때, 슈퍼맨과 원더우먼이 나타난다. 그 사이 배트걸은 붙잡힌 캣우먼을 추적해 찾아내지만, 정부군의 편에 선 킬러 크록이 나타나 배트걸과 싸운다. 그 동안 슈퍼맨과 원더우먼은 계속 베인에게 캣우먼의 위치를 알려달라고 얘기하는 중이다. 그때, 배트맨이 배트모빌로 베인을 쳐버리며 나타난다.
7화
초인 약물을 먹어서 어찌어찌 슈퍼맨과 원더우먼의 공격을 막아내는 반란군. 그 동안 배트걸은 킬러 크록과 싸우며 슬며시 캣우먼에게 초인 약물을 먹인다. 그렇게 캣우먼이 탈출하자, 배트맨은 납 가스를 이용해 슈퍼맨의 시야를 가린 후 미러 마스터의 능력을 통해 도망친다. 캣우먼은 배트맨에게 이제 싸움은 그만두고 도망치자고 하지만, 배트맨이 거절하자 자신이 반란군에 계속 남기를 기대하지는 말라고 한다. 한편, 사나가르 행성에 도착한 호크맨. 호크맨은 아내 호크걸이 지구에 갔다는 것을 알자 분노하며 지구로 향한다.
8화
범죄자를 잡던 도중 호크맨과 만나게 된 호크걸. 호크맨은 사나가르 행성의 전쟁을 돕지 않고 왜 지구에 있냐는 말을 하며 호크걸을 데려가려고 한다. 호크맨은 그를 말리는 사이보그를 쓰러뜨리고 바로 원더우먼과 대적하지만, 호크걸은 자신의 싸움이라며 호크맨에게 1:1 승부를 건다. 막상막하의 승부 끝에 호크맨은 패배하고, 원더우먼은 그에게 지구에서 나가라는 말을 한다.
9화
슈퍼맨의 정부군은 전 세계로 세력을 확장한 상태.[40] 그리고 스몰빌에는 슈퍼맨의 석상이 세워진다. 그 순간, 로그스 멤버들이 전 세계에 있는 정부군 기지와 슈퍼맨 석상이 세워진 곳에 테러를 일으킨다. 한편, 테러 영상을 TV로 보고있던 비자로가 슈퍼맨이 나설 일이 생겼다며 움직이기 시작한다. 그 동안 슈퍼맨은 렉스 루터에게 왜 더 이상 초인 약물을 만들지 않느냐고 따진다. 렉스는 재료의 양이 너무 부족해졌다며 어쩔 수 없다는 모습을 비추고, 플래시는 그런 슈퍼맨에게 "이제 악당들과 동료가 되는 마당에 약물이 무슨 소용이냐"며 대립각을 세운다. 한편, 로그스에서 쫓겨난 상태의 트릭스터가 정부군 기주로 오토바이를 타고 가고 있는데, 하늘에서 누군가가 날아다닌다. 그리고 얼마 뒤, 슈퍼맨의 정부군을 잡아들여 거울 차원에 감금 중이던 로그스에게 비자로가 나타난다.
10화
트릭스터는 하늘에서 나타난 형체를 쫓아 정부군 기지 중 하나로 들어서는데, 그 안에서는 비자로가 로그스를 마구잡이로 공격하기 시작하고 있었다. 하필 거울 차원을 다루는 미러 마스터가 기절해버려서 도망도 못 가고 배트맨도 도와줄 수가 없는 상황. 그때 웨더 위저드가 비자로에게 "가짜"라는 말을 하자, 비자로는 히트비전으로 히트웨이브와 웨더 위저드를 죽인다. 비자로가 그 순간 트릭스터를 보지만, 트릭스터는 자신이 "친구"라면서 비자로를 안심시킨다. 비자로는 트릭스터를 데리고 하늘로 날아간다. 곧바로 슈퍼맨이 나타나지만, 골든 글라이더와 미러 마스터는 바로 반란군에게 도망친다. 점점 심해지는 상황을 받아들이기 어려워진 캣우먼은 결국 반란군에서 탈퇴한다.
11화
슈퍼맨이 지금 세상의 왕이란 걸 들은 비자로는 그 자리를 탐내는데, 트릭스터가 "가짜 슈퍼맨이 그 자리를 차지했다"라고 하자 비자로는 분노한다. 한편 자신을 사칭한 자가 돌아다니고 있다는 사실을 알아낸 슈퍼맨은 그를 어떻게든 찾아내라고 저스티스 리그에게 명령한다. 슈퍼맨은 렉스 루터에게 가 "네 짓이냐"고 묻지만, 렉스 루터는 아니라고 거짓말을 한다. 슈퍼맨이 청력을 이용해 심장 박동수를 듣지만, 렉스 루터가 자신의 심장 리듬을 조절했기 때문에 슈퍼맨은 결국 속는다. 그 사이 토이맨을 잡아들이던 호크걸과 정부군. 토이맨은 자신의 새 장난감을 건드리지 말라고 하는데, 사실 그 장난감은 솔로몬 그런디였다. 솔로몬 그런디를 잡기 위해 슈퍼맨이 출동하는데, 그때 비자로도 같이 등장한다.
12화
슈퍼맨, 비자로, 그런디의 3파전이 일어나며 도시가 쑥대밭이 되자 할 조던이 나타나 돔으로 셋을 모두 가둔 뒤 그 안에서만 싸우라고 한다. 하지만 비자로는 돔을 뚫고 도망가고, 슈퍼맨은 그런디의 머리를 뜯어버린다. 솔로몬 그런디를 통제할 방도가 없는 슈퍼맨은 렉스 루터에게 그를 데려가 그런디를 조종할 방법을 알아내라고 명령한다.
13화
배트케이브에 들어온 데미언을 알프레드가 반갑게 맞아준다. 알프레드는 슈퍼맨을 비판하며 데미언에게 배트맨의 편에 서라고 충고하지만, 데미언은 거부한다. 그리고 알프레드는 나이트윙의 옷이 사라졌다며 걱정한다. 한편, 할리 퀸과 함께 보석을 털고 도망치는 캣우먼. 그들의 앞에 데미언이 나타나 자신들과 합류할 생각이 없냐고 묻는다. 하지만 캣우먼은 그대로 도망친다.
14화
고담의 정신병자들이 숨어있는 장소에 도착한 데미언.[41] 데미언은 모두를 체포하려고 하지만 실패하고 두들겨맞아 기절한다. 정부군의 병원에서 깨어난 그는 슈퍼맨으로부터 생일 선물을 받는다. 바로 죽은 나이트윙의 옷과 봉. 이 옷을 입고 데미언 웨인은 새로운 나이트윙이 된다.
15화
새로운 조커의 추종자들이 늘어나고 있다는 소식을 들은 슈퍼맨은 분노하며 그들을 모두 찾아낼 것을 명령한다. 이어 슈퍼맨이 자신에게 불만이 있는 사람은 그냥 그대로 받아들리라는 방송을 하지만, 조커 추종세력은 계속 불어나고 무기까지 갖추어 이제 완전히 군대처럼 세력이 확대된 상태. 그 모습을 할리 퀸이 지켜보자 배트우먼이 그녀를 끌고오기 위해 나타난다. 하지만 새로운 조커 클랜은 할리 퀸을 배트우먼에게 넘기지 않으려고 한다.
16화
이틀 전, 배트우먼은 캣우먼을 다시 반란군에 끌어들이려고 하지만, 캣우먼은 거절한다. 현재, 새 조커 클랜은 배트우먼과 맞서지만 속수무책으로 당한다. 배트우먼은 이런 세력을 가지고 어떻게 슈퍼맨과 맞설 거냐며 조커를 숭배하지 말고 다른 식으로 슈퍼맨에 저항하라고 조언한다. 한편 조커 클랜 기지를 알아낸 슈퍼맨은 곧장 날아간다. 배트우먼과 할리 퀸은 조커 클랜에게 자신들의 말을 들어주기만 하면 도와주겠다고 하며 떠난다. 조커 클랜이 이에 대해 고심하던 그때, 슈퍼맨이 나타난다. 조커 클랜은 슈퍼맨에게 자유를 달라고 외치며 조커의 이름을 외치지만, 슈퍼맨은 히트비전으로 그 수백명의 사람들을 모조리 몰살시킨다.
17화
트릭스터는 비자로에게 계속 사회의 규율을 가르치지만, 비자로는 말을 안 듣고 자꾸 의도치 않게 사람들을 죽이고 다닌다.
18화
비자로에게 안겨 날아다니는 트릭스터. 비자로가 사람들을 죽이자 화난 트릭스터는 비자로를 윽박지른다. 그때, 비자로가 재채기를 하려고 입에 손을 갖다대며 트릭스터를 놓치고, 결국 트릭스터는 낙사하고 만다. 친구가 죽어서 어쩔줄 몰라하는 비자로는 자신과 처음 만났던 재단사에게 트릭스터의 시체를 가져와 고쳐달라고 요구한다. 그 과정에서 깽판을 놓자 슈퍼맨이 출동하지만, 이미 비자로는 다른 곳으로 간 상태. 그 상황에서 렉스 루터의 실험실에 비자로가 나타나 트릭스터를 고쳐달라고 요구한다.
19화
비자로를 추적 중인 저스티스 리그. 슈퍼맨이 그를 산 채로 잡아오라고 명령하자, 전부터 슈퍼맨의 폭력적인 방식에 조금씩 반기를 들어온 할 조던은 "정부군 방식이라면 일단 머리를 자르는줄 알았는데?"라며 슈퍼맨을 조롱한다. 한편, 자신을 아버지라고 부르는 비자로를 만난 렉스. 사실 비자로는 렉스가 극지방에서 찾아낸 냉동 외계 생명체였고, 렉스가 실험용으로 가둔 것이 탈출했던 것. 렉스는 비자로의 신체를 검사하는 척하며 슈퍼맨이 알아내기 전에 어떻게든 비자로를 없애려 하지만, 비자로는 끄떡도 안 한다. 결국 렉스는 고독의 요새로 들어가는 방법을 알려주며 비자로에게 그 곳에 가도록 한다. 비자로가 고독의 요새에 들어서자, 거기에는 렉스 루터가 컴퓨터 프로그램으로 세뇌시켜놓은 둠스데이가 기다리고 있었다.
20화
렉스는 자신이 조종하는 둠스데이와 싸우는 비자로를 슈퍼맨에게 알린다. 슈퍼맨은 바로 그 곳에 가 비자로를 쓰러뜨리려고 한다. 하지만 렉스는 둠스데이에게 슈퍼맨도 공격할 것을 지시하며, 슈퍼맨에게는 둠스데이가 지금 비자로와 슈퍼맨을 혼동하고 있다고 거짓말을 한다. 하지만 차마 살인을 할 수 없던 렉스는 슈퍼맨에 대한 공격을 중단한다. 하지만 둠스데이는 비자로를 죽인다. 슈퍼맨은 죽은 비자로의 시체를 렉스에게 놓으며 이에 대해 조사하라고 명령한다.
21화
할리 퀸은 정신과 놀이를 하며 왜 저스티스 리그가 살인을 하지 않는 배트맨이 아니라 살인을 저지르는 슈퍼맨을 따르는지 모르겠다며 불평하고 나간다. 한편 로그스는 술집에서 죽은 웨저 위저드와 히트웨이브의 장례식을 치르는 중. 그때 플래시가 나타난다. 로그스는 당연히 플래시를 적대시하지만, 플래시는 자신도 장례식에 참가하기 위해서 온 것이라고 한다.[42] 그래서 같이 술을 마신다. 그 동안 할리 퀸은 학교로 가는 빌리 뱃슨에게 샤잠으로 변하지 않으면 친구들에게 총을 쏠 거라고 협박한 다음, 왜 슈퍼맨의 편에 붙은 건지 물어본다. 샤잠은 방금 전까지 애들을 두고 협박하거나 메트로폴리스를 없앤 것 때문에 어이없어하지만, 할리 퀸은 아이를 진짜 죽일 생각은 없었고 메트로폴리스 사건에 대해서는 자신은 운반 작업만 한 거라고 한다. 샤잠은 이제 초인 약도 줄어들고 있으니 싸움을 걸지 말라고 하지만, 이미 약물을 복용한 할리는 샤잠을 공격한다.
22화
샤잠과 싸우던 할리는 그가 배트맨 편에 붙지 않으러 하자 다시 돌아간다. 그날 밤, 웨인 저택. 슈퍼맨이 알프레드를 찾아와 데미언에게 자신에 대한 안 좋은 소리를 지껄인 게 맞냐고 추궁한다. 알프레드는 슈퍼맨에게 이어1 때 두드려 맞은 게 아직도 아프냐고 조롱한다. 슈퍼맨은 알프레드와 설전을 벌이다 떠난다. 할리 퀸은 집에 돌아가 슈퍼맨의 정부군과 끝까지 저항할 것을 다짐한다. 히말라야에서는, 배트맨이 호크맨을 만나 무언가 계약을 맺기 시작한다.
23화
샌프란시스코에 있는 초인 감옥을 관리 중인 시네스트로에게 슈퍼맨이 찾아와 은밀한 얘기를 한다. 한편 배트맨은 알프레드의 생일 파티를 준비하며, 왜 자신의 나이 혹은 가짜 생일이 아닌 진짜 생일을 알려주지 않느냐고 불평한다. 그리고 만일 자신이 틀린 거고 슈퍼맨이 맞는 거면 어떻게 할지 고민을 털어놓지만, 알프레드는 그에게 절대 아니라고 충고한다. 그러나, 그날 밤 갑자기 배트케이브에 빅터 자즈가 들이닥쳐 알프레드를 죽이려 든다. 알프레드는 열심히 맞서지만 결국 칼에 배가 찢어지고 사망한다. 자즈가 도망친 이후 데미언이 선물을 들고 생일 축하 노래를 부르며 배트케이브에 들어온다. 그리고 알프레드의 시체를 발견한다.
24화
알프레드가 죽자 분노한 데미언과 저스티스 리그 멤버들. 자즈가 갇혀있던 감옥은 시네스트로의 관할이였으니 그를 추궁해야 한다며 리그원들이 얘기한다. 하지만 슈퍼맨이 나서 자신이 직접 시네스트로를 추궁하겠다고 한다. 배트 패밀리도 당연히 분노에 차고, 결국 배트맨이 자즈를 찾아내 누가 암살을 의뢰한 거냐며 두들겨 팬다. 그때 데미언이 나타나 배트맨이 자즈를 죽이지 않는다면, 자기가 죽이겠다고 한다.
25화
배트맨이 자즈를 죽일 것을 거부하자 데미언이 배트맨과 싸운다. 그때 슈퍼맨이 나타나 데미언의 편을 들며 배트맨을 날려버린다. 배트맨은 분명 자즈는 슈퍼맨이 고용한 거라고 하지만, 슈퍼맨은 근거도 없는 거짓말을 한다며 배트맨을 몰아붙인다. 데미언이 자즈를 죽이려는 순간, 배트맨이 아껴두었던 초인 약물을 먹고 슈퍼맨을 두들겨 팬다. 그리고 목을 꺾으려 하며, 데미언에게 이렇게 죽이는 것이 네가 원하는 것이냐며 소리지른다.
26화
배트맨은 슈퍼맨을 죽이려는 대신 자신을 죽일 수 있냐고 추궁한다. 데미언은 곧바로 배트맨의 목에 칼 표창을 날리지만, 배트맨이 붙잡는다. 실망한 배트맨은 슈퍼맨을 놓으며 자신은 데미언의 마음을 알려고 연기를 한 것인데, 데미언은 진심이였다는 얘기를 한다. 이후 저스티스 리그가 나타나 배트맨과 맞서고, 배트맨은 결국 쓰러진다. 그러나 플래시가 배트맨을 데리고 도망친다. 알프레드의 장례식을 제대로 치르어주려면 브루스 웨인이 필요할테니. 배트맨은 플래시에게 스피드포스의 힘을 이용해 이 모든 사건이 일어나기 전으로 돌아가 조커를 막을 수 없는거냐고 하지만, 플래시는 과거를 마음대로 바꾸면 시간계가 어찌될지 모른다며 거절한다. 장례식을 준비하는 브루스 웨인은 알프레드의 짐을 수습하는데, 그 짐에는 알프레드의 진짜 생년월일이 적혀있으며, 알프레드가 이미 자신의 장례식을 준비해왔다는 사실이 드러난다.
27화
5년 전, 연인 아이리스 웨스트가 슈퍼맨이 조커를 죽였다는 소리를 듣고 배리에게 만일 슈퍼맨이 잘못되면 제발 그를 막아달라는 약속을 받아낸다. 현재, 슈퍼맨은 배트맨을 풀어준 플래시에게 미친듯이 분노하며 그를 죽이려고 한다. 하지만 플래시는 피해다니며 상황을 설명하고 떠난다. 배리는 아이리스를 오랜만에 다시 만나지만, 아이리스는 그를 내치며 떠난다. 배리는 바에서 술을 마시며 사람들에게 정부군이 출범한 이후 세상이 더 살기 좋아졌는지 묻는다. 그때, 폭발 소리가 들리자 바로 플래시로 변한 배리는 달려간다. 도착한 곳에는 악당 거더와 킹 샤크가 정부군의 명령을 받고 아이리스 웨스트를 체포하려고 하고 있는다.
28화
아이리스가 반란군과 접촉해 반역죄로 체포당하려 할때, 플래시가 나타나 막아낸다. 한창 정부군과 플래시가 싸우던 때, 킹 샤크가 아이리스를 죽이려 하자 다급해진 플래시가 빗자루를 던져 킹 샤크를 죽인다. 이에 플래시도 이미 살인마로 변한 거라고 믿은 아이리스는 그냥 자신을 체포해 달라고 한다. 플래시는 아이리스를 붙잡고 빌딩 위로 올라가 왜 이러느냐고 묻는다. 아이리스는 이어1 13화에서 슈퍼맨과 원더우먼에게 구타당한 히어로가 자괴감에 3년 전에 자살한 것은 알고 있냐며 따진다. 그리고 배리는 자신과 5년 전 맺었던 약속을 깼다면서 자기를 그냥 체포하라고 한다. 결국 절망한 플래시는 아이리스를 체포하고, 슈퍼맨에게 간다. 슈퍼맨은 자신을 거역해 배트맨을 구해주고 킹 샤크를 죽인 죄는 크지만, 아이리스를 체포한 것은 쉽지 않았을 거라면서 자신에게 완전히 동조할 것인지 묻는다. 그리고 플래시는 슈퍼맨에게 완전히 동조할 것을 선언한다.
29화
모든 희망이 사라져가자 지쳐가는 배트맨은 렉스 루터에게 전화해 우주 구역 2814를 벗어난 곳에 어떤 신호를 보내달라고 한다. 한편, 할 조던은 어떻게 빅터 자즈가 튀어나왔는지 시네스트로를 추궁하지만, 시네스트로는 딴 소리만 늘어놓으며 딴청을 피운다. 결국 할 조던은 시네스트로를 주먹으로 패고 떠나지만, 시네스트로는 떠나는 그를 보며 해맑게 웃는다. 슈퍼맨은 플래시가 완전히 복종했으니 남은 건 다른 국가의 인물들이라며 블랙 아담을 찾아간다. 블랙 아담은 슈퍼맨과 싸우지만 저스티스 리그 전부가 나타나 그를 압도하고, 블랙 아담이 슈퍼맨에게 복종하지 않으면 칸다크 국민 전체가 죽을 거라는 협박에 어쩔 수 없이 항복하고 만다. 그동안 배트맨의 신호를 받은 호크맨은 임무를 완수했다며 피투성이가 된 채 지구로 향하고 있다.
30화
얼마 전, 어느 행성에 들른 호크맨은 우주 폭군 몽굴과 대면한다. 호크맨은 몽굴에게서 크립토나이트 반지를 가져가려고 하는 것. 몽굴은 30초 동안 자신과 싸워 살아남으면 반지를 주겠다고 한다. 호크맨은 받아들이고, 싸우기 시작한다. 그 동안 슈퍼맨은 블랙 아담과 같은 방식으로 아틀란티스의 아쿠아맨을 자기 편으로 끌어들인다. 한편, 렉스 루터가 몰래 깔아놓은 납 열차길을 통해 홀 오브 저스티스 지하로 들어선 배트 패밀리는 홀 오브 저스티스 전력을 차단하고 침투를 시작한다.
31화
단 둘이서 얘기하는 배리 앨런과 할 조던. 둘은 알프레드의 죽음이 시네스트로의 짓인 걸 확신한다. 하지만 둘은 그 배후에 슈퍼맨이 있을 거라는 것을 믿고싶지 않아한다. 자신들이 지금까지 살인마의 편이라는 것을 인정하고 싶지 않기 때문. 하지만, 할 조던은 조커 클랜이 떼거지로 죽은 사건을 얘기하며, 시간대 문제 때문에 그게 비자로가 한 짓일리 없다는 얘기를 한다. 그리고 자신들이 지금까지 무슨 짓을 저지른 건지 고통스러워 한다. 배리 앨런은 그냥 말을 말자며 묻어둔다. 그 동안 슈퍼맨은 레이븐의 공간에 들어가 트라이곤이 무의 공간으로 사라진 이유는 반란군 때문이라며, 레이븐에게 복수하고 싶지 않냐며 그녀를 꼬드긴다. 결국 레이븐도 슈퍼맨의 정부군 편에 서게 된다. 그동안 홀 오브 저스티스에 있던 사이보그 등의 히어로들을 제압한 배트 패밀리 그러나 곧바로 슈퍼맨이 찾아와 그들을 위협한다. 그때, 호크맨의 우주선이 건물을 박살내며 등장한다. 호크맨은 크립토나이트 철퇴를 들고있다.
32화
호크맨이 크립토나이트 철퇴를 지닌 이유는, 몽굴에게서 얻어낸 크립토나이트를 배트맨이 철퇴로 만들어줬기 때문. 호크맨은 이성을 잃고 슈퍼맨을 두들겨패고, 배트 패밀리는 계획과 달리 무작정 들이대는 호크맨을 말리려 하지만 씨알도 안 먹히자, 결국 슈퍼맨의 처리는 그에게 모두 맡긴 채 떠난다. 호크맨은 슈퍼맨을 죽이기 직전까지 가지만, 호크걸이 나타나 그를 막고, 플래시가 철퇴를 빼앗는다. 다시 정신을 차린 슈퍼맨은 전력을 다해 호크맨을 죽어라 패 결국 죽인다. 배트 패밀리는 사이보그를 납치한 채 떠난다.
33화
크립토나이트 중독으로 고통스러워 하는 슈퍼맨은 어떻게든 사이보그를 찾아야 한다며 렉스 루터를 부른다. 그 때, 플래시가 루터에게 나타나 분명 클락이 사이보그의 시스템 안에 다른 사람들이 보아선 안될 무언가가 있는 거라며 렉스에게 얘기한다. 그 동안 배트 패밀리는 사이보그의 시스템을 해킹해 슈퍼맨이 조커 클랜을 몰살하는 장면을 보게된다. 그리고 그 장면을 전 세계에 생중계로 보낼 준비를 한다.
34화
모든 진실이 생중계되려는 순간, 레이븐이 나타나 이 영상은 정부군을 무너뜨릴 거라며 전 세계의 모든 화면 송신을 끊어버린다. 절호의 기회를 놓친 배트 패밀리는 아쉬워하고, 사이보그도 다시 일어나려고 한다. 배트 패밀리는 도망치고, 플래시는 사이보그를 구해낸다. 슈퍼맨은 사이보그에게 단 둘이 은밀히 가 모든 데이터를 다 지워버리라고 명령한다. 그 동안 배트맨은 렉스 루터와 다시 접촉한다. 루터는 호크맨의 철퇴가 사라짐으로써 이제 슈퍼맨을 막을 크립토나이트가 더 없으니 소용이 없다고 하지만, 배트맨은 오래 전에 배트케이브 슈퍼맨을 제외한 저스티스 리그 멤버들이 숨겨놓은 것이 있다는 얘기를 한다. 그러나 그것은 저스티스 리그 동지들의 DNA 코드로 암호를 만들어 봉인해놨기 때문에, 꺼내기 위해서는 정부군 멤버들이 필요한 상황. 그 말을 들으며 죽은 비자로의 시체를 보고있던 렉스 루터는 다른 차원의 저스티스 리그를 데려오면 되지 않느냐는 얘기를 꺼낸다.
35화
다른 차원으로 갈 수 있는 방법은 플래시의 스피드포스 뿐인데 플래시가 협력하지 않으니 소용없다는 배트맨. 그러나 렉스는 그동안 만일에 대비해 플래시의 스피드포스 에너지를 모아온 상태였다. 다만 문제는 이동 장치를 만들어낼 마더박스가 스타 연구소에 있다는 것. 배트맨은 자신에게 아이디어가 있다고 한다. 그리고 데스스트록이 살고 있는 곳으로 가 정부군을 없앨 계획을 찾아냈다며 그에게 임무를 의뢰한다. 연구소에 침입한 데스스트록은 메타몰포와 만나게 된다.
36화
시네스트로의 감옥에 나이트윙이 들어와 자즈를 무참히 죽여버린다. 할 조던은 이에 대해 낄낄대는 시네스트로에게 따지지만, 시네스트로는 어쩔 수 없는 일이라며 할을 돌려보낸다. 할은 죄책감에 빠진 채 어쩔 수 없이 떠난다. 메타몰포를 간신히 쓰러뜨린 데스스트록은 사이보그와 레이븐에게 잡혀버린다. 렉스 루터는 절망하지만, 배트맨은 데스스트록이 마더박스의 설계도를 자신에게 이미 전송했다고 한다. 렉스는 그럼 자신이 그 마더박스를 만들겠다고 한다.
37화
로이스는 임신하고, 알프레드는 75번째 생일을 맞이한 어느 세계. 그린 애로우, 고든, 르네 몬토야 등 모든 캐릭터들이 살아있고, 원더우먼도 착하며, 데미안은 순수한 소년 그 자체, 그리고 클락 켄트는 세상에서 가장 착한 인물 중 하나다. 한편, 렉스 루터는 시네스트로, 블랙 아담, 베인, 아레스, 솔로몬 그런디, 캣우먼과 함께 저스티스 리그를 공격할 준비를 한다. 이 악당들이 메트로폴리스에 나타나자, 저스티스 리그가 출동한다. 그리고 렉스 루터, 베인, 캣우먼, 솔로몬 그런디가 저스티스 리그의 와치 타워를 침공하여 나이트윙, 사이보그, 레이븐과 싸운다. 이 사건의 배후에 루터와 조커의 음모가 있다는 사실을 눈치 챈 배트맨은 조커가 갇혀 있을 아캄 정신병원에 간다. 그러나 그 곳에는 조커는 없다.
38화
조커와 할리 퀸은 아이스크림 트럭을 끌고 열심히 메트로폴리스를 향해 간다. 영웅들이 한창 싸우고 있을 동안, 조커는 슈퍼맨 동상 밑에 렉스 루터가 준 핵폭탄을 심는다. 그 동안 배트맨은 자신을 죽이기 위해 나타난 데스스트록을 처리하고 텔레포트를 통해 와치 타워로 가 거기있는 악당들을 때려잡는다.배트맨은 곧바로 조커가 있는 곳으로 텔레포트한다. 조커는 단 둘이서 얘기하고 싶다며 할리의 따귀를 때리고 쫓아낸다. 조커가 핵을 터뜨리려 한다는 배트맨의 연락을 받은 히어로들은 모두가 메트로폴리스로 이동 중이다. 조커가 핵폭탄의 스위치를 누르려 하고 배트맨을 위시한 히어로들이 조커를 막으려는 바로 그 순간, 조커와 배트맨을 포함해 주변에 있던 원더우먼, 할 조던, 아쿠아맨, 그린 애로우가 사라진다.
39화
다시 인저스티스의 차원. 캣우먼은 배트맨을 해치지 않겠다는 조건 하에 슈퍼맨의 부하로 들어가겠다고 하며, 배트맨이 숨어있는 곳을 알려준다. 그 동안 다른 차원의 상황을 보던 루터와 배트맨은 다른 차원에 문제가 생기지 않도록 그 차원의 악당들이 모두 쓰려져 무력화 될때까지 기다린다. 그때 슈퍼맨이 나타났다는 소식을 듣고, 급히 자리를 피한다. 루터는 텔레포트 장치를 통해 다시 정부군 시설로 돌아간다. 배트걸과 배트우먼은 다른 차원의 조커가 메트로폴리스를 자기 차원처럼 폭파시키려 하는 모습을 보고 급히 그를 이 차원으로 데려오려고 한다. 하지만 제어기가 고장나 작동이 되질 않는다. 그동안 슈퍼맨과 저스티스 리그는 배트맨을 완전히 잡아가려고 한다.
40화 (인저스티스 프리퀄 완결)
배트우먼은 제어기를 억지로 연결하고 배트걸에게 기계를 작동시키도록 한다. 배트걸은 그렇게 되면 배트우먼이 에너지 필드의 중심부에 서게 될 거라고 하지만, 배트우먼은 배트걸이 기계 공학 쪽으로 더 똑똑하니 배트걸은 만일을 위해 남아야 한다고 당부한다. 그 동안 슈퍼맨에게 잡힌 배트맨은 이어1부터 이어5까지 이어져 온 슈퍼맨이 저지른 만행을 하나하나 천천히 얘기한다. 슈퍼맨은 듣던 도중 이게 시간 끌기용이라는 것을 알아채고, 배트걸이 있는 방을 습격한다. 슈퍼맨은 바로 앞에 있던 배트우먼을 향해 거대한 히트비전을 쏘고, 그 순간 배트걸이 차원 이동 기계를 작동시킨다. 배트우먼은 사망한 대신, 저스티스 리그와 배트맨, 배트걸은 전 세계 각각으로 흩어진다. 분노한 슈퍼맨은 배트맨을 찾아내려고 한다.
에필로그
다른 차원의 배트맨이 핵을 터뜨리려는 조커를 막으려는 바로 그 순간, 인저스티스 세계의 메트로폴리스에 떨어져버린 조커와 배트맨. 무언가 이상한 일이 일어나긴 했으나 어찌되었건 조커의 핵폭탄이 터지지 않았고 조커는 배트맨을 탓한다. 배트맨은 메트로폴리스가 그대로 있는 상태에 안심하지만 이에 뭔가 달라진 도시의 광경에 의문을 갖게 되고, 이렇게 게임 본편의 이야기가 본격적으로 시작하게 된다.
오프닝: 프리퀄 코믹스 4화와 비슷한 장면이 나온 뒤,[43] 다른 장소(ELSEWHERE)라는 단어가 나온다.
챕터 1 - 배트맨: 어떤 도시에서 슈퍼맨, 원더우먼, 아쿠아맨, 플래시, 그린 애로우가 아레스, 블랙 아담, 둠스데이와 대치하고 있다. 그리고 렉스 루터, 베인, 캣우먼, 솔로몬 그런디가 저스티스 리그의 와치 타워를 침공하여 나이트윙, 사이보그, 레이븐과 싸우고 있다. 이 사건의 배후에 루터와 조커의 음모가 있다는 사실을 눈치 챈 배트맨은 조커가 갇혀 있을 아캄 정신병원에 간다. 그러나 그 곳에는 조커는 없고, 루터에게 고용된 데스스트로크가 배트맨을 기다리고 있었다. (배트맨과 데스스트로크의 매치 게임이 벌어진다.) 배트맨이 데스스트로크를 제압할 동안, 도시에서 싸우는 히어로들은 빌런들을 모두 제압한다. 그러나 와치 타워에서의 싸움은 아직 끝나지 않았기에, 배트맨은 와치 타워에 텔레포트하여 직접 나타나 베인과 루터와 차례로 맞붙는다. (배트맨과 베인의 매치 게임이 벌어진다. 이 매치에서 승리하면 이어서 루터와의 매치 게임이 벌어진다.) 베인과 루터를 모두 제압한 배트맨은, 루터가 조커에게 핵폭탄을 주었으며, 조커와 할리 퀸이 메트로폴리스 한복판에서 핵폭탄을 폭발시키려 한다는 사실을 듣는다. 배트맨은 저스티스 리그의 모든 히어로에게 코드 레드를 발령하고, 조커와 할리 퀸이 있는 메트로폴리스의 위치 좌표로 즉시 집결하라고 알린다. 잠시 뒤, 배트맨은 핵폭탄을 막 작동시킨 조커와 대치 중이고, 배트맨의 연락을 받은 히어로들은 모두가 메트로폴리스로 이동 중이다. 조커는 핵폭탄의 스위치를 누르려 하고 배트맨을 위시한 히어로들이 조커를 막으려는 바로 그 순간, 조커와 배트맨을 포함해 주변에 있던 원더우먼, 할 조던, 아쿠아맨, 그린 애로우가 슈퍼맨의 지배를 받는 메트로폴리스, 즉 프리퀄 코믹스의 세계로 차원 이동한다.[44] 무언가 이상한 일이 일어나긴 했으나 어찌되었건 조커의 핵폭탄이 터지지 않았고 메트로폴리스가 그대로 있는 것을 보고 배트맨은 안심하는 동시에 달라져버린 메트로폴리스의 광경을 보고 의아감을 느낀다.[45] 조커는 배트맨을 탓하며 배트맨을 죽이려고 달려든다. (배트맨과 조커의 매치 게임이 벌어진다.) 배트맨이 조커를 제압한 그 때, 갑자기 거리에 경찰의 경보가 울려퍼지더니 지프, 탱크, 헬리콥터를 위시하여 중무장한 다수의 군인들이 나타나 배트맨을 포위하고 총구를 겨눈다. 당황한 배트맨은 어떻게 된 상황인지 영문을 모르지만, 일단 그 장소에서 성공적으로 탈출한다.
챕터 2 - 그린 랜턴: 한편, 역시 프리퀄 코믹스의 세계로 이동되었지만 배트맨과는 다른 장소에 떨어진 그린 랜턴, 원더우먼, 그린 애로우, 아쿠아맨도 이상한 점을 느끼고 이 상황을 조사하려고 한다. 그린 랜턴은 반지의 에너지가 별로 없던 상태였으므로, 파워 배터리에서 에너지를 충전하려고 페리스 항공사의 건물로 간다. 그러나 그린 랜턴은 그 건물 안에서 프리퀄 세계의 데스스트록을 결박해놓고 고문하는 프리퀄 레이븐과 프리퀄 사이보그를 발견한다. (그린 랜턴과 프리퀄 레이븐의 매치 게임이 벌어진다. 레이븐을 이기고 나면 프리퀄 사이보그와의 매치 게임이 벌어진다.) 둘을 제압한 그린 랜턴은 프리퀄 데스스트록을 풀어준다. 뒤이어 원더우먼에게서 시네스트로가 도시에서 활개치고 있다는 소식을 듣는다. 그린 랜턴은 곧장 프리퀄 시네스트로가 있는 곳으로 날아가서 그와 대치한다. (그린 랜턴과 프리퀄 시네스트로의 매치 게임이 벌어진다.) 그런데 시네스트로를 쓰러뜨리자 등 뒤에는 바로, 시네스트로 군단의 복장을 입고 있는 또 다른 자기 자신이었다. 그린 랜턴은 프리퀄 세계의 할 조던이 시네스트로 측에 가담했다는 것을 알아차리고 맞서게 된다. (그린 랜턴과 프리퀄 그린 랜턴의 매치 게임이 벌어진다.) 프리퀄 그린 랜턴을 쓰러뜨린 그린 랜턴은 원더우먼, 그린 애로우와 함께 군인들을 피해 달아나던 중, 프리퀄 세계의 배트맨을 발견한다.
(챕터 3 이후로는 원활한 서술 및 이해를 위해, 정상적인 DC 유니버스 우주를 원(原) 세계, 프리퀄 코믹스에 기반한 우주를 프리퀄 세계라고 칭하며, 원 세계에서 온 히어로 및 빌런의 명칭 앞에는 '원'을 접두사로 붙이고, 프리퀄 세계의 히어로 및 빌런의 명칭 앞에는 '프리퀄'을 접두사로 붙여 서술한다.)
챕터 3 - 아쿠아맨: 한편, 원 세계의 원 슈퍼맨, 원 플래시, 원 사이보그는 사라진 히어로들이 어느 차원으로 이동된 것인지 조사하기 시작한다. 다시 돌아와서, 프리퀄 세계로 이동되었던 원 아쿠아맨은 프리퀄 세계의 아틀란티스로 가서 신하에게 지금까지 무슨 일이 있었는지 모두 듣게 된다. 그 뒤 프리퀄 플래시와 프리퀄 샤잠이 프리퀄 슈퍼맨의 사자로 아틀란티스에 도착한다. 이전까지 프리퀄 아쿠아맨인천 연기하고 있던 원 아쿠아맨은 프리퀄 아쿠아맨이 프리퀄 슈퍼맨에게 프리퀄 세계의 아틀란티스를 넘겨주기로 약속한 것을 알고 분개하여 프리퀄 샤잠, 프리퀄 플래시와 맞선다. (원 아쿠아맨과 프리퀄 플래시와의 매치 게임이 벌어진다. 프리퀄 플래시를 이기고 나면, 프리퀄 샤잠간의 매치 게임이 벌어진다.) 그 둘을 때려눕히자, 곧이어 프리퀄 아쿠아맨이 아틀란티스 병사들을 끌고 도착해 다시 맞서게 된다. (원 아쿠아맨과 프리퀄 아쿠아맨의 매치 게임이 벌어진다.) 프리퀄 아쿠아맨마저도 쓰러뜨린 원 아쿠아맨은 다른 아틀란티스 병사들과 싸우는데, 갑자기 시간이 멈춘다. 곧이어 전쟁의 신 아레스가 대화를 위해 나타나지만, 자신들을 불러들인게 아레스인줄 안 원 아쿠아맨은 아레스와 맞선다. (원 아쿠아맨과 프리퀄 아레스의 매치 게임이 벌어진다.) 하지만 아레스는 그들을 이 프리퀄 세계로 데려온 것이 자신이 아닌 프리퀄 세계의 반란군[46]이라는 사실을 알려주고, 원 그린 랜턴, 원 그린 애로우, 원 원더우먼이 이미 도착해있는 반란군 기지로 보내준다. 모두는 프리퀄 배트맨의 반란군에 가담하고, 이 세계의 프리퀄 렉스 루터는 프리퀄 슈퍼맨의 편인 척하면서 프리퀄 배트맨에게 정보를 흘려준다는 것, 프리퀄 슈퍼맨이 크립토나이트로 제조한 특수한 약으로 자기 휘하의 병사들을 초인으로 만들었다는 것, 프리퀄 배트맨이 크립토나이트를 이용한 무기로 프리퀄 슈퍼맨을 쓰러뜨릴 계획이라는 것을 듣는다. 한편, 프리퀄 할 조던은 프리퀄 둠스데이를 무기화할 실험을 하고 있던 프리퀄 슈퍼맨에게 자신들의 복제 인간들이 나돌아다닌다는 사실을 말해준다.
챕터 4 - 조커: 어떻게 경찰에게서 탈출한 원 조커는 자신의 스타일대로 논다. 그 때, 원 배트맨이 나타나 원 조커와 맞선다. (원 배트맨과 원 조커의 매치 게임이 벌어진다.) 하지만 지친 원 배트맨은 원 조커에게 패배하고 원 조커는 원 배트맨을 죽이려 하나, 프리퀄 할 조던과 프리퀄 호크걸이 나타나자 바로 숨는다. 프리퀄 할 조던과 프리퀄 호크걸은 원 배트맨을 끌고가고, 원 조커는 그 둘을 보며 아쉬워한다. 그때 할린[47]이 나타나며 감히 죽은 조커의 얼굴을 하고 돌아다니냐면서 싸움을 건다. (원 조커와 프리퀄 할린의 매치 게임이 벌어진다.) 하지만 프리퀄 할린은 원 조커와 싸우는 과정에서 원 조커가 진짜 조커라는 사실을 깨닫고, 다시 조커 클랜을 소집하러 함께 떠난다. 한편, 잡혀간 원 배트맨은 프리퀄 슈퍼맨의 기지에 결박되어 있다. 원 배트맨에게 프리퀄 슈퍼맨이 찾아오고, 프리퀄 슈퍼맨은 브루스 웨인의 DNA는 맞지만 생명 신호가 다르다는 사실로 원 배트맨이 프리퀄 배트맨과 다른 사람이라는 것을 곧바로 알아낸다. 다시 돌아와서, 원 조커는 프리퀄 할린과 함께 조커 클랜을 소집한 뒤, 프리퀄 할린이 프리퀄 배트맨으로부터 얻은 슈퍼맨의 약을 먹고 강해진다. 조커 클랜이 재집결했다는 소식을 들은 프리퀄 호크걸과 프리퀄 나이트윙이 곧바로 도착하여 원 조커와 맞선다. (원 조커와 프리퀄 호크걸의 매치 게임이 벌어진다. 이 매치에서 승리하면 이어서 프리퀄 나이트윙과의 매치 게임이 벌어진다.) 프리퀄 호크걸과 프리퀄 나이트윙은 약을 먹어 강해진 원 조커에게 모두 패배한다. 그리고 이어서 반란군 모두가 나타나자 프리퀄 호크걸과 프리퀄 나이트윙은 후퇴한다. 프리퀄 배트맨은 원 조커를 잡아 감옥에 넣고, 그 사이 다른 반란군 멤버들은 원 배트맨을 구할 열쇠가 있다는 배트케이브로 떠난다. 또한 프리퀄 데스스트로크는 자신을 고문한 히어로들에 대한 복수심에 반란군에 가입한다. 한편, 원 세계에 있는 원 슈퍼맨, 원 플래시, 원 사이보그는 사라진 모두가 어떤 차원으로 이동되었다는 것을 알게 되고, 그들을 다시 원 세계로 끌어낼 차원이동 기계를 개발하기 시작한다.
챕터 5 - 그린 애로우: 반란군들은 배트케이브로 가기 위하여 웨인 저택으로 간다. 프리퀄 배트맨은 프리퀄 슈퍼맨 측이 웨인 저택이 쳐놓은 방어막을 해체하면서, 프리퀄 코믹스 당시의 이야기를 들려준다. 특히 프리퀄 코믹스 세계의 그린 애로우는 슈퍼맨의 사상을 반대하다 살해당했다는 것을 알게 된다. 프리퀄 배트맨과 원 아쿠아맨이 배트케이브의 예비 전력을 가동시키는 동안 원 그린 랜턴, 원 원더우먼, 원 그린 애로우는 웨인 저택 서재에 있는 배트케이브 비밀길을 지키는 임무를 맡는다. 그런데 서재에는 이미 프리퀄 슈퍼맨 측의 프리퀄 킬러 프로스트와 프리퀄 솔로몬 그런디가 대기하고 있었다. (원 그린 애로우와 프리퀄 솔로몬 그런디와 매치 게임이 벌어진다. 매치 게임에서 승리하면 이어서 프리퀄 킬러 프로스트가 대전상태로 바뀐다.) 그린 애로우 등이 서재에서 그 둘을 때려눕힐 동안, 프리퀄 슈퍼맨은 잡힌 원 배트맨으로부터 얻은 다른 차원의 인간들의 정보를 가지고 프리퀄 렉스 루터에게 그들의 정체를 조사해 달라고 한다. 그러면서 그 복제 인간들이 온 세계에도 로이스 레인이 있을까 하는 의문을 가진다. 다시, 반란군 모두는 배트케이브로 들어간다. 프리퀄 배트맨이 자신들을 차원 이동시킨 이유는 프리퀄 슈퍼맨을 막을 순간을 위해 저스티스 리그 동지들의 DNA 코드로 암호를 설정하여 무기를 봉인해놓았었으나, 프리퀄 슈퍼맨 뿐 아니라 모든 리거들이 타락해버렸기에 코드를 풀 방도가 없어서 다른 차원에서 불러온 것이라고 알려준다. 자신들의 DNA로 봉인을 푼 반란군은 무기를 얻고 떠나려 하나, 낌새를 알아낸 프리퀄 슈퍼맨 측의 프리퀄 블랙 아담과 프리퀄 원더 우먼이 들이닥친다. (원 그린 애로우와 프리퀄 원더우먼의 매치 게임이 벌어진다. 뒤이어 프리퀄 블랙 아담과의 매치 게임도 벌어진다.) 그린 애로우의 주도 하에 둘을 겨우 후퇴시키긴 했으나, 슈퍼맨과 맞설 무기가 고장나버린다.
챕터 6 - 사이보그: 한편, 원 세계에 있는 원 슈퍼맨, 원 플래시, 원 사이보그는 차원 이동기를 만들어내 다른 차원으로 빠진 모두를 원 세계로 끌어내려 하나, 오작동되어 사이보그만 프리퀄 세계로 이동되어 버린다. 우연히 반란군의 기지로 이동된 원 사이보그는 프리퀄 루터와 프리퀄 데스스트로크가 슈퍼맨을 쓰러뜨릴 방도를 찾는다는 대화를 하는 것을 듣고 무작정 달려들어 맞선다. (원 사이보그와 프리퀄 데스스트로크와 매치 게임이 벌어진다. 매치 게임에서 승리하면 이어서 프리퀄 렉스 루터가 대전상태로 바뀐다.) 둘을 쓰러뜨리긴 했으나, 다른 반란군들이 원 사이보그를 말리고 상황을 설명해줘서 오해는 풀린다. 또 한편, 배트케이브에 도착한 프리퀄 슈퍼맨은 반란군이 그곳에 무엇을 위해 왔는지 조사하다가 크립토나이트 무기로 자신을 없애려 한 것을 눈치 채고 급히 언론에 잡혀있는 배트맨을 처형시키겠다고 공표한다. 함정인 것을 알지만 반란군은 원 배트맨을 구할 계획을 짠다. 원 아쿠아맨, 원 원더 우먼, 원 그린 랜턴이 프리퀄 슈퍼맨과 부하들의 발을 묶는 사이, 원 사이보그와 프리퀄 데스스트로크가 와치 타워에 잠입해 텔레포트 기계를 통제하고, 그 사이 원 그린 애로우와 프리퀄 배트맨이 잡혀 있는 원 배트맨을 구하는 것이다. 사이보그는 데스스트록과 팀을 짜는 걸 탐탁치 않아하여 틱틱거리지만 데스스트록은 우리는 서로 다른 세계에 있었으니 개인적인 감정이 없다고 말한다. 그렇게 사이보그와 데스스트록은 텔레포터로 간다. 사이보그는 텔레포트 기계를 통제하려 하나, 뒤이어 슈퍼맨 파의 캣우먼이 나타난다. 사이보그는 자신이 이 세계의 사이보그인 척 하지만 캣우먼이 눈치채 맞서게 된다. (원 사이보그와 프리퀄 캣우먼과의 매치 게임이 벌어진다.) 캣우먼을 때려눕히자 뒤이어 이 세계의 사이보그가 나타나 자신을 방해한다.(원 사이보그와 프리퀄 사이보그와 매치 게임이 벌어진다.) 프리퀄 사이보그를 제압하고 그에게서 와치 타워의 비밀번호를 해킹한 원 사이보그는 왓치타워를 계속 통제하려 한다.
챕터 7 - 데스스트로크: 사이보그가 돌아오자, 데스스트록은 왓치타워의 핵 쪽으로 나아간다. 그 곳에는 샤잠과 플래시가 얘기를 하고 있었다. 샤잠은 슈퍼맨이 잘못된 것 같다고 불평을 하고, 플래시는 아니라면서도 고개를 들지 못한다. 그 때 데스스트록이 둘의 뒤를 친다. 하지만 샤잠은 정신을 차리고 데스스트록과 맞붙는다. (프리퀄 데스스트로크와 프리퀄 샤잠과의 매치 게임이 벌어진다.) 샤잠을 쓰러뜨린 데스스트록은 중앙 컴퓨터의 자폭 장치를 90분 뒤로 맞추어 놓는다.(이 때 도전과제로 스토리 50% 달성이 뜬다. 절반 진행했다는 셈.) 플래시가 막으러오나, 이미 다 끝난 뒤였다. (프리퀄 데스스트로크와 프리퀄 플래시와의 매치 게임이 벌어진다.) 플래시도 때려눕힌 뒤 데스스트록은 사이보그에게 슈퍼맨 파의 심장부인 왓치타워는 없애야 한다고 한다. 뒤이어 루터에게서 전화가 오는데, 페리스 항공사에 고장난 크립토나이트 무기를 고칠 수 있는 기술이 있다는 전보였다. 데스스트록은 페리스 항공사로 가지만, 원더우먼과 킬러 프로스트가 지키고 있는 상황. (프리퀄 데스스트로크와 프리퀄 킬러 프로스트와의 매치 게임이 벌어진다. 매치 게임에서 승리하면 이어서 프리퀄 원더우먼이 대전상태로 바뀐다.) 둘을 쓰러뜨린 데스스트록은 기술을 채가고 유유히 떠난다.[48]
챕터 8 - 배트맨: 그 사이 원래 차원의 아쿠아맨은 바다생물 군단을 지상으로 끌고 올라와 슈퍼맨 파와 맞붙고, 할린은 몰래 조커를 감옥에서 풀어주고, 배트맨과 그린 애로우는 원래 차원의 배트맨이 갇혀있는 곳으로 간다. 그 때 캣우먼과 나이트윙이 나타나 싸움을 건다. (프리퀄 배트맨과 프리퀄 캣우먼와의 매치 게임이 벌어진다. 매치 게임에서 승리하면 이어서 프리퀄 나이트윙이 대전상태로 바뀐다.) 둘을 쓰러뜨린 배트맨과 그린 애로우는 다시 가던 길을 간다. 한편 아쿠아맨에 이어 원더우먼과 그린 랜턴까지 나타나 슈퍼맨과 맞서기 시작한다. 그 사이 배트맨이 원래 차원의 배트맨을 구해주는데, 그린 애로우가 레이븐의 마법에 휩싸여 배트맨을 공격하기 시작한다. (프리퀄 배트맨과 원 그린 애로우와의 매치 게임이 벌어진다.) 그린 애로우를 이겨 마법에서 풀어준 배트맨 앞에 레이븐이 나타나지만, 원래 차원의 배트맨이 뒤에서 기습을 날려 제압을 당한다. 다시 정신을 차린 모두는 후퇴하려 하나, 그들의 눈 앞에 옐로우 랜턴 할 조던이 누군가에게 공격당하면서 떨어진다. (프리퀄 배트맨과 옐로우 랜턴과의 매치 게임이 벌어진다.) 옐로우 랜턴도 겨우 이긴 배트맨은 모두를 끌고 탈출하려 하지만, 그 사이 아쿠아맨, 원더우먼, 그린 랜턴을 모두 쓰러뜨린 슈퍼맨이 눈치채고 그들에게 곧장 날아간다. 프리퀄 슈퍼맨과 배트맨 간의 언쟁이 일어나고 슈퍼맨이 히트 비전을 날리려는 순간 왓치타워의 텔레포트 기계를 통제한 사이보그가 모두를 텔레포트 시킨다. 왓치타워가 점령 당했다는 것을 눈치챈 슈퍼맨은 곧장 날아가나, 그 순간 데스스트록이 가동 시킨 왓치타워의 자폭 장치가 가동 되어 왓치타워는 먼지가 된다. 허망해하는 슈퍼맨 앞에, 누군가 지구에서 "슈퍼맨! 네 시대는 끝났다!"라고 외친다.
챕터 9 - 렉스 루터: 세 시간 전. 자신도 전쟁에 참여하려는 루터는 슈퍼맨의 특수 약을 먹은 뒤 자신의 기계 수트를 입고 밖으로 날아간다. 그런데 밖에서 할린과 놀고 있던 조커가 뜬금없이 바주카를 루터에게 먹인다. 추락한 루터는 잠시 비행 불가 상태가 되고, 그런 그를 조커의 명령에 따르는 할린이 죽이려 한다. (프리퀄 렉스 루터와 프리퀄 할리퀸과의 매치 게임이 벌어진다.) 할린이 패배하자, 조커는 쓸모없다며 할린을 죽이려 한다. 그런 그를 루터가 막아선다. (프리퀄 렉스 루터와 원 조커와의 매치 게임이 벌어진다.) 루터에게 패배해 기절한 조커를 분노한 할린이 죽이려 하나, 결국 포기한다. 다시 비행 기능이 돌아온 루터는 블랙 아담과 호크걸에게 고전하는 그린 랜턴을 돕고, 그 둘을 유인한다. 미사일로 블랙아담과 호크걸을 쓰러뜨리나, 호크걸은 깨어나 루터와 맞선다. (프리퀄 렉스 루터와 프리퀄 호크걸과의 매치 게임이 벌어진다.) 루터는 호크걸을 쓰러뜨린뒤 호크걸을 무능력하게 만드려하나, 뒤에서 샤잠이 친다. (프리퀄 렉스 루터와 프리퀄 샤잠과의 매치 게임이 벌어진다.) 샤잠도 쓰러뜨린 순간, 공중에서 왓치타워가 폭발한다. 그 근처에 슈퍼맨이 있었으나 죽지 않았다는 것을 안 루터는 슈퍼맨을 유인하기 위해 "슈퍼맨! 네 시대는 끝났다!"라고 외치고 수리한 크립토나이트 무기로 슈퍼맨을 조준한다. 하지만 등 뒤에서 샤잠이 깨어나 루터를 막아내고, 슈퍼맨은 배신감에 분노해 루터를 목졸라 죽여버린다. 그 순간, 그를 지켜보던 시민들이 슈퍼맨이 완전히 미친 것 같다는 말을 계속 속삭이고, 슈퍼 청력 때문에 그 모든 속삭임이 들리던 슈퍼맨은 엄청난 스트레스를 받으며 후퇴한다.
챕터 10 - 플래시: 후퇴한 슈퍼맨은 자신을 부정하는 시민들에 대한 본보기로 메트로폴리스와 고담을 함락시키고 다른 자들이 온 차원으로 이동해 그들 차원도 박살낼 계획을 세운다. 샤잠은 그 말을 듣고는 이건 너무 멀리 나간 것이라며 슈퍼맨에게 반박하지만, 슈퍼맨은 말없이 샤잠의 목을 조른 뒤 입을 냉동 입김으로 막아 반항의 여지도 주지 않고, 머리를 히트 비전으로 뚫어버린다. 슈퍼맨은 사이보그와 레이븐에게 언론을 통제하게 하고, 원더우먼과 호크걸과 블랙 아담은 자신과 함께 침공을 하게 하며 시네스트로는 군대를 준비시키도록 하고 할과 플래시, 솔로몬 그런디에게는 둠스데이를 출격시키라 명령한다. 하지만 샤잠이 죽은 뒤 자신들이 틀렸다는 것을 깨달은 플래시는 절친인 할에게 모든게 틀렸다는 것을 알려주려 하나, 할이 말을 듣지 않자 탈퇴를 선언하고 나가려 한다. 그러자 할과 솔로몬 그런디가 플래시와 맞선다. (프리퀄 플래시와 프리퀄 그린 랜턴와의 매치 게임이 벌어진다. 매치 게임에서 승리하면 이어서 프리퀄 솔로몬 그런디가 대전상태로 바뀐다.) 둘을 쓰러뜨린 플래시는 곧장 군대를 준비하며 포로들을 처형시키려는 시네스트로에게 달려가 군대의 총을 전부 빼앗고 싸움을 건다. (프리퀄 플래시와 프리퀄 시네스트로와의 매치 게임이 벌어진다.) 시네스트로를 쓰러뜨린 플래시는 반란군 기지로 달려간다. 그린 애로우를 만나게 되지만, 그를 믿지 않는 그린 애로우와 싸우게 된다. (프리퀄 플래시와 원 그린 애로우와의 매치 게임이 벌어진다.) 그린 애로우를 쓰러뜨린 플래시는 반란군에 가담하며 모든 반란군에게 슈퍼맨이 고담과 메트로폴리스를 함락시킬 계획을 한다는 사실을 말해준다.
챕터 11 - 원더우먼: 그 소식을 들은 반란군들은 원래 차원의 슈퍼맨을 불러들일 계획을 하지만, 프리퀄 코믹스 세계의 배트맨은 또다른 슈퍼맨을 데려올 수는 없다며 반발한다. 그 때, 수많은 슈퍼맨 파의 능력자들이 반란군 기지를 찾아내 침공하고, 원더우먼은 그 중 베인과 맞선다. (원 원더우먼과 프리퀄 베인과의 매치 게임이 벌어진다.) 베인을 쓰러뜨리자 갑자기 아마존으로 소환된 원더우먼은 아레스가 그랬다는 것을 알고는 곧바로 맞선다. (원 원더우먼과 프리퀄 아레스와의 매치 게임이 벌어진다.) 그러나 아레스는 원더우먼을 도우려 한 것이며, 슈퍼맨의 군대/아틀란티스 군을 막을 군대는 현재 악한 원더우먼이 지휘하는 아마존 군대 밖에 없다는 사실을 알려준다.[49] 뒤이어 원더우먼을 쫓던 레이븐이 나타나자, 원더우먼은 레이븐과 맞선다.[50](원 원더우먼과 프리퀄 레이븐과의 매치 게임이 벌어진다.) 레이븐을 이긴 원더우먼은 악한 원더우먼의 눈 앞에 나타나 맞선다. (원 원더우먼과 프리퀄 원더우먼과의 매치 게임이 벌어진다.) 악한 원더우먼을 이긴 원더우먼은 아마존을 설득해 자신의 편으로 돌려놓는데 성공한다. 한편, 슈퍼맨 파가 모든 것을 박살내고 있을 때 원래의 배트맨은 슈퍼맨을 데려오려 차원 이동기를 가동시키지만, 프리퀄 세계의 배트맨이 막아선다. (원 배트맨과 프리퀄 배트맨과의 매치 게임이 벌어진다.) 하지만 원래의 배트맨은 그를 쓰러뜨리고 설득해 결국 슈퍼맨을 데려오게 된다.
"조커는 내게서 로이스를 앗아갔어!" "그리고 너는 이 지구의 자유를 앗아갔지. 이제 그걸 돌려줄 시간이다."
최종장 - 슈퍼맨: 막 프리퀄 세계에 도착한 원 슈퍼맨은 두 배트맨들에게서 상황 설명을 듣고는 전장으로 향한다. 일단 아쿠아맨과 맞붙고 있던 블랙 아담과 맞선다. (원 슈퍼맨과 프리퀄 블랙 아담과의 매치 게임이 벌어진다.) 블랙 아담을 쓰러뜨린 뒤 얼려버린 원 슈퍼맨의 등 뒤에 프리퀄 시네스트로가 나타나 강타를 날리나, 엄청난 속도로 피한 뒤 뒤이어 공격하는 프리퀄 시네스트로의 주먹을 막고 반지를 빼내서 무력화시킨다. 그 뒤 그걸 지켜보는 프리퀄 할 조던에게 옳은 일을 할 기회가 왔다고 말하자, 프리퀄 할 조던은 자신의 옐로 랜턴 반지를 빼고 항복한다.[51] 뒤이어 프리퀄 아쿠아맨의 아틀란티스 군대가 나타나지만, 원 원더 우먼의 아마존 군대가 맞서고 원 슈퍼맨은 프리퀄 아쿠아맨과 맞선다. (원 슈퍼맨과 프리퀄 아쿠아맨과의 매치 게임이 벌어진다.) 프리퀄 아쿠아맨을 이기자 아틀란티스 군대는 퇴각하지만, 뒤이어 프리퀄 슈퍼맨의 비밀 병기인 프리퀄 둠스데이가 등장하여 원 슈퍼맨과 맞선다. (원 슈퍼맨과 프리퀄 둠스데이와의 매치 게임이 벌어진다.) 프리퀄 둠스데이를 쓰러뜨려 팬텀존으로 보내버리며 고독의 요새로 들어오게 된 원 슈퍼맨은 드디어 프리퀄 슈퍼맨과 맞닥뜨리게 된다. 프리퀄 슈퍼맨은 원 슈퍼맨을 죽인 뒤, 원 세계에서 살아있는 로이스 레인을 자신의 아내로 삼기 위해 프리퀄 세계로 데려오려는 생각을 갖고 있었다.[52](원 슈퍼맨과 프리퀄 슈퍼맨과의 매치 게임이 벌어진다.) 원 슈퍼맨은 결국 프리퀄 슈퍼맨을 제압하고, 프리퀄 슈퍼맨은 반란군에게 둘러싸인다. 프리퀄 슈퍼맨은 자신을 죽이는 게 좋을 거라고 말하지만, 반란군의 리더인 프리퀄 배트맨은 아무리 그라도 더 이상의 죽음은 막아야 한다며 죽이지 않는다.
엔딩 - 프리퀄 슈퍼맨에 동조했던 사람들은 모두 붙잡힌다.[53] 프리퀄 할 조던과 프리퀄 시네스트로는 오아 행성에 끌려가고, 프리퀄 원더우먼은 아마존에 수감되며, 나머지 히어로 및 빌런도 각자의 감옥으로 간다. 원 조커는 수갑이 채워진 채 프리퀄 할린에게 등 떠밀리며 원 세계로 이송되고, 프리퀄 렉스 루터는 국가의 영웅으로써 큰 묘비가 세워진다.[54] 프리퀄 슈퍼맨은 홀로 특수 공간 독방에 갇히는데,[55] 마지막 순간 그의 눈이 붉게 빛난다.
인저스티스 1편의 스토리를 할리퀸의 관점으로 바라본 코믹스. 게임을 하지 않고 인저스티스 코믹스만을 본 사람들이 인저스티스2를 이해할 수 있도록 만든 작품에 가깝기 때문에, 줄거리는 인저스티스1과 그냥 거의 똑같다. 다만 할리퀸이 주인공이여서 그런지 할리퀸의 비중이 많이 늘어났다.
인저스티스1의 이야기가 끝난 시점인, 인저스티스 2의 이야기가 시작되기 전. 이 당시부터 게임 본편까지 무슨 일이 있었는지를 설명해주는 코믹스.
1화
다른 차원의 저스티스 리그와 자신에게 완전히 패배하고 감옥에 갇히게 된 슈퍼맨. 슈퍼맨은 배트맨이 절대적 통제를 이루는 독재자가 될 것이라며 맹비난을 퍼붓기 시작한다. 그 말에 동의한 배트맨은 자기 혼자가 아닌 위원회를 따로 조직해 세상을 복구하고자 한다. 한편 할리 퀸은 그 날이 딸인 루시의 생일임에도 죽은 그린 애로우가 남긴 애로우 케이브퀴버에 있는다. 그 때, 정부 요원 아만다 월러와 릭 플래그가 이어1 당시의 할리의 죄는 용서받지 않았다며 들이닥치고, 둘은 데드샷을 동원해 할리를 수어사이드 스쿼드에 끌어들인다.
2화
이어 2에서 닥터 페이트가 블랙 카나리를 이동시킨 다른 차원. 닥터 페이트가 그 차원의 그린 애로우와 건강하게 살아난 블랙 카나리를 만나러 오다 카나리의 아들인 코너 호크에게 장난감 화살 세례를 받는다. 결국 만나게 된 세 사람. 페이트가 나부의 헬멧을 벗으며, 본래 슈퍼맨에게 죽었어야 할 카나리를 악지로 살려내며 운명을 거스른 죄로 헬멧이 점점 무거워지고 있다고 말을 꺼내기 시작한다. 곧바로 페이트가 뭔가 마법을 쓰려하자 이를 적의로 받아들인 카나리와 애로우는 바로 닥터 페이트를 공격하기 시작하고, 애로우는 심지어 마법의 화살도 챙겨서 페이트의 손을 뚫어버리지만, 알고보니 닥터 페이트가 여기 온 목적은, 슈퍼맨이 무너져 지구가 안전해졌으니 본래 차원으로 같이 돌아가자는 말을 하러 온 것. 한편, 펜타곤으로 할리퀸을 잡아들인 월러와 플래그는 할리를 컨테이너에 가둬 대화를 나눈다. 그 때, 갑자기 붉은 눈을 가진 배트맨이 등장해 월러와 플래그를 총기 난사로 죽여버린다.
3화
월러와 플래그의 보디가드로 서 있었던 여러 범죄자들은 심히 당황한다. 그리고 이 새로운 배트맨은 월러와 플래그가 범죄자들에게 심어놓은 폭탄의 통제권을 가져간다. 그리고 범죄자들에게 전부 자신의 수어사이드 스쿼드가 될 것을 명령한다. 킬러 크록이 곧바로 그를 습격하지만, 새로운 배트맨은 오히려 그를 깔아뭉갠다. 그리고 폭탄의 통제권으로 모든 무능력한 악당들의 머리를 터뜨려 죽인다.[56] 수어사이드 스쿼드를 이용해 펜타곤을 탈출하는 새 배트맨 앞에 원래의 배트맨이 나타난다. 그러나 이 새로운 배트맨은 자신의 특수 장치 수트를 통해 원래의 배트맨을 쓰러뜨리고 유유히 떠난다.
4화
병원에 실려온 브루스 웨인에게 루시우스 폭스가 찾아와 어느 홀로그램 영상을 건넨다. 그것은 자신이 죽고 지난 전쟁에서 배트맨이 승리했을 때를 대비해 루터가 만들어놓은 영상. 이 영상에서 루터는 자신의 전 재산을 브루스 웨인에게 양도하겠다고 한다. 영상을 다 본 브루스는 다시 코스튬을 입고 가짜 배트맨을 쫓아가려고 하는데, 블랙 카나리가 병실 안에 나타난다. 블랙 카나리가 살아있었다는 사실을 알게 된 배트맨은, 다른 차원으로부터 온 그린 애로우도 목격한다. 배트맨은 곧바로 앞으로 벌이게 될 일에는 자금이 필요할 것이라며 그린 애로우의 도움을 요청한다. 자기 차원에서는 완전히 망해서 오두막집밖에 없는 그린 애로우였지만, 인저스티스 차원으로 넘어온 이상 인저스티스 세계관의 그린 애로우가 가졌던 재산들이 모두 그의 것이 된 것. 그리고 동시에 블랙 카나리의 재산이지만, 그린 애로우가 아직 공식적으로 결혼한 사이가 아니라며 어쩔줄 몰라하자, 블랙 카나리가 곧바로 애로우에게 청혼한다. 그때, 슈퍼맨의 감옥을 감시 중이던 댄 터핀 탐정으로부터 기습 공격이 터졌다는 소식이 들려온다. 그 공격으로 슈퍼맨의 붉은 태양 감옥이 일시 중단되자, 슈퍼맨은 유리벽을 조금씩 깨부수기 시작한다.
5화
결국 유리벽을 충분히 깬 슈퍼맨은 탈출한다. 그와 동시에 슈퍼맨의 감옥을 습격하는 가짜 배트맨과 수어사이드 스쿼드. 그 앞을 배트걸, 그린 애로우, 블랙 카나리가 가로막는다. 할리퀸은 그린 애로우와 블랙 카나리가 살아돌아온 것에 기뻐한다. 한편, 탈출한 슈퍼맨과 마주친 배트맨. 배트맨은 슈퍼맨에게 "멈춰라"라는 목소리에 귀기울이라고 조언한다. 슈퍼맨이 무슨 소리인지 의아해할때, 갑자기 머릿속에서 멈추라는 목소리가 들린다. 바로 아톰, 레이 파머가 소형 크립토나이트를 지닌 채 슈퍼맨의 머리 안으로 들어간 상태이기 때문.
6화
슈퍼맨을 계속해서 진정시키려고 하는 레이 파머는 이게 배트맨의 계획이라는 말을 꺼낸다. 그 말을 듣고 분노한 슈퍼맨은 바로 배트맨을 죽이려 하지만, 아톰이 곧바로 크립토나이트를 슈퍼맨의 머리속에 찔러버린다. 슈퍼맨이 쓰러지자 배트맨은 다시 그를 가둔다. 한편, 가짜 배트맨과 수어사이드 스쿼드와 대적 중인 그린 애로우, 블랙 카나리. 할리퀸은 히어로들과 합류하고 싶지만 머릿속에 든 폭탄 때문에 가짜 배트맨의 편에 선다. 블랙 카나리가 그들에게 왜 슈퍼맨을 풀어주려고 하는 건지 묻자, 할리퀸은 그것 때문에 온 것이 아니라고 한다. 그 사이, 탈리아 알 굴과 알 수 없는 여자가 나타나 감옥에 침투해 데미안 웨인에게 간다. 둘이 데미안을 풀어주자, 데미안은 다른 리그 멤버들도 풀어달라고 하지만, 알 수 없는 여인은 이미 기회를 놓친 자들을 굳이 풀어줄 필요가 없다며 거절한다. 그 때, 댄 터핀이 나타나 그들을 가로막지만, 알 수 없는 여인은 총으로 댄 터핀을 쏘고 도망간다.
7화
돌아온 가짜 배트맨 패거리는 이 일의 흑막을 알고 싶어하는 할리퀸에게 자신들의 보스를 소개한다. 그는 바로 라스 알 굴. 라스 알 굴은 자기 패거리와 빅슨, 치타, 애니멀맨, 포이즌 아이비같이 자연주의 히어로/악당들과 힘을 합쳐 인류를 무너뜨리고 대자연을 회귀시킬 계획을 세우던 중이였다. 그리고 라스는 할리의 딸, 루시를 데려와 그녀를 협박한다. 할리는 거부하지만, 라스는 할리가 이어1에서 메트로폴리스를 조커와 함께 날려버린 것을 얘기하며 위선자라고 욕한다. 이에 할리가 박치기로 라스를 때려눕히자 총격이 벌어지고, 포이즌 아이비가 할리를 지켜주며 그녀를 설득한다. 가짜 배트맨이 "머리 안에 있는 폭탄으로 날려버리면 되지 뭘 귀찮게 총을 쏴대냐"며 할리를 죽이려고 하지만, 라스 알 굴이 막아서며 할리에게 메트로폴리스를 없애버린 죗값을 없앨 기회를 주겠다며 그녀를 설득한다.
8화
책상에 박제되어 있는 5달러를 유심히 보고있는 브루스 웨인에게 코너 퀸이 이게 뭐냐고 묻는다. 과거, 배트맨은 어린 데미안 웨인에게 시험을 준다. 바로 배트케이브에서 가장 먼 고담 지역에서부터 배트케이브까지 3시간 안에 도착하라는 임무. 데미안은 쉽다면서 좋아하지만, 중간중간 사람들을 이리저리 도와주느라 시간도 지체되어 버리고, 한 사람에게 5달러까지 받게 된다. 그리고 10시간 뒤에 배트케이브에 도착한 데미안. 하지만 배트맨은 흡족해하며 자신은 3일이 걸린 일을 10시간만에 해냈다며 데미안을 칭찬한다. 그러나 자신들은 시민들에게 돈을 받지 않기 때문에 5달러는 자신이 보관하겠다고 한다. 그때 그 5달러가 아직도 박제되어 있는 것. 이것을 지켜보던 배트맨은 무언가를 꺼내들며 코너에게 무언가를 부탁한다.
9화
블루 비틀 하이메 레예스가 블루 비틀 테드 코드의 시설에서 훈련받는 중. 하이메 때문에 자기 장비가 망가지자 테드는 기어코 하이메의 용돈을 뜯어간다. 하이메가 실망하면서 떠나자 테드는 절친 부스터 골드의 로봇 스키츠를 시켜 하이메를 위로하라고 보낸다. 연구소에 테드가 혼자 남자 배트맨이 나타난다. 배트맨은 일단 하이메를 출두시키기를 원하지만, 테드는 아직 너무 어린애라면서 거절한다. 거절을 받은 배트맨은 바로 쓸 일이 있다며 코드 인더스트리의 자금을 부탁한다. 테드가 흔쾌히 받아들이자 배트맨도 떠난다. 그러자 테드의 등 뒤에서 부스터 골드가 갑자기 나타난다. 테드가 부스터를 반가워하지만, 부스터는 "마지막에는 내가 있을 거라는 걸 전하러 왔어"라는 말을 한다. 이에 자신이 죽게될 운명이라는 것을 직감한 테드 코드는 바로 자신의 코스튬을 입고 부스터와 작별인사를 한다. 부스터가 사라지자 수어사이드 스쿼드가 나타나 테드를 습격한다. 테드는 열심히 맞서지만, 카타나에 의해 손이 잘리고, 납치당한다.
10화
전임 대통령과 신임 대통령이 만나는 자리에 배트맨이 은밀히 나타난다. 그리고 그들은 그린 애로우, 블랙 카나리, 블랙 라이트닝, 루시우스 폭스, 아쿠아래드 등 각 기업/지역들의 대표자들이 모여있는 자리에 참석하게 된다. 그 자리에는 2대 스틸로 활약하게 된 1대 스틸의 조카, 나타샤 아이언스도 함께 있는 상태. 이들은 모두 자신들이 가진 재력을 이용해 슈퍼맨이 파괴한 모든 것들을 다시 복구시키려고 한다. 그러나 테드 코드는 라스 알 굴에게 끌려간 상태. 그리고 라스 알 굴은 수어사이드 스쿼드를 시켜 전 세계의 재벌들을 차례차례 암살한다. 그리고 전 세계의 재벌 기업 빌딩들을 무너뜨린 뒤, 테드 코드를 마구 할퀴어 죽이는 동영상을 배트맨에게 보낸다. 죽어가는 테드에게 부스터가 나타나 위로를 건네고, 테드는 하이메를 잘 훈련시켜달라며 부스터에게 부탁한뒤 죽는다.
11화
오래 전, 크립톤 행성. 카라 조-엘은 아버지의 인도에 따라 처음으로 날으는 곤충을 탈 수 있게 된다. 비행 도중 팔이 부러진 카라를 병실에 데려다주자, 그녀의 어머니, 알루라가 치료 전에 그녀를 마취시켜 준다. 6년 뒤, 크립톤이 무너진 날. 브레이니악의 군대와 크립톤군이 전투 중인 상황에서 카라의 아버지 조-엘(Zor-El)은 치명상을 입고 사망한다. 조-엘(Jor-El)은 그의 총을 카라의 어머니 알루라에게 넘겨주며, 크립톤을 탈출하게 될 자신의 아들 칼-엘을 돌볼 보호자로 카라를 지목한다. 알루라는 바로 달려나가 카라를 구해주고 탈출시키지만, 자신은 사망한다. 우주선을 타고 저 멀리 떠나가는 카라는 크립톤 행성의 폭발로 인한 폭풍으로 칼-엘이 탄 우주선과 멀어지게 된다. 35년 뒤, 카라의 우주선이 지구에 추락하고, 카라는 동면 상태에서 풀리게 된다. 추락하는 우주선을 누군가 붙잡는데, 그 주인공은 바로 블랙 아담이였다.
12화
카라를 자신의 나라, 칸타크의 성 내부에 눕혀둔 블랙 아담. 그러나 칸타크의 이웃 국가, 비알라의 군대가 찾아오자 블랙 아담은 자리를 뜬다. 다른 나라 군대가 칸타크 국경선 앞에 배치된 이유는 바로 블랙 아담이 비알라 상공에서 목격되었기 때문. 군의 대장은 아담에게 다시는 칸다크 상공을 벗어나지 않겠다는 약속을 받아내려 하지만, 그 대신에 아담은 그를 죽여버린다. 그리고 바로 아랫 계급 장교의 턱을 부숴버린 뒤, 그들의 대통령에게 다시 그들의 군대가 자신들에게 총을 겨눈다면, 나라 자체를 없애버리겠다는 얘기를 전해달라고 협박한다. 이 모습을 숨어서 보고있던 빅슨과 애니멀맨은 라스 알 굴에게 보고하기 위해 떠난다. 그 사이 깨어난 카라. 칼-엘을 지켜야 한다고 하는 카라에게 블랙 아담은 지킬 수 없을 거라고 한다. 그리고 지금까지 있었던 일을 얘기하기 시작한다. 다만 정부군을 세계를 구하려 하던 인도자들로, 반란군과 다른 차원에서 온 저스티스 리그를 악마처럼 표현하면서. 그리고 블랙 아담은, 지금 칼-엘을 구하기 위해서는 일단 데미스키라에 갇혀있는 그의 연인부터 구하고, 카라는 칸다크에서 훈련을 받아야 할 것이라고 얘기한다.
13화
테드 코드의 장례식에 블루비틀 하이메 레예스가 나타나 브루스 웨인에게 테드의 죽음에 대해 따지려 들지만, 브루스가 하이메의 신상을 줄줄이 읊으며 윽박지르자 하이메는 진정한다. 그러자 브루스는 하이메에게 집에 가라고 한다. 근처에서 자기 시계의 그린 애로우의 무덤을 보고 오묘한 감정을 곱씹던 블랙 카나리는 자신의 연인이 된 다른 차원의 그린 애로우로부터 내일 당장 결혼하자는 이야기를 듣는다. 카나리는 친구가 죽었는데 그럴 때가 아니라고 하지만, 애로우는 자신들도 언제 죽을지 모르니 빨리 하는 게 낫지 않느냐며 재촉한다. 다음 날 결혼식 준비를 하는 카나리 앞에 와일드캣/테드 그랜트가 나타나 축복을 해주면서 저스티스 소사이어티는 다른 차원에 있었다는 사실을 알려준다. 한편, 배트맨은 나이트윙/데미언 웨인이 자기 일당들과 함께 알프레드의 묘를 파헤쳤다는 소식을 듣고 분노해 그쪽으로 이동한다. 배트맨이 없어진 사이 수어사이드 스쿼드 멤버들이 결혼식을 노린다.
14화
무덤을 파헤친 데미언과 알 수 없는 여인, 그리고 가짜 배트맨은 알프레드의 시체를 갖고 배트맨을 피해 사라진다. 그 사이 그린 애로우는 데드샷에게 저격 당하고 다른 수어사이드 스쿼드 멤버들이 결혼식에 난입하지만, 그린 애로우는 방탄복을 입은 상태라 괜찮았다. 그러나 혼란 속에서 캡틴 부메랑과 데드샷이 블랙 라이트닝과 그린 애로우/블랙 카나리의 자식들을 마취시키고 납치한다. 아이들이 납치당한 것을 안 부모들은 분노한다. 한편 데미언은 알프레드의 시체를 라자러스 핏에 넣는다.
15화
부활한 알프레드를 지극정성으로 돌보는 데미언을 보면서 그에게도 이런 면이 있는줄 몰랐다며 알 수 없는 여인이 신기해한다. 데미언은 알프레드가 자신에게 인간성을 깨우쳐준 인물이기에 그렇다고 대답한다. 한편 라스 알 굴은 배트맨을 비롯한 다른 히어로들과 연락해 자신이 행하는 인류 조절 계획을 지켜봐주기만 한다면 살아난 알프레드를 비롯해 모든 가족들을 살려주겠다는 협박을 한다. 신호가 끊어진 이후, 배트맨은 라스 알 굴의 본거지가 남아메리카의 브라질 북부에 있다는 사실을 알아낸다. 바로 그린 애로우/블랙 카나리의 아들 코너에게 추적기를 달아놓고 감시해왔기 때문. 자기 아들을 몰래 감시했다는 사실에 분노한 그린 애로우가 배트맨을 치지만, 블랙 카나리를 비롯한 다른 히어로들이 일단 아이들을 구하자고 말려서 싸움은 중재된다. 배트걸은 라스 알 굴의 기지에 잠입할 최고의 인재로서 플라스틱맨을 추천하고, 그의 성격을 아는 그린 애로우는 어이없어 한다.
16화
플라스틱맨의 집에 쳐들어온 배트맨은 플라스틱맨의 아들인 루크를 심문하고, 그러자 숨어있던 플라스틱맨이 신나 하며 나온다. 플라스틱맨과 루크를 설득한 배트맨은 배트윙을 타고 기지로 돌아가는데, 그때 블루비틀/하이메가 나타나 자신도 돕고 싶다고 한다. 배트맨은 블루비틀의 의견을 받아들인다.
17화
새로 뽑힌 대통령의 반환경정책으로 인해 라스 알 굴이 취임식이 열리는 백악관을 습격할지도 모른다는 생각에 배트맨은 블랙 라이트닝, 스틸, 아쿠아래드와 함께 워싱턴 DC를 감시한다. 그 사이 플라스틱맨 부자와 배트걸은 코너의 신호가 사라진 지역에서 라스 알 굴의 감시단원들을 기습하고 비밀 기지에 침투하는데 성공한다.
18화
어느 정도 회복된 알프레드를 돌보면서 애니멀맨이 라스 알 굴의 편이 된 것을 이해하지 못하는 데미언 웨인. 그러나 애니멀맨은 코뿔소를 무참히 죽인 추악한 인간들을 죽이면서, 그리고 그와 대비되는 라스가 만든 지하 환경 구역을 보고 라스의 편에 서기로 마음을 굳혔다고 한다. 그 사이 배트걸의 신호를 받고 라스의 구역에 들어선 배트맨 팀. 그러나 엘 디아블로가 자신의 능력을 통해 출구를 막는다.
19화
밖에서 망을 보던 블루비틀은 당황하지만, 안에 갇힌 배트맨 팀은 그대로 나아간다. 밖에서 소란이 나자 납치된 히어로들의 자식들은 부모님을 도울 준비를 한다. 그때 라스 알 굴이 나타나 아이들의 방 밖에서 망을 보던 킬러 크록과 오르카보고 배트맨을 찾아내라고 시킨다. 블랙 라이트닝의 아이들은 라스 알 굴이 방에 들어서자 전기를 쏘지만, 사실 그건 라스 알굴로 변장한 플라스틱맨과 루크였다. 히어로들이 들어온 것을 안 할리퀸은 그들과 협력하기로 하고, 자신들의 시선을 돌린 자가 라스 알 굴이 아니란 것을 알아낸 크록과 오르카가 플라스틱맨과 루크를 공격한다. 한편 데미언과 알프레드를 찾으려는 배트맨을 포이즌 아이비가 방해한다. 그 사이 가짜 배트맨이 배신한 할리퀸을 몸 안에 든 폭탄으로 죽이려 한다.
20화
버튼을 누르지만 죽기 않고 살아있는 할리퀸. 사실 아톰이 할리퀸 몸 속에 있는 폭탄을 해제시킨 뒤였다. 그때 와일드캣이 나타나 가짜 배트맨을 격투 실력으로 압도한다. 하지만 가짜 배트맨이 총을 갈겨 와일드캣이 쓰러진다. 와일드캣을 죽이려는 찰나, 코너가 가짜 배트맨을 막아선다. 가짜 배트맨이 코너를 때리려고 하자, 코너는 어머니로부터 물려받은 카나리 크라이를 사용해 가짜 배트맨을 쓰러뜨린다.
21화
과거. 메트로폴리스가 조커의 핵으로 인해 무너질 당시 스틸/존 아이언스가 조카 나타샤 아이언스에게 연락을 해 스틸이 될 수 있는 파일을 넘기고 죽는다. 다시 현재. 스틸/나타샤 아이언스는 이 얘기를 백악관을 감시 중인 아쿠아래드의 앞에서 한다. 한편 코너의 카나리 크라이를 들은 모든 히어로들이 그곳으로 집결하고, 수어사이드 스쿼드도 마찬가지로 집결한다. 수어사이드 스쿼드를 쓰러뜨린 히어로들은 아이들과 쓰러진 와일드캣을 데리고 나가고, 배트걸과 플라스틱맨, 루크, 할리퀸은 안에서 배트맨을 찾기로 한다. 포이즌 아이비에게 묶인 배트맨은 식물을 죽이는 가스를 뿌리고, 데미언과 알프레드는 어디있냐고 협박한다.
22화
죽어가는 포이즌 아이비를 할리퀸이 물을 마셔 살려내고 배트맨을 찾아나선다. 그 사이 배트맨은 애니멀맨을 쓰러뜨리고 데미언 웨인과 싸우기 시작한다. 다른 히어로들이 배트맨을 찾은 사이 데미언의 팔을 부러뜨린 배트맨은 그를 때리려고 하지만, 되살아난 알프레드가 그를 막아선다. 그러고는 당황한 배트맨을 포옹한다.
23화
데미언과 브루스에게 서로 사과하고 화해하라고 하는 알프레드. 그때 라스 알 굴이 나타난다. 알프레드는 제발 그만두라며 라스 알 굴을 설득하려 한다. 그때 밖에 있던 블루비틀이 지하 기지 안으로 침투하고, 그 충격의 여파로 지하 환경 구역의 동물들이 죽자 빅슨이 분노하며 싸움을 시작한다. 거센 싸움의 여파로 인해 엘 디아블로가 충격을 받아 대폭발을 일으키고, 그 구역은 모조리 불타버린다.
24화
플라스틱맨과 루크의 보호로 살아남은 히어로들과 빌런들. 라스 알 굴 패거리는 매우 분노한 상태로 일단 물러나기로 한다. 그리고 그 패거리에 있는 알 수 없는 여인은 사실 데미언 웨인과 같이 인공 수정으로 태어난 배트맨과 탈리아 알 굴의 딸, "아타나시아"라는게 밝혀진다. 그 사이 대통령 취임식을 지켜보던 아쿠아래드가 스틸보고 하늘에 무언가 있다며 감시하라는 얘기를 한다. 스틸이 하늘로 올라가자, 아쿠아래드는 근처의 물을 끌어모아 거대한 쓰나미를 일으켜 취임식에 있던 사람들을 몰살시킨다. 그 사이 2번째 계획을 실현할 거라는 라스 알 굴은 고릴라 시티로 가서 솔로바를 만난다. 그리고 고릴라 시티 지하에서 사이보그 병기 아마조를 제작 중인 아이보 박사와 마주친다.
25화
칸다크에서 카라를 훈련시키던 블랙 아담 앞에 데미언이 나타난다. 데미언은 라스 알 굴을 도와 아담이 자신들의 편에 서기를 바란다. 그 과정에서 배트맨의 이름이 나오자, 카라는 슈퍼맨의 원수라는 그 남자의 이름을 듣고는 두려움에 빠진다. 카라를 보고 뭔가 눈치 챈 데미언은 그날 저녁 그녀를 몰래 쫓아 대화를 시도한다. 그때 블랙 아담이 나타나 데미언에게 카라에 관한 걸 캐지 말라며 협박하자, 카라가 자신의 능력을 사용해 말린다. 이 모습을 본 데미언은 카라도 크립톤인이라는 것을 깨닫는다.
26화
블랙 아담이 자물쇠로 걸어잠근 방에서 탈출한 데미언은 다시 카라의 방으로 가 창문으로 뛰어내리는 퍼포먼스를 보여준다. 깜짝 놀란 카라가 데미언을 구하고, 데미언은 나온 김에 세상 구경이나 하라며 근처를 날아다니게 한다. 즐거운 것도 많지만, 전쟁으로 인해 혼란에 빠진 사회를 보며 혼란스러워 하는 카라에게 데미언은 더 많은 사람들을 살려내기 위해 자신은 라스 알 굴의 편에서 많은 사람들을 죽여야 한다는 얘기를 한다. 그 얘기를 들은 카라는 그 말을 듣지 말라고 충고하고, 얘기를 몰래 듣던 블랙 아담도 나타나 데미언에게 자신에게 붙어 카라를 도우라고 제안한다. 그리고 자신들이 데미스키라에 갇힌 원더우먼을 구할 예정이니 도와달라고 한다.
27화
라스 알 굴의 테러로 세상이 혼란스러운 상황에서 자기 때문에 일이 커졌다고 생각하는 블루비틀은 절망에 빠져 배트맨 곁을 떠난다. 대통령이 사망하자, 부통령이었던 블랙 라이트닝이 대통령이 되었으며, 집으로 간 블루비틀에게 부스터 골드가 찾아온다.
28화
잭슨 하이드의 대통령 암살로 인해 브루스 웨인이 청문회에 끌려가서 추궁받자, 분노한 배트맨은 범죄자들을 과잉 진압하기 시작한다. 그 모습을 본 캣우먼이 그를 뜯어말리고, 배트맨은 캣우먼을 배트 케이브에 데리고 가 자신이 만든 새로운 컴퓨터 프로그램, 브라더 아이를 보여준다.
29화
데미스키라 감옥에 갇힌 다이애나는 탈옥을 시도하지만 실패한다. 그때 아레스가 나타나 그녀를 조롱한다. 그 사이 배를 타고 데미스키라로 향하던 슈퍼걸과 데미언은 작전에 대해서 대략적인 이야기를 나눈다. 그리고 데미언이 바다에 뛰어들자마자 블랙 아담이 슈퍼걸이 탄 배를 바다에 처박고 슈퍼걸이 데미스키라에 쓸려오게 만들어 마치 우연히 표류한 것처럼 연출한다. 그때 슈퍼걸을 구하러 새로운 원더우먼이 된 전사, 누비아가 나타난다.
30화
방에서 잠든 슈퍼걸을 심문하기 위해 아마존 전사 두 명이 진실의 올가미를 사용한다. 당연히 슈퍼걸은 다이애나를 구하기 위해 왔다는 진실을 말하고, 이에 한 전사가 슈퍼걸을 체포하려 하지만, 다른 전사가 슈퍼걸을 구해준다. 데미스키라의 전사들 중 다이애나를 지지하는 세력들이 아직 상당수 있었던 것. 이 사건을 통해 전사들이 여왕을 위협하고 반란을 일으키자 누비아를 위시한 데미스키라의 전사들이 반란을 진압하기 위해 나선다.
31화
반란 세력들에게는 슈퍼걸이 있었기에 당연히 아마존 전사들이 밀리게 되고, 슈퍼걸은 다이애나를 묶고 있던 신을 봉인하는 사슬을 힘으로 박살내버려 해방시킨다. 누비아가 뒤이어 나타나지만, 다이애나와 슈퍼걸의 협공에 두들겨 맞고 자신이 입고 있던 원더우먼 갑옷을 다시 빼앗긴다. 슈퍼걸은 반란군 아마존들을 배에 태워 도망치려 하고, 다른 아마존들이 이를 뒤쫓지만, 배를 통째로 들고 날아가는 슈퍼걸의 속도를 따라잡지 못한다.
32화
한편, 배리 앨런은 전자발찌가 채워져 능력을 전혀 사용하지 못한 채 어딘가로 향한다. 그때 눈 앞에서 차사고가 나자 순간적으로 능력을 사용해 사람을 구하지만, 이를 브라더 아이 프로그램으로 지켜보던 배트맨이 잔소리를 늘어놓고 배리를 처벌받는걸 보기 싫으니 배리의 능력 사용 신호를 받은 대원들이 오기 전에 빨리 상황을 벗어나라고 한다. 배리가 도착한 곳은 이어1 13화에서 척추가 부러진 히어로의 집. 그 히어로는 하반신불구가 되어 절망에 빠진 채 누워만 있었는데, 배리가 자신이 플래시라며 사과하자 놀라워한다. 그리고 배리는 그 히어로의 재활 치료를 돕는다.
33화
할리는 자신의 딸을 양어머니에게 돌려보낸다. 그 사이 아이보 박사는 고릴라 시티 지하에서 아마조를 가동시키는 중. 이를 지켜보던 라스 알 굴에게 고릴라 시티의 전사인 그로드가 시비를 걸지만, 고릴라 시티의 왕 솔로바가 텔레파시로 그로드를 막아세운다. 그리고 아마조를 완전히 가동시키는데 성공한다. 할리는 절망에 빠진 아이비의 집에 찾아오지만, 다음 날이 되자 아이비는 어딘가로 사라진다. 그 사이 가동 시작된 아마조는 주변의 마을 사람들을 학살하기 시작한다.
34화
한 마을을 쑥대밭으로 만들고 간 아마조. 이를 브라더 아이가 포착하여 배트맨에게 보고하자, 배트맨은 배트걸, 플라스틱맨과 함께 자리를 조사하러 간다. 아마조의 공격으로 모든 사람들이 죽었음에도 강아지와 고양이들은 살아있었고, 이를 통해 다들 이 사건은 라스의 짓이라고 유추한다. 가짜 배트맨은 굳이 무고한 사람들을 죽일 필요가 있었나 의문을 품지만, 솔로바는 세상을 더 낫게 만들기 위해선 어쩔 수 없는 희생이라며 자신들의 행동을 정당화한다. 플라스틱맨은 강아지를 데리고 가고, 고양이도 데리고 가려 했지만 강아지가 짖는 통에 고양이가 경계해서 데리고 가지 못한다. 결국 강아지만 데리고 배트윙을 탄 채 떠난다. 그러나 이때, 배트윙이 내뿜은 바람에 고양이가 날아가 버렸고, 안 그래도 주인이 죽어서 화가 많이 났던 고양이는 레드 랜턴 군단의 부름을 받는다. 이 고양이가 바로 이 세계관의 덱스 스타르였던 것.
35화
아마조를 막기 위해 모인 히어로들과 할리퀸, 캣우먼은 틴 타이탄이 아직 죽지 않고 팬텀 존에 갇혀있었다는 소문을 들어서 고독에 요새에 잠입해 그들을 다시 부활시킬 작전을 세운다. 그러나 플라스틱맨이 고독의 요새 문을 따자마자 안에서 요새를 지키던 이래디케이터들이 습격한다.
36화
각자의 방법으로 이래디케이터들을 박살내던 중, 조너선 켄트와 마사 켄트가 나타나 이래디케이터들의 공격을 막는다. 슈퍼맨의 부모님들은 슈퍼맨이 로이스를 잃고 절망에 빠질 동안 어디서 뭘 했냐면서 배트맨을 꾸짖지만, 자신들에게도 잘못이 크다며 자책한다. 히어로들은 팬텀 존 프로젝터를 켜고, 그 안에 플라스틱맨이 몸을 늘려 들어간다.
37화
플라스틱맨은 안에서 무려 임페리엑스를 만난다. 하지만 임페리엑스는 성격이 많이 유해졌는지 상당히 친절하게 틴 타이탄 멤버들의 위치를 심할 정도로 자세히 알려준다. 그 곳에서 틴 타이탄 멤버들을 발견한 플라스틱맨은 모두를 끌고 나오려 하지만, 팬텀 존에서 나오면 자신이 죽는다는 것을 아는 슈퍼보이는 망설인다. 하지만 다른 타이튼즈 멤버들이 코너를 살릴 방법을 찾겠다고 하자 결심하여 나간다. 이로 인해 모두가 나왔고, 특히 팀 드레이크는 다시 배트맨을 만나서 기뻐하고 있었는데, 그때 갑자기 조드 장군이 플라스틱맨을 붙잡고 밖으로 나와서 팀 드레이크를 죽인다.
38화
조드는 난동을 부리며 모두를 위협하지만, 그린 애로우의 크립토나이트 화살을 맞자 도망친다. 하지만 팀의 죽음으로 매우 분노한 배트맨이 그를 쫓고, 초거대 배트수트를 불러내 그와 싸운다. 조드는 코웃음 치지만, 수트 안에서 공포가스와 크립토나이트 가스가 섞인 가스가 나오자 고통스러워 하며 공포에 떤다. 본래 이 가스는 슈퍼맨을 잡기 위한 것이었으나, 배트맨은 슈퍼맨에게 차마 이런 짓을 할 수 없다고 판단했다고 한다.
39화
조드는 공포가스의 영향으로 자신이 가장 두려워하는 존재, 슈퍼맨을 본다. 하지만 이내 환각이 풀리자 미소를 짓는다. 그때, 이 상황을 지켜보던 솔로바와 라스 알 굴에 의해 아마조가 테스트 목적으로 조드 앞에 나타난다. 아마조는 매우 간단히 조드를 제압하고 목을 찢어버린 뒤 유유히 사라진다. 배트맨은 이를 지켜보며 매우 당황한다. 이후 죽어가는 와일드캣의 병실로 들어간 배트맨은, 와일드캣의 힘이 필요하다면서 모든 의료기기를 뽑아버리고, 이를 보고 배트맨이 미친줄 안 간호사들이 비상을 건다.
40화
하지만 와일드캣의 목숨은 9개였으므로 아무렇지도 않게 다시 살아난다. 이후 와일드캣은 은둔해있던 천재 의사 히어로 닥터 미드나이트를 부르고, 미드나이트는 조드의 시체를 이용해 심장 이식 수술을 벌여 슈퍼보이를 살려낸다.
41화
하이메를 훈련시키는 부스터 골드. 그때, 스키츠로부터 부스터는 테드의 메세지를 받는다. 바로 코드 인더스트리를 전부 부스터에게 넘긴다는 내용. 한편 블랙 아담과 원더우먼은 슈퍼걸을 훈련시키지만, 비폭력주의자인 슈퍼걸은 싸움을 하지 못한다. 이에 원더우먼이 정신 개조를 위해 슈퍼걸에게 메트로폴리스의 몰살 장면을 보여주고, 이를 통해 마음을 굳힌 슈퍼걸은 긴 머리를 자르고 전사의 모습으로 임한다.
42화
고릴라들과 함께 만찬을 즐기며 눈치를 보던 수어사이드 스쿼드 멤버들. 그때 범고래 수인 오르카가 킬러 크록에게 임신했다는 이야기를 한다. 이 말을 듣고 다른 멤버들이 역겨워하자 킬러 크록이 나가지만, 데드샷이 쫓아가 아이가 어떻게 생겼을지 궁금하다며 친해지려고 한다. 결국 한 대 맞고 기절한다. 그동안 데미언은 할아버지 라스가 벌인 학살을 인정할 수 없다면서 팀에서 나가려고 하고, 이에 대해 이야기를 하자 이를 듣고 있던 그로드가 애초에 인간들과 손을 잡는 솔로바의 행보가 이해가 가지 않는다며 반기를 든다. 그로드의 기를 완전히 꺾고자 한 솔로바는 그로드에게 어디 한번 반란을 일으켜보라 도발한다.
43화
끝내 반란을 일으킨 그로드의 고릴라들은 모두를 습격하고, 이를 빌런들과 수어사이드 스쿼드가 막아세운다. 그 와중에 오르카를 공격하려는 고릴라의 머리를 킬러 크록이 먹어치우자, 오르카가 감동해 키스를 나눈다. 이 모습을 본 데드샷과 캡틴 부메랑이 역겨워한다. 전쟁 와중, 아마조가 나타나 반란군 고릴라들을 전부 죽이고 그로드의 머리에 텔레파시 통제 장치를 박아버린다. 그로드는 고통스러워 하는 와중에도 이 인간들의 기술이 자신들을 모두 없앨 거라 솔로바에게 경고한다. 그리고 성에서 추방당한다. 아마조의 힘을 본 솔로바는 아마조로 인간 세상을 공격하려고 한다.
44화
데미언은 원더우먼, 블랙 아담, 슈퍼걸에게 연락해 아마조를 막아야만 한다고 한다. 이윽고 아마조가 도시를 습격하자, 히어로들도 모두 나서기 시작하고, 고독의 요새에서 휴식하고 있던 슈퍼보이도 나서려고 한다. 그때 켄트 부부가 슈퍼보이에게 슈퍼맨의 프로토타입 수트를 선물해준다.
45화
모든 히어로들, 심지어 플래시까지 나서서 아마조를 저지하려고 하지만 역부족인 상황. 그린 애로우는 핵폭탄 화살까지 꺼내들지만,[57] 아마조의 힘에는 역부족이었다. 그때 원더우먼이 나타나고, 배트맨과 슈퍼보이, 원더우먼은 나란히 서서 서로 협력하기로 한다.
46화
이 상황을 지켜보던 데미언, 빅슨, 애니멀맨은 아마조를 막으려 한다. 이를 가짜 배트맨이 막아선다. 한편 아톰 레이 팔머와 라이언 최는 원자 속 세상인 마이크로버스를 여행하고 있는 중. 그때 긴급 호출을 받은 레이가 다른 히어로들과 합류한다. 레이는 아마조의 몸 속으로 들어가 프로그램을 조사하는데, 단순히 아이보 박사나 라스 알 굴의 프로그램이 아닌, 그보다 훨씬 더 엄청난 흑막의 프로그램이 있음을 발견한다. 그러나 그때 시스템을 지키던 나노봇들에게 공격받아 다리가 잘린다. 그 동안 가짜 배트맨을 설득하던 데미언은 가짜 배트맨의 가면을 벗기며 무고한 사람들을 살릴 것을 부탁한다. 그의 정체는 바로 제이슨 토드.
47화
데미언과 히어로들은 아이보 박사의 프로그래밍실에 들어가 아이보를 설득하지만, 아이보는 라스가 가족을 인질로 잡고 있다며 거절한다. 하지만 데미언이 라스는 진작에 가족들을 죽였다는 사실을 고백한다. 정신을 차린 아이보는 아마조를 멈추려 하지만, 아마조의 프로그램은 너무 완벽해서 멈추는 것이 불가능했고, 단순히 늦추는 것만 가능했다. 이로 인해 데미언은 슈퍼걸을 호출해 아마조를 막을 것을 부탁한다. 곧바로 슈퍼걸은 아마조를 끌고 달로 간다.
48화
무언가가 아마조를 끌고 달로 간 것을 보고 놀란 블루비틀이 달로 간다. 슈퍼걸은 아마조와 맞서지만, 아마조는 너무도 강력했기에 압도당하고 아이보가 계속 프로그램을 늦춘다. 그때, 프로그램실에 아타나시아가 나타나 아이보를 죽인다. 하지만 아이보는 죽는 순간 아마조의 프로그램 능력을 매우 크게 떨어뜨리는 명령을 내린다. 이로 인해 슈퍼걸의 공격으로 아마조는 드디어 박살난다. 이를 본 블루 비틀이 "이 세계에 슈퍼걸이 생겨났다"며 감탄한다.
49화
폐허가 된 마을에서 살아남은 사람들을 구하던 히어로들. 원더우먼은 캐시 샌즈마크가 사실 죽지 않고 슈퍼맨에 의해 팬텀 존에 빠진 것을 알고 살짝 양심의 가책을 느낀다. 그리고 슈퍼걸은 아마조의 두뇌 프로그램에서 크립톤을 멸망시킨 브레이니악의 마크를 발견하고 놀란다. 슈퍼걸은 아마조의 두뇌를 박살낸 뒤 하이메에게 자신의 존재를 알리지 말아달라고 부탁하고 떠난다. 아타나시아의 습격으로 도망친 데미언과 애니멀맨, 제이슨 토드, 빅슨. 그러나 밖에서 대기 중이던 포이즌 아이비가 애니멀맨을 나무로 묶고, 데드샷이 죽인다. 빅슨과 제이슨은 겨우 벗어나지만 데미언이 나무에 묶인다. 제이슨은 이미 죽은 목숨이라며 버리고 가려고 한다.
50화
유능한 인재였던 아이보가 죽은 것에 분노한 라스는 아타나시아를 구금시킨다. 감옥 안에는 데미언도 있었는데, 그때 탈리아 알 굴이 나타나 간수였던 고릴라들을 죽이고 둘을 탈출시킨다. 그 사이 아이보가 휩쓸고 간 폐허에서 원더우먼과 배트맨이 다시 싸우려고 하지만, 슈퍼보이의 만류로 둘은 싸움을 보류한다. 며칠 뒤, 웨인 저택에 아타나시아가 쳐들어와 캣우먼에게 총을 쏘고 알프레드를 위협한다.
51화
웨인이 히어로들과 도시 복구에 대해 이야기를 나누던 때, 브라더 아이로부터 메세지가 와 웨인 저택에 누가 침입했다는 사실을 알게 된다. 그리고 배트맨이 집에 들어서자, 아타나시아는 알프레드와 배트맨이 데려온 강아지를 총으로 겨누며 협박한다. 하지만 알프레드가 당당히 맞서고, 강아지가 계속 짖자 화가 난 아타나시아가 방아쇠를 당긴다.
52화
무고한 강아지가 죽자 자기도 이러고 싶지 않았다며 울부짖는 아타나시아를 보고 배트맨이 공격하지만, 이내 아타나시아의 반격으로 배트맨과 알프레드 모두 쓰러진다. 그 사이, 총에 맞고 쓰러져있던 캣우먼이 몸을 끌고 브라더 아이에게 가 다른 히어로를 호출시킨다. 이에 모든 히어로들(+할리퀸)이 나타나 아타나시아를 쓰러뜨리고, 앞으로도 계속 배트맨을 지켜줄 것을 모두 맹세한다.
53화
한편, 오랜만에 나타난 할 조던은 그린 랜턴들로부터 추방당해 외딴 행성에서 노동을 한다. 이를 감시하던 가이 가드너가 깐족거리자 할이 미안하다고 한다. 이 말을 들은 가이가 그 소리 좀 하지 말라면서 평소처럼 쓸데없는 개그를 계속 치고, 이에 할이 웃는다. 이 모습을 보던, 시네스트로의 딸 소라닉 나투가 할 조던을 때리며 웃지 말라고 한다. 그리고 자신은 모고 위에 살던 셀 수 없는 아름다운 생명들을 봤다며 그 모든 것을 죽인 할의 책임이 얼마나 큰지에 대해 설교한다. 그때, 또다른 죄수가 행성에 도착한다. 바로 시네스트로. 시네스트로는 애제자인 할과 딸인 소라닉을 보고 반가워 하지만, 가이가 다시 깐족대며 시네스트로가 할을 이용해 먹었으니 참지 말라고 하자 할이 시네스트로를 마구잡이로 팬다. 죄수실로 돌아온 할에게 가이가 쫓아와 평소처럼 계속 깐족대며 개그를 친다. 다시 할이 미안하다고 하자, 가이는 또 그런 말 하지 말라면서 "미안하다는 말 가지고 내가 살아돌아올 것 같아?"라는 말과 함께 사라진다. 이 가이는, 가이를 죽인 할의 죄책감으로 인한 정신병이 만들어낸 환각이었던 것. 한편, 행성의 뒷면을 조사하던 그린 랜턴을 레드 랜턴 덱스-스타르가 습격한다.
54화
전 날에 할이 시네스트로를 습격한 것에 대해 소라닉 나투가 경고하면서 맨날 무슨 혼잣말을 그리 하냐고 한다. 그리고 시네스트로를 만난 소라닉은, 자신이 조사해봤을 때 어머니를 누군가 습격한 흔적은 전혀 없었다며, 어머니가 당신 꼴도 보기 싫어서 스스로 목숨을 끊은 거라는 팩폭으로 그를 질책한다. 그때, 그린 랜턴이 습격당해 사망했단는 전보를 듣고 소라닉이 당황한다. 그러자 시네스트로가 소라닉의 반지를 빼앗으려고 하지만 실패하고, 소라닉은 분노해 시네스트로를 공격한다. 이에 할이 자기처럼 후회할 짓을 하지 말라고 경고하지만, 소라닉은 "내가 너처럼 사람을 죽일 것으로 보이냐"는 팩폭으로 할을 데꿀멍시킨다. 그때 레드 랜턴 아트로시터스가 감옥을 습격하고 시네스트로를 죽이려 한다.
55화
레드 랜턴들의 공격을 그린 랜턴들이 막자 아수라장 속에서 시네스트로가 소라닉을 지킨다. 시네스트로같은 냉혈한이 누군가를 지키는 모습을 보고 이상함을 느낀 아트로시터스는 시네스트로를 추궁해 그녀가 딸이라는 사실을 알아낸다. 한편 이 모습을 숨어서 지켜보던 그린 랜턴들은 수호자들에게 살인의 허가를 받자 레드 랜턴들을 공격한다. 난전 속에서 시네스트로가 죽은 레드 랜턴의 반지를 끼려고 하고, 할 조던이 이를 막으려 하다 레드 랜턴이 된다. 할 조던은 모든 레드 랜턴들을 혼자서 막아서며 그린 랜턴들을 대피시킨다. 레드 랜턴의 힘은 분노에 따라 다르기에 할 조던의 엄청난 힘을 인상깊어한 아트로시터스는 할에게 "무엇을 그토록 증오하는가"라고 묻는다. 할은 "나."라고 대답한다.
56화
오아에 그린 랜턴들이 무사히 당도하지만, 할 조던은 레드 랜턴들에게 붙잡힌 상황. 할 조던의 분노를 아까워 한 아트로시터스는 그를 통제해 자신의 밑에 들어오도록 만든다. 레드 랜턴 블리즈가 일 다 끝났으니 시네스트로를 죽이러 가자고 보채지만, 시네스트로를 지키는 그린 랜턴들을 없애기 위해 아트로시터스가 무언가를 계획한다. 한편 조드의 심장을 얻은 슈퍼보이는 마사 켄트와 캐시 샌즈마크의 위로를 듣고, 새로운 틴 타이탄즈를 결성할 생각을 한다. 그동안 아트로시터스는 저스티스 리그의 숙적인 스타로를 레드 랜턴으로 만든다.
* 57화
블루비틀 하이메 레예스를 틴 타이탄즈 멤버로 영입하기 위해 모인 스타파이어, 슈퍼보이, 원더걸. 블루비틀은 당황스러워 하며 부스터 골드에게 상담을 받지만 그때 로보가 습격해 하이메를 납치해간다.
58화
납치당한 블루비틀을 구하기 위해 틴 타이탄즈와 부스터 골드가 저스티스 리그의 우주선인 자벨린을 훔쳐 이륙한다. 배트맨은 부스터가 비행기를 훔쳐탄 것을 알고 당황하지만 캣우먼은 재미있어 한다. 한편 로보가 하이메를 끌고 데려온 곳은 지식의 신 메트론의 앞. 메트론은 하이메가 우주를 구할 열쇠라는 천기누설을 한다.
* 59화
메트론은 스타로를 막을 존재가 하이메의 스캐럽밖에 없다며 그를 설득시킨다. 한편 스타로를 끌고 오아 행성으로 향하는 중인 레드 랜턴 군단. 할 조던은 그린 랜턴들을 구해야 한다는 가이 가드너의 환청을 듣고 아트로시터스의 세뇌에서 풀려나 오아 행성으로 혼자 향한다. 이에 아트로시터스가 스타로를 이용해 할을 속박하려 하지만, 할은 자기 얼굴을 때려가며 속박에서 풀려난다. 그 동안 오아 행성에서 시네스트로는 소라닉에게 아트로시터스가 누구인지 설명을 하며, 자신은 자기 딸을 지키기 위해서라면 우주를 전부 희생할 수 있다는 포부를 보인다. 그때 할 조던이 나타나지만 분노에 휩싸여 아무 말도 못하기에 그린 랜턴들의 적대를 받는다. 어쩔 수 없이 제정신을 차리기 위해 자기 손가락을 자른 할 조던은 스타로가 온다는 얘기를 한다. 하지만 스타로가 곧장 도착해 모든 그린 랜턴들을 지배하기 시작한다.
60화
틴 타이탄즈와 부스터 골드는 로보를 만나 적대하지만, 곧이어 메트론을 만나 사정을 듣고 자신들도 이 전쟁에 참전하기로 한다. 하이메는 이전에 사고를 친 기억 때문에 자신 없어하지만, 부스터 골드의 응원과 죽은 테드 코드의 메세지를 듣고 다시 싸울 준비를 한다.
* 61화
우주의 수호자 세이드의 정신을 장악해 그린 랜턴들을 마구잡이로 죽이는 레드 랜턴들. 그때 로보와 틴 타이탄즈, 부스터 골드가 난입해 그린 랜턴들을 돕는다. 자초지종을 설명한 타이탄즈는 그린 랜턴들을 지켜주기로 하지만, 그때 스타로가 날린 충격파로 인해 그린 랜턴 중앙 파워 배터리가 망가진다.
62화
오아를 레드 랜턴들이 지배하는데 성공했다고 판단한 스타로가 떠난다. 이에 할 조던이 자신은 아직 안 끝났다면서 자신에게 세상을 구할 두번째 기회를 달라고 부탁한다. 많은 그린 랜턴들이 죽은 비상상황이기에 결국 우주의 수호자들은 그에게 새 그린 랜턴 반지를 넘겨준다. 그 모습을 본 시네스트로는 소라닉이 스타로에게 세뇌당해 위험하다며 할에게 자신에게도 그린 랜턴 반지를 넘겨달라고 부탁한다. 모두가 반대했으나 할은 그에게 반지를 넘긴다. 그리고 다같이 레드 랜턴들과 싸운다. 한편 그린 랜턴들의 공석이 너무 많아졌기에 로보도 그린 랜턴 반질를 받게 된다.
* 63화
로보는 덱스 스타르를 발로 차고 아트로시터스를 거대한 딜도로 공격한다. 그동안 시네스트로는 위기에 빠진 그린 랜턴들을 구해주고 할과 같이 싸운다. 이 모습을 보고 할 조던이 혼란스러워 한다. 블루비틀과 부스터 골드는 열심히 스타로를 따라잡는데, 그동안 부스터 골드는 자신이 과거에 보았던, 자신이 우주 공간 내에 둥둥 떠있는 기억 하나를 떠올린다. 블루비틀이 왜 그러냐고 하니 부스터는 그냥 모른척 하고 다시 농담 따먹기나 한다.
64화
그린 랜턴들은 두려움에 빠져 약해지고 레드 랜턴들에게 무너지기 시작한다. 시네스트로가 열심히 그린 랜턴들에게 지령을 내리지만, 모두가 시네스트로의 말은 무시하는 상태. 이 상황을 본 가이 가드너의 환각은 할 조던에게 때가 왔다는 이야기를 한다. 결국 할 조던은 모두를 끌어모아 지시를 내리고 세이드의 세뇌를 푼다. 그 사이 시네스트로는 소라닉의 세뇌를 풀지만, 그 직전에 소라닉의 칼에 맞는다. 시네스트로는 소라닉에게 자신이 아내에게 어떤 일을 벌였는지 드디어 솔직하게 털어놓고 사망한다. 그동안 레드 랜턴 하나를 쫓던 슈퍼보이와 원더걸은 거대한 함선과 로봇 군단을 마주치게 된다.
* 65화
시네스트로가 죽은 것을 안 아트로시터스는 자신들의 목적은 달성했다며 후퇴한다. 이 모습을 보던 할 조던에게 가이 가드너의 환각이 "너는 이전의 죄를 용서받을 수 없다는 것을 알아라, 하지만 적어도 앞으로 독재자 편을 들지는 마라"라는 말을 하고 떠날 시간이라며 사라진다. 한편 로봇 군단은 슈퍼보이와 원더걸의 산소 마스크를 박살낸다. 그리고 해골 모양 함선 속에서 누군가가 둘을 부르자, 어쩔 수 없이 둘은 함선 내부로 향한다. 이 함선의 주인은 바로 브레이니악. 브레이니악은 오아 행성이 무너지면 도시를 수집할 생각이였으나 레드 랜턴들의 후퇴로 실패했다는 말을 한다. 그리고 슈퍼보이에게 왜 자신이 파괴한 크립톤의 상징이 있는지 궁금해한다. 슈퍼보이가 복제인간이라는 것을 조사한 브레이니악은 그가 쓸모없다며 우주밖으로 내팽겨친다. 이댈로 슈퍼보이와 원더걸은 우주에서 죽을 운명이었지만, 그때 과거의 부스터 골드가 31세기에서 데려온 리전 오브 슈퍼히어로즈가 나타난다.
66화
스타로를 잡으러 가는 중인 블루비틀과 현재의 부스터 골드. 블루비틀의 스캐럽은 과거에도 이런 일이 있었다며, 과거의 블루비틀은 스타로를 잡았을 때 스캐럽과 분리되어 우주에서 사망했다는 이야기를 한다. 하이메는 이를 듣고 자신의 목숨을 바치기로 결심한다. 결국 스타로에 다다른 하이메는 스캐럽을 스타로에게 부착하고 자신을 떨어져나간다. 하이메의 돌발행동에 당황한 부스터는 자신의 산소마스크를 하이메에게 씌워준다. 스키츠는 이를 말렸으나 부스터 골드는 끝까지 하이메를 구하려 했고, 결국 스키츠가 "안녕히"라는 말과 함께 하이메를 데리고 떠난다. 죽어가는 부스터 앞에 갑자기 나타난 과거의 테드 코드. 과거의 부스터 골드가 데려온 과거의 테드 코드 말로는 이 운명을 바꿀 수는 없으며, 대신 자신이 죽을 때 테드와 함께 해도 된다는 허락을 받았다고 한다. 결국 부스터는 절친을 보고 즐거워 하며 사망한다. 하이메는 오아 행성에서 깨어나고, 할은 그에게 이겼다는 말을 해준다.
* 67화
브레이니악이 크립톤인을 찾기 위해 지구로 향한다. 그동안 알프레드는 감옥에 갇힌 아타나시아를 위로하지만, 몸 상태가 안 좋은 것을 느낀다. 배트맨은 그 모든 상황을 브라더 아이를 통해 지켜본다. 알프레드는 모든 걸 감시하는 브라더 아이에 대해 탐탁치 않아 하지만 그 일은 미뤄두고 브루스의 딸인 아타나시아를 홰개시키고 라스 알 굴과 협정을 맺어달라 부탁한다. 결국 할리 퀸이 배트맨 파의 대표로 나서 라스 알 굴 파와의 친목을 제안한다. 그동안 브레이니악이 브라더 아이 위성을 해킹한다.
68화
고릴라 시티에 다다른 브레이니악의 로봇. 그 모습을 본 그로드가 로봇을 공격한다. 그동안 아틀란티스에 모인 각국 정상들과 히어로들, 빌런들 대표는 자신들의 입장을 얘기하며 싸우려는 모습을 보인다. 하지만 포이즌 아이비와 할리퀸의 만류로 대화로 풀어나가게 된다. 로봇을 통해 그로드의 정신과 자신의 정신을 연결한 브레이니악은 자신의 계획을 말하며 그로드에게 충성을 강요한다.
* 69화
브레이니악에게 충성을 맹세한 그로드는 군대를 이끌고 고릴라 시티를 장악할 쿠데타를 꾸민다. 그동안 수어사이드 스쿼드 멤버들은 킬러 크록과 오르카의 결혼 허가를 받는데 성공하고 결혼 준비를 하기 시작한다.
70화
크록과 오르카는 무사히 결혼식을 마친다. 그러자 라스 알 굴은 자신의 정원이 망가진 이후 인간 사회에 염증을 느끼는 동시에 자연에 경외심을 느껴 둘을 폭탄으로부터 해방시켜준다. 하지만 그동안 노예 생활을 했음에도 고작 해방이 다라는 것에 분해진 오르카와 킬러 크록은 라스의 팔을 자른 후 죽이려 든다. 그때 그로드의 군대가 나타나 수어사이드 스쿼드의 폭탄을 조종하는 기계 장치를 입수하고 크록과 오르카에게 떠나라고 한다. 라스는 그로드에게 사로잡히고 크록과 오르카는 어딘가로 떠난다.
* 71화
대통령 관저에서 놀고 있는 지구의 히어로들과 그 자식들. 그런데 위성에 그로드의 군대가 심상치 않은 행보를 보이는 것이 잡힌다. 대통령 블랙 라이트닝은 놈들이 노리는 것이 라스 알 굴이라는 것을 알고 상황을 묵인한 채 평화롭게 지낸다.
72화
그로드의 쿠데타와 맞서는 수어사이드 스쿼드 멤버들. 하지만 그로드는 가볍게 폭탄을 조작해 맨배트의 머리를 터뜨려버린다. 결국 데드샷, 포이즌 아이비 등을 협박해 손에 넣은 그로드. 그로드 앞에 솔로바가 나타나 가로막지만 그로드는 이미 강화된 텔레파시 능력으로 솔로바의 아들을 세뇌시킨 상황. 솔로바가 당황할 때 그로드가 당당하게 솔로바에게 자신의 정신을 읽어보라 시킨다. 솔로바는 그로드의 정신 속에 또다른 누군가가 있는 것을 보고 경악한다. 그때 그로드의 명령에 따라 데드샷이 솔로바를 저격해 죽인다. 라스 알 굴은 마지막 힘을 짜내 배트맨에게 연락해 그로드를 막으라 시키지만, 이내 정신 조종에 걸리고 그로드의 손아귀에 머리가 터져 죽는다. 상황이 심상치 않음을 느낀 배트맨이 나가려 할 때, 부활 이후 계속 정신과 몸이 왔다갔다 하던 알프레드가 자신은 이미 죽은 몸인지라 브루스의 곁에 있는 것은 도리에 어긋난다며 이별을 고한다.
* 완결
브라더 아이에 오류가 나기 시작하지만, 배트맨은 그 원인을 찾지 못하고 헤멘다. 캣우먼은 알프레드가 떠난 것에 배트맨을 위로한다. 그때 누가 슈퍼맨의 감옥에 가고 있다는 보고를 브라더 아이가 하자 배트맨이 황급히 출동하려고 하지만, 사실 그건 마사 켄트가 파이를 들고 인 것이었다. 배트맨은 마사에게 너무 위험하다고 하지만, 마사는 자기 엄마를 보는 건데 뭐가 위험하냐며 반론하고 캣우먼과 함께 감옥에 들어선다. 그동안 조너선 켄트가 술이나 같이 하자며 배트맨과 떠난다.
8년 전, 셀리나 카일과 대화를 나누던 브루스 웨인이 저격당해 어깨에 총을 맞는다. 분노한 셀리나가 뛰쳐나가 암살범인 데드샷을 잡으려 하지만 놓친다. 한편 메트로폴리스에선 저격 소식을 들은 로이스가 클락에게 사실을 알리며 병문안을 보낸다. 사건을 안전히 조사하려는 브루스는 클락에 조언에 따라 켄트 농장 네에서 신세를 진다. 그동안 로이스는 브루스의 암살 의뢰에 대해 위험하게 조사한다. 이후 로이스는 위기에 몰리지만 자신을 쫓는 거한들을 모두 쓰러뜨리며 뒤늦게 도착한 나이트윙과 배트우먼을 벙찌게 만든다. 로이스가 조사한 바에 따르면 이들이 브루스를 노린 이유는 자선 행사가 맘에 안 들기 때문이었다. 그리고 이 정보를 이용해 배트맨과 슈퍼맨은 이들이 고용한 용병들도 기지를 발휘해 전부 체포한다. 배트맨은 슈퍼맨에게 이번 일의 빚은 꼭 갚아주겠다며 친분을 다진다.
다시 현재. 마사는 파이를 슈퍼맨에게 갖다주며 추억을 회상하고, 조너선은 배트맨에게 슈퍼맨이 가장 힘들 때 배트맨이 지켜주지 않았다며 나무란다. 이 말을 듣고 후회한 배트맨은 슈퍼맨에게 찾아가 진심으로 사과한다. 하지만 슈퍼맨은 고통스러워 하며 절망한다.
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게임 중간중간 두 캐릭터 중 누구를 이용하여 전투할 것인지를 고를 수 있다.
오프닝: 게임은 과거 회상으로부터 시작한다. 슈퍼걸 카라 조 엘은 침략자 브레이니악에 의해 크립톤이 멸망하던 날, 칼 엘(슈퍼맨)을 지킬 보호자로서 지구로 보내진다. 그러나 크립톤이 폭발하면서 생긴 후폭풍 때문에 카라 조 엘은 칼 엘과 멀리 떨어지게 된다.
챕터 1 - 배트맨: 슈퍼맨이 조커를 죽이고 날뛰기 시작하던 시점의 과거. 배트맨은 아캄 수용소에서 폭동이 벌어지자, 자신에게 반발하는 데미안 웨인을 데리고 아캄 슈용소로 향한다. 그 도중 자신을 공격하는 슈퍼맨 파의 사이보그를 만나 싸우게 된다. (배트맨과 사이보그의 매치 게임이 벌어진다.) 사이보그를 쓰러뜨리고 로빈과 함께 아캄 수용소에 도착한 배트맨은 경비를 쓰러뜨리지만,[58] 곧바로 원더우먼과 대적하게 된다. (배트맨과 원더우먼의 매치 게임이 벌어진다.) 원더우먼을 포박한 뒤, 아캄 수용소 안에 들어간 배트맨과 로빈은 슈퍼맨과 만나게 된다. 배트맨은 슈퍼맨과 설전을 벌이는 사이 기습으로 붉은 태양 수류탄을 사용해 슈퍼맨을 약화시킨 후 맞붙게 된다. (배트맨과 슈퍼맨의 매치 게임이 벌어진다.) 결국 배트맨이 슈퍼맨을 쓰러뜨리는 데 성공하지만, 배트맨에게 불만을 품고 있던 데미안이 빅터 자즈를 살해하고[59] 배트맨을 배신한다. (배트맨과 로빈의 매치 게임이 벌어진다.) 배트맨은 로빈을 이기지만, 로빈은 결국 슈퍼맨 측에 붙어 떠나고 만다.
챕터 2 - 할리 퀸: 현재. 슈퍼맨, 데미안 웨인, 사이보그 등이 독방에 감금된 상황에서 배트맨은 루시우스 폭스, 할리 퀸 등과 함께 사람들이 다시 안심하고 살아갈 수 있는 세상을 만들기 위해 절치부심한다. 그러던 중 고릴라 그로드가 여러 슈퍼 빌런들을 모아 모종의 음모를 꾸미고 있다는 것을 알게 되고, 이에 예전의 치명상으로부터 회복한 블랙 카나리, 다른 평행세계로부터 온 그린 애로우[60], 할리 퀸을 파견하여 계획을 저지하려 한다. 카나리, 애로우, 할리는 공포 가스를 그로드에게 반출하려는 스케어크로우를 막으려 하지만 그로드 밑에서 일하는 중인 포이즌 아이비가 난입해 묶이게 된다. 묶였지만 그린 애로우의 활약으로 풀려난 할리는 아이비와 싸우게 된다. (할리 퀸과 포이즌 아이비의 매치 게임이 벌어진다.) 아이비를 이긴 할리는 곧바로 스케어크로우의 공포 가스에 중독되고, 스케어크로우의 환영과 싸우게 된다. (할리 퀸과 스케어크로우의 매치 게임이 벌어진다.) 그러나 할리는 계속 환각 상태에 빠지게 되고, 결국 죽은 조커가 환각으로 나타나 할리에게 살인을 부추긴다. 할리는 거부하고 자신의 환각과 맞선다. (할리 퀸과 조커의 매치 게임이 벌어진다.) 겨우 깨어났지만 스케어크로우와 아이비는 도망가는 상태. 늪지대에서 패거리 잔당들을 잡는 할리와 애로우와 카나리였지만, 늪지가 공격받는 중인줄 알고 스웜프 씽[61]이 나타나 그들을 공격한다. (할리 퀸과 스웜프 씽의 매치 게임이 벌어진다.) 할리는 스웜프 씽을 겨우 진정시키고, 스웜프 씽은 상황을 이해하고 다시 늪지로 돌아간다. 그 동안 슈퍼맨의 패배 후 잠적해 있던 원더우먼과 블랙 아담은 슈퍼걸을 받아들여 자신들의 가치관을 가르치고 훈련시키고 있었다.
챕터 3 - 그린 애로우 & 블랙 카나리: 자기가 보낸 팀이 늪지에서 스케어크로우 패거리를 놓치자, 배트맨은 고릴라 시티에 그들을 그대로 파견하여 고릴라 그로드 제압을 명령한다. 그로드는 "소사이어티"라는 자신의 악당 패거리들을 자신의 고릴라 부족에게 보여주며 인간들과 전쟁을 하겠다고 선전 하며, 캣우먼은 그로드의 협력자에 대해 묻지만 나중에 알게된다며 그로드의 협력자의 정체를 알지 못하게된다. 블랙 카나리와 그린 애로우는 그들 앞에 나타나 맞서게 되고, 그로드는 캣우먼으로 그들을 막으려 한다. (그린 애로우 또는 블랙 카나리와 캣우먼의 매치 게임이 벌어진다.) 캣우먼을 쓰러뜨리자, 곧바로 베인이 나타나 허리를 꺾겠다고 으름장을 놓는다. (그린 애로우 또는 블랙 카나리와 베인의 매치 게임이 벌어진다.) 베인까지 잡은 둘 앞에 갑자기 닥터 페이트가 나타난다. 그로드는 거대한 계획의 일부일 뿐이고, 새로운 질서가 세워질테니 안전한 곳으로 데려다주겠다는 닥터 페이트의 경고를 둘은 무시하고 페이트와 맞선다. (그린 애로우 또는 블랙 카나리와 닥터 페이트의 매치 게임이 벌어진다.) 둘에 의해 운명의 투구를 강제적으로 벗게 된 켄트 넬슨은 정신을 차리지만, 평범한 인간들은 앞으로 있을 지구의 종말을 막을 수 없다면서 다시 투구를 쓰고 닥터 페이트가 되어 사라진다. 페이트를 보낸 둘은 그로드를 쫓아 결국 그와 맞서게 된다. (그린 애로우 또는 블랙 카나리와 고릴라 그로드의 매치 게임이 벌어진다.) 이윽고 둘은 그로드를 쓰러뜨리지만, 그로드는 지금 자신이 따르는 존재는 따로 있다며 웃는다. 그 순간 상공에서 우주선이 나타나 이들을 납치한다. 우주선에 있는 것은 바로 크립톤을 파괴시킨 장본인인 브레이니악. 잡혀온 둘을 손쉽게 제압한 브레이니악은 마지막 크립톤의 생존자, 슈퍼맨을 찾아 지구로 왔으며 또한 지구를 자신의 컬렉션에 넣을 계획임을 밝힌다. 곧 브레이니악은 배트맨의 위성 시스템 브라더 아이의 통제권을 빼앗고 지구에 대한 침공을 개시한다. 배트맨은 수감된 슈퍼맨에게 찾아가 브레이니악에 대해 묻는다. 슈퍼맨은 자신을 풀어주지 않고서는 막을 수 없다는 말을 하지만, 배트맨은 이에 동의하지 않고 떠난다.
챕터 4 - 플래시: 인저스티스1에서 슈퍼맨의 편에 붙었기 때문에 그 죄책감에 잠적 중이던 플래시는 브레이니악의 침공이 벌어지자, 고민하다 결국 사람들을 구하기 위해 다시 코스튬을 입고 출동한다. 그 과정에서 몇몇 사람들을 구출하지만, 중간에 데드샷에게 다리를 저격당하고[62] 캡틴 콜드에게 다리가 얼어붙는다. 캡틴 콜드는 로그스와 함께 자신의 여동생, 골든 글라이더를 처형한 정권에 복수심을 표출하며 한 때 슈퍼맨 밑에서 일했던 플래시를 원망한다. (플래시와 캡틴 콜드의 매치 게임이 벌어진다.) 캡틴 콜드를 이긴 플래시는 곧바로 나타난 데드샷을 붙잡지만, 데드샷은 칼로 자신과 플래시 둘을 동시에 찔러 탈출한다. 플래시는 지구가 침략당하는 와중에 왜 그로드 편에 서는지 이해를 못하지만, 데드샷은 자기 머리 안에 들어있는 폭탄을 그로드가 조종하고 있으니 어쩔 수 없다며 플래시와 맞붙는다. (플래시와 데드샷의 매치 게임이 벌어진다.) 그동안 우주선이 하늘에 떠다니는 이상 현상을 감지한 캣우먼은 소사이어티 멤버를 가장한 배트맨의 스파이였고, 할리퀸을 풀어주면서 그로드의 고릴라 부하들을 공격하며 함께 고릴라 시티를 탈출한다. 그 사이 소사이어티 멤버들을 격파한 플래시는 갑자기 리버스 플래시에게 기습당한다. 플래시는 리버스 플래시에게 원래 시간대로 돌아가라고 권유하지만, 리버스 플래시는 (과거 플래시가 몸담았던) 정권이 자신의 조상을 처형하였기에 이 시간대의 타임 패러독스에 갇히게 되었다며 반발하고 플래시를 해치려고 한다. (플래시와 리버스 플래시의 매치 게임이 벌어진다.) 리버스 플래시를 겨우 쫓아낸 플래시 앞에 옐로우 랜턴이 아닌, 그린 랜턴 할 조던이 나타난다. 할 조던이 다시 그린 랜턴이 되어 나타난 것을 보자 놀란 배리 앨런은 할과 맞선다. (플래시와 그린 랜턴의 매치 게임이 벌어진다.) 그와 주먹을 주고받으며 할 조던이 봐주고 있음을 알게된 배리 앨런은 그가 진짜 바뀌었음을 믿게 되고 함께 배트맨에게로 간다.
챕터 5 - 그린 랜턴: 배트맨은 처음에는 그린 랜턴을 믿지 않으려 하나, 신뢰의 범위를 넓히라는 루시우스 폭스의 충고를 떠올린 후 그를 다시 받아들이고, 브레이니악의 군대를 물리칠 수 있도록 아쿠아맨을 설득하라는 임무를 준다. 이 말을 듣고 아틀란티스로 간 그린 랜턴. 아쿠아맨은 배트맨의 예상대로 그린 랜턴과 협력하지 않으려 하고, 그린 랜턴은 그에 맞서 싸운다. (그린 랜턴과 아쿠아맨의 매치 게임이 벌어진다.) 그린 랜턴에게 패배한 후에도 배트맨을 돕지 않으려는 아쿠아맨. 그때, 브레이니악의 군대가 아틀란티스를 침공하고 소사이어티의 멤버 중 하나인 치타가 나타나 그린 랜턴을 습격한다. 치타는 원더우먼은 어디있냐며 묻자 그린 랜턴은 원더우먼과 서로 절교한지 오래라며 모른다고 하자 치타는 그린 랜턴과 싸우게 된다. (그린 랜턴과 치타의 매치 게임이 벌어진다.) 아쿠아맨이 브레이니악의 군대를 막느라 정신이 없는 사이, 베인이 나타나 할 조던의 의지를 부러뜨리겠다고 으름장을 놓는다. (그린 랜턴과 베인의 매치 게임이 벌어진다.) 그린 랜턴은 이미 베인을 쓰러뜨렸지만, 전부터 계속 맴돌던 머릿속의 목소리에 홀려 베인을 완전히 묵사발낸다. 할은 금새 정신을 차리고, 아쿠아맨은 그린 랜턴이 아틀란티스를 지키기 위해 싸우는 것을 보고 그를 신뢰하기로 한다. 그때, 할 조던을 홀리게 만든 장본인인 아트로시터스와 덱스 스타르가 나타난다. 아트로시터스는 할 조던이 과거 슈퍼맨 정권에 몸담았었기에 갖고 있는 죄책감과 자기 자신에 대한 분노를 이용해 그를 레드 랜턴으로 만들려 한다. 그러나 할 조던은 의지를 다잡고 그린 랜턴으로서 아트로시터스와 싸운다. (그린 랜턴과 아트로시터스의 매치 게임이 벌어진다.) 패배한 아트로시터스는 다시 사라진다. 그 사이 브레이니악의 외계 군대가 지구를 둘러싸기 시작한다.
챕터 6 - 블루 비틀 & 파이어스톰: 혼란을 틈타 원더우먼과 블랙 아담, 그리고 슈퍼걸은 슈퍼맨 구출 작전을 개시한다. 로빈 & 사이보그 풀어주고, 블랙 아담이 발전기를 멈추려고 하자 블루 비틀 & 파이어 스톰이 블랙 아담을 막는다. (블루 비틀 또는 파이어 스톰과 블랙 아담의 매치 게임이 벌어진다.) 이후로 슈퍼걸의 도움으로 풀려난 로빈이 나이트윙 옷을 입고 막아선다. (블루 비틀 또는 파이어 스톰과 나이트윙의 매치 게임이 벌어진다.) 사이보그는 어떻게든 슈퍼맨도 풀어주려 하지만 시간이 걸리고 슈퍼걸은 슈퍼맨과 만나게 되고, 슈퍼맨이 잠시 자리를 비우고, 슈퍼맨을 풀어주려는 사이보그는 시스템을 완전히 해킹하기 전에 파이어스톰과 블루 비틀의 방해에 막힌다. (블루 비틀 또는 파이어 스톰과 사이보그의 매치 게임이 벌어진다.) 슈퍼걸이 원더우먼과 같이 나타나 블루 비틀 & 파이어 스톰과 상대하는데, 파이어 스톰이 크립톤나이트를 써서 슈퍼걸을 무력화 시켜보지만 슈퍼걸은 이것을 견디고 덤벼든다. (블루 비틀 또는 파이어 스톰과 슈퍼걸의 매치 게임이 벌어진다.) 수퍼걸이 패하자 원더우먼, 블랙 아담, 나이트윙, 사이보그가 한자리에 모이면서 결국 파이어스톰 측이 불리한 상황에 놓이는데, 파이어스톰은 자폭으로 상황을 타개하려 하고 원더우먼은 그를 죽여서 자폭을 막으려 하는 찰나 배트맨이 난입하여 둘을 모두 막아낸다. 슈퍼맨 없이 브레이니악을 막을 수 없다고 호소하는 원더우먼에게 배트맨은 사실이라고 쿨하게 인정하며 슈퍼맨을 풀어주고, 일시적으로 동맹이 결성된다. 그 광경을 지켜보던 브레이니악은 크립톤인이 또 하나 살아있다는 것을 흥미로워하며 둘 모두를 수집하겠노라고 다짐한다.
챕터 7 - 사이보그 & 캣우먼: 사이보그와 캣우먼, 할리퀸은 아캄 어사일럼 지하로부터 배트 케이브로 가서 브라더 아이를 고치러, 슈퍼맨과 로빈, 블랙 아담은 고독의 요새에서 브레이니악에 대한 데이터를 찾으러, 나머지는 시민들을 보호하러 출동하기로 한다. 모두 흩어지기 전 배트맨은 절대 살인은 안 된다고 다짐을 준다. 그들이 대화를 나누던 자리에 구 저스티스 리그의 테이블이 놓여 있었음을 깨달은 것은 슈퍼맨 한 명 뿐이었고, 둘만 남았을 때 왜 이것을 없애지 않았느냐고 묻는 슈퍼맨에게 배트맨은 까먹었던 것 같다고 농을 던지며 지나간다. 사이보그, 캣우먼, 할리퀸 팀은 아캄 어사일럼에 향하다 포이즌 아이비를 만난다. 포이즌 아이비는 할리를 중독시켜 사이보그 및 캣우먼과 싸우게 한다. (사이보그 또는 캣우먼과 할리퀸의 매치 게임이 벌어진다.) 사이보그로 할리퀸과 교전할 경우 전투 후 할리를 죽일지 말지 갈등하다 캣우먼에게 제지당한다. 포이즌 아이비가 할리퀸의 목숨을 위협하는 독을 심었음을 발견한 캣우먼은 분노한다. (사이보그 또는 캣우먼과 포이즌 아이비의 매치 게임이 벌어진다.) 포이즌 아이비를 쓰러뜨리고, 할리의 독을 치료한 셋은 다시 배트 케이브로 향한다. 그곳에 베인과 데드샷이기다리고 있었다. (사이보그 또는 캣우먼과 베인의 매치 게임이 벌어진다.) 쓰러뜨린 사이보그 팀은 브레이니악이 사이보그에게 그리드를 심어 또 한 차례 위기를 맞는다. (사이보그 또는 캣우먼과 그리드의 매치 게임이 벌어진다.) 마침내 브레이니악을 서버로부터 격리하고 브라더 아이의 통제를 되찾는 데 성공한다.
챕터 8 - 원더우먼: 브라더 아이의 통신 시스템을 재확보한 배트맨은 전원에게 지시를 내리는데, 시민들을 구하는 임무를 맡은 원더우먼은 노골적으로 배트맨의 방침에 불만을 표하며 사람들의 생명을 우선하는 슈퍼걸을 불안하게 한다. 슈퍼걸은 또한 원더우먼과 자신을 보고 두려워하는 시민들의 모습에 의문을 갖는다. 갑자기 날아오는 레이저포에 슈퍼걸이 당하고 그 앞에 나타난건 원더우먼의 빌런인 치타였고, 치타는 레이저포를 원더우먼을 향해 쏜다. 원더우먼은 술집으로 날아가 버리고, 거기서 캡틴 콜드와 리버스 플래쉬와 만나게 되면서 캡틴 콜드는 여동생 골든 글라이더의 죽음으로 인해 원더우먼을 향한 분노를 표출한다. (원더우먼과 캡틴 콜드의 매치 게임이 벌어진다.) 캡틴 콜드가 쏜 얼음 빔에 얼려있던 리버스 플래쉬가 얼음을 깨고 나온다. (원더우먼과 리버스 플래쉬의 매치 게임이 벌어진다.) 갑자기 주변에 공포 가스에 노출되어 슈퍼맨이 등장하는데, 자신이 슈퍼맨을 타락시켰다는 죄책감에 두려워한다는 것을 느끼지만, 이것을 눈치챈 원더우먼은 슈퍼맨을 향해 검을 찌르며 이것이 스케어크로우의 환각임을 알게 된다. (원더우먼과 스케어크로우의 매치 게임이 벌어진다.) 패배한 스케어크로우는 원더우먼을 향해 다시 가스를 뿌리려고 하지만 원더우먼의 검에 팔을 베인다. 치타가 슈퍼걸을 해치려는 모습까지 보면서 점차 과격해지고, 원더우먼은 치타가 그로드 밑으로 들어간 것에 대해 놀랍다고 하자 치타는 그로드에게 협력한 이유는 원더우먼을 쓰러뜨리기 위한 목적으로 들어갔다. (원더우먼과 치타의 매치 게임이 벌어진다.) 치타를 살해하려던 원더우먼을 할리가 막아서서 잘못된 남자에게 어필하려 살인을 저지르는 모습이 예전 자신 같다고 신랄하게 비판하자 분노한 원더우먼은 그녀에게 칼을 꽂아버린다.
챕터 9 - 슈퍼걸: 이에 충격을 받은 슈퍼걸은 원더우먼을 비난하며 그녀를 막아선다. (슈퍼걸과 원더우먼의 매치 게임이 벌어진다.) 히트 비전으로 할리를 응급처치한 슈퍼걸은 그녀를 데리고 슈퍼맨에게로 향한다.[63] 원더우먼이 어떻게 그리 잔혹한 짓을 했는지 믿을 수 없다고 말하는 슈퍼걸에게 슈퍼맨은 진작에 할리를 죽이지 않은 것과, 원더우먼을 슈퍼걸이 막아선 것이 유감이라고 말한다. 슈퍼걸은 슈퍼맨이 그간 어떤 짓을 저질렀는지 알게 되고 그를 떠나려 한다.[64] 슈퍼걸이 가는걸 나이트윙이 막아선다. (슈퍼걸과 나이트윙의 매치 게임이 벌어진다.) 나이트윙이 패하자 이번엔 블랙 아담이 막아서는데, 슈퍼걸은 블랙 아담이 자신에게 했던 말이 반은 사실이었지만 나머지는 거짓이었다며 블랙 아담을 따지고, 이에 블랙 아담은 선도 악도 영원하지 않다며 힘을 가진 자들에 의해 구분될 뿐이라고 말한다. (슈퍼걸과 블랙 아담의 매치 게임이 벌어진다.) 블랙 아담마저 슈퍼걸에게 패하자 슈퍼맨이 그녀를 막아선다. (슈퍼걸과 슈퍼맨의 매치 게임이 벌어진다.) 교전하는 동안 브레이니악이 저지르는 파괴의 여파가 밀려오게 되고, 슈퍼맨은 일단 급한 일이 있으니 함께 싸우되 나중에는 자신과 함께 할 것인지 막아설 것인지 선택해야 할 것이라며 경고의 말을 남긴다. 닥터 페이트는 파괴 현장을 보고 두려워하다 헬멧을 쓴 후 브레이니악이야말로 세계에 질서를 가져다 주리라며 세뇌당하고, 그 동안 배트맨과 캣우먼은 배트윙에 타 브레이니악의 모선을 공략하려 한다. 슈퍼걸과 슈퍼맨이 조력하지만 슈퍼걸이 충격을 그대로 되돌려주는 보호막에 무리하게 덤벼들었다가 튕겨나가고, 분노한 슈퍼맨은 보호막이 따라가지 못할 속도로 공략한다면 파괴될 것이라는 배트맨의 조언에 따라 무차별 공격을 퍼붓지만 브레이니악이 보호막의 반응 속도를 향상하자 결국 바닥에 처박힌다. 이후, 모선의 집중포화에 노출된 슈퍼맨은 사라지고 만다. 슈퍼걸은 자신이 슈퍼맨을 지키지 못했다며 자책하고 배트맨은 자신 또한 슈퍼맨을 누구보다도 아꼈던 친구로서 그를 지키지 못한 것을 후회한다고 말하며 둘 사이에 공감대가 형성된다. 한 자리에 뭉치자 원더우먼은 또 배트맨을 비난하고, 그 상황에서 브레이니악의 홀로그램이 등장해 슈퍼걸을 넘길 것을 요구한다. 당연히 배트맨 측에서는 그럴 생각이 없었고, 고민하라고 준 1시간 동안 다른 작전을 짠다. 아쿠아맨과 블랙 아담이 칸다크에서 마법의 힘을 아쿠아맨의 창에 모아 사격함으로써 함선의 보호막을 벗겨내면, 사이보그가 브레이니악의 신호를 차단할 수 있는 장치를 만들어 배트맨에게 넘겨주고, 그럼 배트맨이 슈퍼걸과 함선에 진입해서 브레이니악을 쓰러뜨린 뒤 함선 통제권을 빼앗아 브레이니악의 함선으로 사라진 도시들을 복구하는 것.
챕터 10 - 아쿠아맨 & 블랙 아담: 블랙 아담과 아쿠아맨이 칸다크에서 마법의 힘을 모으려 하니 브레이니악은 칸다크의 마법에도 흥미를 보이고, 그로드는 소사이어티가 분열되었다며, 브레이니악은 포획한 히어로들을 그로드와 같이 칸다크에 파견한다. 그로드는 고릴라 군단과 같이 세뇌해 둔 그린 애로우와 블랙 카나리를 보내고, 그들의 정신을 조종한다. (아쿠아맨 또는 블랙 아담과 블랙 카나리의 매치 게임이 벌어진다.) 그리고 그로드는 브레이니악을 뒤를 칠 계획을 세우며 그의 함선을 가로채 세계를 정복할 계획을 세우고 있었다. (아쿠아맨 또는 블랙 아담과 그린 애로우의 매치 게임이 벌어진다.) 그린 애로우와 블랙 카나리를 유혈 사태 없이 제압하고 칸타크 내부안으로 들어가려고 하자 블루 비틀이 나타나 같이 들어간다. 블랙 아담이 의식을 시작하려는 순간 블루 비틀이 방해를 하고, 그들앞에 그로드가 등장하면서 블루 비틀 역시 그로드에게 세뇌당해있었고, 그들을 저지하려 한다. (아쿠아맨 또는 블랙 아담과 블루 비틀의 매치 게임이 벌어진다.) 블루 비틀마저 제압하고, 그로드가 덤벼든다. (아쿠아맨 또는 블랙 아담과 고릴라 그로드의 매치 게임이 벌어진다.) 그로드가 패하면서 모두 브레이니악에게 죽음거라며 인간을 보고 나약하다고 하자 원래부터 슈퍼맨 측의 입장에 가까웠던 이들인지라 그로드를 쓰러뜨린 뒤 숨통을 끊는 선택을 하며 그로드는 아쿠아맨의 트라이던트에 찔려 사망한다. 어쨌든 작전은 성공했고 마법의 힘으로 브레이니악의 모선의 방어막은 제거되었다. 사이보그의 장치도 받은 배트맨은 슈퍼걸과 함께 모선에 진입한다.
챕터 11 - 배트맨 & 슈퍼맨: 배트맨과 슈퍼걸은 모선 내에서 여러 도시들을 발견하고 거기에 정신이 팔린 사이 모선의 방어 시스템에 의해 제압당하고, 슈퍼걸은 모선 어딘가로 끌려가 사라진다. 브레이니악은 배트맨이 모든 면에서 실패했고 어느 것 하나 특별하지 않은 존재라고 혹평하며 그를 제거하라 말하지만, 그 순간 슈퍼맨이 나타나 배트맨을 구출한다. 과거에 그랬듯 한 팀이 된 그들은 함께 함선을 탐색하다가 세뇌당한 파이어스톰과 스웜프 씽을 만나게 된다. (슈퍼맨 또는 배트맨과 파이어스톰의 매치 게임이 벌어진다.) 파이어스톰부터 상대한 후 세뇌된 스웜프 씽을상대하게 된다. (슈퍼맨 또는 배트맨과 스웜프 씽의 매치 게임이 벌어진다.) 사이보그가 준 장치로 파이어스톰 & 스웜프 씽의 세뇌를 해제한다. 브레이니악의 모선의 중심부에 도착하지만 브레이니악의 모습은 없고, 닥터 페이트가 나타나면서 브레이니악이 질서를 가져다 줄 것이라고 말하며 슈퍼맨과 배트맨의 전쟁이 혼돈을 가져다 준다고 말한다. (슈퍼맨 또는 배트맨과 닥터 페이트의 매치 게임이 벌어진다.) 닥터 페이트도 제압하면서 슈퍼맨에 의해 헬멧이 파괴된 이후 정신을 차린 닥터 페이트는 슈퍼맨과 배트맨이 다시 뭉쳤으니 그들이 질서를 되찾을 수 있을 것이라고 말하지만, 닥터 페이트는 모선의 촉수에 꿰뚫려 사망하고, 이후 슈퍼걸처럼 함선 내부로 사라진다. 배트맨이 내동댕이쳐져 정신을 잃은 후, 슈퍼맨은 단독으로 브레이니악을 상대하게 된다. (슈퍼맨과 브레이니악의 매치 게임이 벌어진다.) 마침내 슈퍼맨은 브레이니악을 쓰러뜨리고, [65] 배트맨은 사이보그가 준 장치로 브레이니악의 연결망을 끊은 후 슈퍼맨은 위험을 감수하고 자신이 대신 브레이니악의 자리를 차지하여 메트로폴리스와 코스트 시티를 제외한 도시들을 되돌리는 데 성공한다.[66] 정신을 차린 브레이니악이 통제권을 다시 빼앗으려 덤벼드나 슈퍼걸이 그를 약화시키고 배트맨이 브레이니악을 막아선다. (배트맨과 브레이니악의 매치 게임이 벌어진다.) 배트맨이 브레이니악을 완전히 쓰러뜨리고, 메트로폴리스와 코스트 시티가 되돌아가지 못한 상황에서, 원더우먼은 더 많은 희생을 막기 위해서 브레이니악을 죽여야 한다고 말하며 슈퍼맨도 이에 동조한다. 반면 배트맨은 불살도 불살이지만 다른 도시들도 되돌릴 가능성을 위해서 브레이니악을 살려 둬야 한다고 주장하며, 슈퍼맨은 더 시간을 들이고 사이보그의 힘을 이용한다면 결국 자신이 모선을 완벽히 제어할 수 있게 될 것이라며 반박한다. 플래시는 불확실성을 근거로 배트맨의 편에 서고 아쿠아맨은 확실한 사실 하나는 브레이니악이 위험한 존재라는 것 뿐이라며 슈퍼맨에게 가세한다. 조커의 경우와 완전히 똑같이 단순하다는 원더우먼의 말에 배트맨은 단 한 번도 단순했던 적이 없다며 언성을 높인다. 얼마나 더 많은 무고한 사람들의 목숨이 희생되어야 어떤 놈들은 죽어도 싸다는 사실을 깨닫겠냐며 화를 내는 슈퍼맨을 배트맨은 파이어스톰이 만든 골든 크립토나이트로 만든 단검으로 공격하여 상처입히고, 저항하면 능력을 영영 잃게 될 것이라고 경고한다. 이 시점에서, 플레이어는 배트맨과 슈퍼맨 중 한 명을 선택해야 한다.
마지막 챕터 - 배트맨을 고를 경우 "완벽한 정의" 챕터가 시작된다. 슈퍼맨을 고를 경우 "완벽한 힘" 챕터가 시작된다. 둘 모두 최종전까지의 전개는 같되 특정 루트에서 생략되는 전투를 다른 루트에서 볼 수 있다. 배트맨의 목을 조르던 슈퍼맨을 슈퍼걸이 저지하고 그린 랜턴이 그와 교전을 시작하며, 슈퍼걸은 블랙 아담에게 붙잡힌다. 배트맨은 아쿠아맨과 대립각을 세운다. 배트맨은 아쿠아맨에게 클락을 따르고 싶어하지 않으니 따르지 말라고 제안하나 아쿠아맨은 아무도 자신에게 명령할 수 없다며 거절한다. 일단 그린 랜턴과 슈퍼맨은 모선 밖으로 날아간 가운데, 모선 내에서 배트맨은 아쿠아맨의 다리에 창을 꽂아 제압하고, 슈퍼걸에게 향하나 블랙 아담에게 떠밀려 모선 밖으로 튕겨나간다. 고담 거리에서의 대결에서 배트맨은 블랙 아담도 쓰러뜨린다. 그 동안 슈퍼맨은 그린 랜턴에게 네 도시와 캐럴이 사라졌는데 어떻게 이럴 수가 있냐고 말하지만, 그린 랜턴은 슈퍼맨이 로이스를 돌려내지 못하는 것처럼 캐럴을 돌려내지는 못한다며 맞서싸운다. 슈퍼맨은 그런 그린 랜턴의 손을 부수어 그를 제압하고, 뒤늦게 합류한 플래시와 슈퍼걸도 날려버린 후 플래시를 배신자라 부르며 마찬가지로 쓰러뜨린다. 슈퍼걸이 슈퍼맨에게 정신차리라고 호소하지만 슈퍼맨은 더 이상 물러서지 않겠다고 말한다. 슈퍼맨과 원더우먼은 슈퍼걸을 쫓아 날아가지만 그 자리에는 크립토나이트를 내장한 새로운 슈트로 무장한 배트맨이 기다리고 있었고, 원더우먼은 배트맨과, 슈퍼맨은 슈퍼걸과 교전한다. 최종적으로 남은 것은 배트맨과 슈퍼맨. 간만에 함께 싸울 수 있어 즐거웠다고 말하고, 둘은 감상에 젖어 처음 슈퍼맨이 로이스의 임신 사실을 알리려고 배트맨에게 전화했던 순간을 회상한다. 다음 생에도 간직할 만한 기억이라고 말하며 그때가 그립다고 말한 후, 마침내 전투가 시작된다. 배트맨 루트에서는 배트맨이, 슈퍼맨 루트에서는 슈퍼맨이 승리한다.
쓰러진 슈퍼맨을 바라보며 배트맨은 슈퍼걸에게 끝내 그를 지키지 못해 미안하다고 사과한다. 이후 배트맨은 슈퍼맨을 골든 크립토나이트 광선에 노출시켜 그의 초능력을 완전히 제거하고 팬텀 존에 유폐한다. 슈퍼맨은 안타까워하는 슈퍼걸을 배신자라고 비난하며, 초능력이 없더라도 자신은 반드시 돌아올 것이라고 선포한다. 이후 사람들에게 희망을 주어야 할 S 문양이 오히려 공포를 주는 것이 되어버렸다며 슬퍼하는 슈퍼걸에게 배트맨은 문양의 의미는 그것을 입는 사람에 의해 결정되고, 처음에 자신과 슈퍼맨이 저스티스 리그를 세웠을 때 사람들을 지키려고 세웠다고 말하며 함께 싸워나가지 않겠느냐고 묻고, 슈퍼걸은 웃으며 그의 손을 잡는다.
슈퍼맨 엔딩의 경우, 브레이니악을 죽이겠노라 선언하는 슈퍼맨에게 배트맨은 그럼 나도 죽이라며 빌런의 모습을 보여주라고 쏘아붙인다. 슈퍼맨은 히트 비전을 쏘려는 듯 하다가 마음을 바꿔 그저 그를 기절시키는 데 그친다. 어째서 죽이지 않느냐는 원더우먼의 질문에 슈퍼맨은 배트맨을 죽이면 그가 순교자로 남기 때문이라고 답한다.[67] 이후 장면은 전환되어, 붉은 태양 광선 독방에 감금된 슈퍼걸에게 브레이니악의 모선과 융합한 슈퍼맨이 찾아간다. 슈퍼맨은 함선에서 발견한 여러 외계인 전사들로 군대를 조직하려 하며, 슈퍼걸이 그 대장을 맡아주기를 바란다고 말한다. 당연히 슈퍼걸은 거절하지만 슈퍼맨은 끝내 그녀가 옳은 결정을 내리지 못한다면 자신이 대신 결정해 주겠다고 말하며, 머리에 세뇌 장치가 박힌 배트맨이 슈퍼걸 방향으로 걸어오는 것으로 엔딩이 끝난다.결국 복수심에 삼켜진 슈퍼맨이 자신이 싫어하던 조드와 다를게 없어졌다는 결말이다.
[1] 이때 둘의 대화가 꽤나 재밌다. 아지트로 데려온 후의 대화는 일반인과 미친사람의 경계에서 갈등하던 할리를 꽤나 잘 표현했다.[2] 이 때가 조커의 죽음 이후 24시간도 안 지난 것 같은데 수염이 엄청 자라서 크립톤인의 생리에 대한 토론이 벌어지는 곳도 있다.(...)[3] 혼잣말로 슈퍼맨이 곧 자신이 처음부터 그가 하길 바랬던 말을 하게 될 거라고 중얼거린다. 이후의 행보도 그렇고, 인저스티스 세계관의 원더우먼은 처음부터 초인들이 인류를 지배하는 세상을 원했던 것 같다.[4] 원래는 민간인 5~10명 정도 죽이고 주요 시설을 파괴할 미사일이 슈퍼맨 때문에 모조리 박살나버렸다. 이 작전을 지휘하던 미국 군사 간부가 타국 시민들의 희생 및 피해는 아랑곳하지 않고 오히려 슈퍼맨이 월권 행위를 자행하고 있다고 비난하면서 대통령한테 슈퍼맨을 억제해야 한다고 청한다. 작중에서는 미국 정부가 슈퍼맨을 몰아세우려는 행동을 함으로써 사태를 악화시킨 책임이 있다는 걸 보여준다.[5] 비록 슈퍼맨이 정부와 의논하지 않고 무작정 행동한 것은 사실이지만 이 시기엔 아직까지는 순수하게 사람들을 구해야 한다는 목적을 갖고 있었다는게 작중에서 묘사가 된다. 이를 미국 정부가 막으려고 하면서 그가 더욱 막나가게 행동하는 근원을 제공하게 된 셈.[6] 사실 그럴만한게 조커의 죄상은 천인공노할 죄로 처단하는게 정상이기 때문이다. 그런데 이를 이해해주지않고 무조건 살인은 나쁘다며 비난만 하니 슈퍼맨 입장에선 융통성 없고 꽉막힌 소리가 따로 없는셈. 이후 전개에선 배트맨의 고지식함은 그가 슈퍼맨을 막으려는 모든 계획들이 최종적으로는 실패로 끝나는 원인을 제공하게 된다.[7] 이때 슈퍼맨이 이해해주지않고 그저 계속 따지고 비난하는 배트맨한테 화가나서 배트맨의 마스크를 강제로 벗겨서 집어던져버렸고, 슈퍼맨의 비난에 분노한 배트맨도 슈퍼맨을 때리지만 오히려 손 뼈에 금이 간다.(...)[8] 데미안과 딕이 걱정되지도 않냐고 호소하기까지 한다.[9] 나이트윙은 여기에서 어떻게 13살짜리 애가 배트케이브에서 가장 음침한 놈이냐며 디스한다.[10] 몽둥이에 피가 묻을 정도로 두들겨팼다.[11] 초창기에는 여러모로 호평받은 인저스티스 프리퀄이지만 이 부분만큼은 황당하다보니 독자들한테서 "뭐 이런 막장 전개가 다 있냐"며 비난을 받았고 논란이 끊이지를 않았다. 다른 캐릭터도 아니고 신체 단련을 극한까지 한 배트맨 패밀리인 나이트윙이 고작 곤봉 한 대 맞고 몸을 못가누다가 죽었으니... 작가 말로는 한낱 인간일 뿐인 배트 패밀리가 지닌 인간으로서의 한계를 보여주고 싶었다고 한다. 문제는 지나칠정도로 개연성이 없고 뜬금포로 나갔던지라....프리퀄 코믹스의 내용을 압축한 애니메이션에서는 곤봉이 관자놀이에 직격해서 즉사한 것으로 묘사된다.[12] 사실 이 장면은 10화 초반 배트케이브에서 데미안이 나이트윙과의 대련에서 지자 홧김에 그의 뒤통수를 향해 곤봉을 던진 장면과 거의 동일하다. 10화에는 슈퍼맨이 때마침 등장해 곤봉을 막아줬지만 여기에서는...[13] 게다가 딕은 슈퍼맨이 곤봉을 막아줬을 때도 자기는 알고 있었다고 말을 하고, 데미안도 딕이 죽게되자 딕은 언제나 당연한 듯이 그런 공격은 제대로 막아왔었다고 절규한다.[14] 헌트리스, 블랙 카나리, 그린 애로우, 블랙 라이트닝, 캡틴 아톰 등[15] 제시 퀵. 하지만 그녀도 메트로폴리스가 핵폭탄으로 인하여 파괴될 당시에 죽어버리는 장면이 나온다.(…)[16] 심지어 부대장은 전혀 망설이지 않고 두개골을 박살내서 끔살시켰다. 그녀가 이미 살인에 거리낌이 없게 됨으로서 악당의 길을 걷게 된 셈이 된다 .[17] 특히 학살을 극대화하기 위해 지구의 대도시들을 중점적으로 공격해 인명 피해가 더 컸다.[18] 사실 이게 전체적으로 보면 상식적인 판단이다. 외계에서 온 괴물들이 전 세계의 사람들을 문답무용으로 학살하고 있었으니 윤리를 따질것 없이 막아야 하는게 상식이었다.[19] 언쟁을 하다가 헌트리스가 하필이면 배트맨의 본명을 부른게 화근이었다. 그래서 헌트리스도 자신의 실수를 후회한다.[20] 이때 플래시는 체스를 배운적이 없었는데도 저스티스 리그에서 체스에 대한 데이터베이스를 검색하고 플래시 전용 스피드로 돌려서 순식간에 익혀버린다.[21] 이는 슈퍼맨 레드선의 오마쥬로 보인다.[22] 게임 본편으로부터는 11년전[23] 재미있게도 이때의 슈퍼맨 복장은 리부트 이전 파란 타이즈위에 빨간 팬티를 입은 모습이다.[24] 단, 1편의 마샨 맨헌터 개인 엔딩을 보면 죽지 않았을 수도 있다.[25] 캣우먼은 최고의 도둑이기 때문에, 블랙 카나리는 음파 공격으로 만일의 경우 슈퍼맨의 신경을 분산시킬 수 있기 때문에, 캡틴 아톰은 레지스탕스 중 슈퍼맨을 거의 대등하게 상대할 수 있는 존재이기 때문에.[26] 켄트 부부는 이전에 정부의 사주로 납치된 전적이 있고, 배트맨은 바로 일전에 호크걸을 납치했다 풀어준 전적이 있다. 만약 슈퍼맨이 난입해 지금 광경을 보게 된다면 오해로 문제가 걷잡을 수 없이 커질 것은 자명한 일.[27] 핵폭탄 열 개와 맞먹는 힘이라고 한다 아무래도 이 시리즈에선 원더우먼이 제일 문제인 듯[28] 물론 배트맨에 대해서는 슈퍼맨의 오해다.[29] 자신들은 행선지조차 몰랐다며, 알았다면 블랙 카나리가 북극에 망사 스타킹을 입고 왔겠냐고 너스레를 떤다.(...)[30] 이 때 말빨이 실로 쩔어준다 과연 뱃신[31] 슈퍼맨이 배트맨의 등을 짓누르며 말하라고 윽박지르는데 배트맨이 "이제는 목적을 위해 고문도 서슴치 않는 네 모습을 기억해라" 라고 하자 슈퍼맨은 화들짝 놀라 손을 떼면서 "아니 난 그러려고 한게 아니야" 라면서 당황한다.[32] 전에 슈퍼맨이 자신을 부를 때 님(Master)을 붙이지 않아도 된다고 해서 가차없이 클라크 켄트라고 부른다.[33] 슈퍼맨: 레드 선의 오마주. 레드 선에서는 슈퍼맨이 저 말을 하며 모든 지구의 그린 랜턴들을 쓰러뜨렸지만, 인저스티스 세계관에서는 외계인들이 개입하니 속도보다 빠르다는 능력은 씨알도 안 먹혔다.[34] 물론 제정신이 아닌 조커가 딸을 살해할수도 있다고 생각한것도 있다.[35] 이 때 하는 말, Fuck Fate.[36] 이 세계의 그린 애로우는 5년전 블랙 카나리를 잃었다.[스포일러] 현재 나온 예언을 정리해 보면 "스왐프 씽이 자라나고 에트리간이 나타난다. 데드맨이 쓰러진 후, 나이트윙이 일어서리라. 래그맨은 패배하고 배신자들이 승리의 찬가를 부를 것이니. 원더우먼은 깨어나고 슈퍼맨은 눈을 감는다. 책략가는 추방된 뒤 조커가 돌아오리라."[38] 아마 스왐프 씽은 콘스탄틴과 배트맨에게 처리된 듯 하다.[39] 이 장면 때문에 굉장히 비난이 많았다. 바다에서는 제우스와 동급으로 평가받는다는 포세이돈이 너무나 무력하게 묘사되었기 때문.[40] 대한민국 국군도 점령한 것으로 나온다.[41] 그들 중에는 이어1에서 죽은줄만 알았던 스케어크로우도 섞여있다.[42] 원래 로그스와 플래시의 관계는 다른 빌런과 히어로의 관계에 비해 친근한 편이었다.[43] 배트맨의 만류에도 불구하고 슈퍼맨이 조커를 죽이는 장면. 프리퀄 코믹스와는 상황이 약간 다르다.[44] 즉, 게임 본편에서는 슈퍼맨의 지배를 받는 프리퀄 코믹스의 세계관과 정상적인 DC 유니버스의 세계관이 평행세계로서 공존하는 것이다.[45] 정상적인 DC 세계관의 메트로폴리스에선 푸른 하늘과 지구를 밑에서 들고 있는 슈퍼맨의 동상이 보여진 반면에, 프리퀄 세계관의 메트로폴리스에서는 칙칙한 하늘과 지구 위에 서서 위압적인 시선으로 내려다보는 슈퍼맨의 동상이 나와 대비를 이룬다.[46] 배트맨과 렉스 루터, 그리고 할리 퀸 일당. 하지만 말만 반란군이지 사실상 프리퀄 배트맨만이 반란군의 유지를 지탱하고 있다. 루터는 주로 자금을 지원해주고 할리 퀸은 실제 반란군은 아니지만 슈퍼맨을 적대하는 목적은 같으므로 협력하는 것.[47] 프리퀄 세계의 할리 퀸은 할리 퀸이라는 별명이 아니라 본명인 '할린'으로 불린다.[48] 해당 장을 끝으로 프리퀄 데스스트로크는 스토리 모드에서 종적을 감춘다.[49] 이를 알려준 이유는 당연히(...) 선한 의도는 아니고, 슈퍼맨이 승리하면 당장은 전쟁이 벌어지지만 장기적으로는 아레스의 힘이 되는 투쟁 자체가 멎을 것이기 때문.[50] 대면 직전에 프리퀄 레이븐이 슈퍼맨을 위해서 행동하는 것이 아닌 자신의 아버지인 트라이곤이 지구에 강림할수 있도록 임약하고 있었다는 사실이 밝혀진다.[51] 아무래도 프리퀄 할 조던도 샤잠의 죽음과 프리퀄 플래시의 말 등을 보고 고민을 하고 있었던 것으로 보인다.[52] 이때 원 슈퍼맨은 로이스 레인이 이 광경을 보면 두려워하고 역겨워할것이라고 팩트 폭행을 한다[53] 프리퀄 플래시의 경우, 후반에 마음을 돌려 고담 시 파괴에 대해 반란군에게 알려줬었지만 과거의 죄가 있어서 잡혀간다. 하지만 원 그린 애로우에게 보인 모습을 볼때 자기 죗값을 치룬다고 생각해서 큰 후회는 없는 듯 하며 그린 애로우도 각오를 하고 속죄를 선택한 플래시에게 경의를 표하는 모습을 보인다.[54] 이때 사이보그가 렉스의 묘비에 꽃을 헌화하고 돌아서서 가는 모습을 보인다.[55] 원 슈퍼맨은 입장 바꾸어 생각하면 자기 자신 또한 같은 짓을 저질렸을지도 모르고 우리는 우리의 진정한 능력을 알 수 없다고 프리퀄 배트맨에게 말했다[56] 오늘이 자기 생일이니까 살려달라고 하던 캘린더맨은 다행히 폭발 장치가 고장나서 살았다.[57] 블랙 카나리가 그런 걸 애 있는 집에 뒀냐고 잔소리 하지만 그린 애로우는 선반 위에 둬서 안전했다고 변명한다.[58] 로빈은 첫 등장부터 배트맨의 정의관에 대해 반감을 내비쳤는데, 수용소 경비를 제압하는 장면에서는 아예 "살인은 안 되지만 심각한 뇌 손상 따위는 괜찮다 이거죠?"라며 비꼰다(...).[59] Year 5에서 자즈를 죽인 것과 시간대나 동기가 다른 이유는 이 게임을 제작하던 시간대와 당시 Year 5 프리퀄 코믹스 스토리를 쓰던 시간대가 겹쳐서 일어난 불상사로 보인다.[60] 게임 내에서 전혀 설명을 안하기에 코믹스 내용을 모르면 슈퍼맨에게 죽었다는 그린 애로우가 왜 나오는지 이해 할수가 없다.[61] 이어 3에서 지옥으로 끌려간 건 알렉 홀랜드로, 스웜프 씽의 정신 자체는 살아남아 계속 늪지를 수호하고 있었다.[62]달리고 있는 플래시를 데드샷이 정확하게 저격했다.[63] 이때 할리 퀸이 힘겹게 슈퍼맨에 대한 이면을 모르는 슈퍼걸에게 동정심을 표하는 말을 하자 이때부터 슈퍼맨이 자신이 모르는 최악의 이면을 숨기고 있을지도 모른다는 의심을 품게 된다.[64] 이때 슈퍼걸의 대사가 일품이다. "너는 누구의 아들이야? 조-엘의 아들? 아니면 조드 장군의 아들?"[65] 외부 공격에 의해 함선이 약화되면서 브레이니악의 힘도 줄어들고 있었다고 한다. 완전히 혼자 힘만은 아닌 셈.[66] 코스트 시와 함께 할 조던의 가족들과 캐럴 페리스도 아작이 났고 할은 뒷배경에서 크게 절망한 모습을 보여준다. 이 때문에 "에메랄드 트와일라잇" 스토리라인을 인저스티스3로 만들고 패럴랙스 할 조던이 다음 편의 최종보스로 나오지 않겠냐는 소리도 나오는 중.[67] 다만 싸움 직전에 둘 사이의 우정을 잠시 회상했던 것을 보면 아주 조금이나마 옛정이 남아있어서 살려두었다고 볼 수도 있다.