태국의 항공사인 타이 이스타젯(Thai Eastar Jet)과 모회사-자회사 관계가 아니냐는 의혹이 있다. # 공식적으로는 관계를 부인하지만, 영문 스펠링과 로고까지 같은 회사인데다가 지급보증을 서 주는 등 관계가 있다는 정황이 보인다.
타이 이스타젯은 세 차례 운항하고, 파타야에 737기를 방치한 채 휴업중이라고 한다. # 보면 알겠지만, 운항증명 취득을 위한 비행이지 상업운전도 아니다.
결국 해당 항공기는 등록번호를 HL8507로 부여받고 국내로 들어와 새 주인을 맞은 이스타항공 소속으로 운용될 예정이다. 공교롭게도 현재 국내에 남아있는 이스타항공의 737기[1]와 동일한 리스사, 동일한 연식, 유사한 과거 운용이력[2]이 있는 항공기들이다. 당연히 주인이 바뀐 현재도 "보유중인 항공기와 최대한 비슷하고 즉시 사용가능한 항공기를 찾다보니 그렇게됐고, 지급보증은 회생채권으로 변제가 됐다"며 두 회사의 관계를 애써 부정하고 있다.#
2016년 5월 25일 뉴스에 따르면 2013~2014년도 신입 조종사들에게 OT서 입사하기 위해서는 교육비 명목으로 1인당 8,000만 원이라는 이해하기 어려운 금액을 '선지급'하라고 요구하였다고 한다. 하지만 신입 조종사 9명이 이에 반발하여 이스타항공에 부당이득금반환소송을 청구하였다. 나머지 44명의 신입조종사들은 힘들게 모은 돈으로 산 지방의 아파트를 팔거나 제2금융권에서 대출을 받아 회사에 35억 2,000만 원을 납부하였다. 하지만 이마저 어려웠던 일부 조종사들은 입사를 포기하는 안타까운 상황이 벌어졌다. 해당기사 추후엔 회사 측에서 다시 돈을 돌려주라는 판결이 나왔다.
2015년 11월부터 2019년 3월까지, 최종구 전 대표, 김정식 전 대표, 창업주이자 당시 국회의원이었던 이상직 전 의원이 서류 전형과 면접 등 채용 절차에서 점수가 미달하는 지원자 147명(최종 합격 76명)을 채용하도록 인사담당자들에게 외압을 넣은 혐의로 2022년 11월 1일 기소되었다.221101_보도자료(이스타항공_채용비리_사건_수사결과)-전주지검.pdf
또한 2023년 6월 12일 열린 이 사건 공판에서는 이스타항공 전 청주지점장이 증인으로 나와 그 중 한 사례를 증언했다. 당시 국토교통부 직원 자녀가 서류전형에서 탈락하자 본사 내부에선 "비행기 못 뜨게 만들었다" "난리가 났다" "회사에 '클레임'이 들어왔다" 등의 말이 돌았으며, 이에 서류전형 합격처리 된 뒤 재차 최종 면접에서 또다시 불합격하여 당시 김정식 대표이사에게 전달하자 '왜 이제 얘기하냐'는 말이 나왔고 며칠 뒤 합격 처리됐다고 한다. #1#2
2011년 6월 30일 김포국제공항에서 이스타항공의 기장이 술 마신 다음 날 보딩 브리지에 들어가다가 국토부의 불심 검문에 걸렸다. 물론 결국 검문에 걸린 기장은 다시 빠졌고 다른 기장으로 교체됐다. 교체된 기장이 탄 비행기는 30분 늦게 이륙. 술 마신 기장 측정 결과 혈중 알코올 농도 0.042%가 나왔지만 이미 기준 제한인 항공 업계 종사자의 단속 기준치인 0.04%을 초과한 상태라 해당 기장은 1개월 운항 정지 및 2,000만 원의 벌금을 부과했다.
2014년 7월 ZE203편의 좌측 엔진에 불꽃이 피어오르는 사고가 있었다. 이 증상이 엔진에 화재가 발생한 엔진 파이어 상태인지, 아니면 고여있던 엔진 오일에 불이 붙으며 소진되는 현상 이었는지에 대하여 논란이 있었으며, 이스타항공 측과 다수의 정비사, 조종사들은 엔진오일의 연소였기에 큰 문제가 없다[3]고 하였으나 해당 기장은 점검이 2시간 만에 끝났다며 정밀 검진을 요구 했다가 교체당하고 징계 위원회에 회부된 상태. 이스타항공 측에서는 큰 문제가 없는 것이 확인되어 운항을 지시했다고 하는데 해당 기사
2017년 12월 23일 인천국제공항 짙은 안개로 대거 운항지연 사태가 발생하면서 7시 20분에 나리타 국제공항으로 운항할 예정이던 ZE605편(HL8269)이 국토부 규정인 4시간을 훨씬 넘겨 14시간 이상 이륙하지 않고 승객들을 기내에 대기 시키다 극심한 공항 상황으로 21시 20분 가까이 되어서야 결항을 통보하고 승객들을 하기 시켰다. 이로 인해 해당 편의 승객들이 인 당 200만 원 손해 배상 청구 소송을 제기하였다. #
2018년 1월 13일 타이베이 쑹산 국제공항을 출발하여 김포국제공항에 도착한 ZE888(HL8096)편에서 내려 김포공항의 리모트 버스[4]에 탑승한 승객들 중 36명이 운전기사의 착오로 국내선 터미널에서 내리는 바람에 졸지에 밀입국자가 되었다. 보안 구역 외부로 2명이 나올 뻔했으나 공항 보안요원들의 제지로 실제 밀입국자는 발생하지 않았으며, 36명 모두 국제선 터미널에서 입국 심사 및 세관 심사를 다시 받고 예정보다 40분 늦게 공항에서 나왔다고 한다.#
2018년 12월 15일 그 유명한 737 MAX 8 의 첫 상업운항 노선인 인천발 푸꾸옥행이 내비게이션 문제로 7시간 지연 출발했다. 737 MAX의 대한민국 데뷔부터 호되게 신고식을 치른 것이다. # 더군다나 2019년 3월 에티오피아 항공 302편 추락 사고를 계기로 해당 기종 2대를 3월 12일부터 운항을 정지시켰다.
기사 2024년 7월 29일 휠체어로 탑승, 하기를 지원하는 교통약자석을 예매하여 이스타항공을 이용한 장애인에게 정작 도착해서는 리프트카도 없이 계단을 이용하게 하여 논란이 되었다.
[1] HL8374, HL8375[2] 처음에는 이 3대의 항공기 모두 리스사 GECAS를 통해 중국국제항공이 운용하였으며, 이후 현재 리스사로 반납, 그리고 각각 국내 이스타항공과 타이이스타젯이 나눠서 운용하였다.[3] 기종에 따라서는 종종 있는 일이며 큰 문제는 없다고 한다. 심지어 몇몇 기종은 이 불꽃을 매일 달고 다닌다고.[4] 이스타항공의 지상업무를 대행하는 샤프에비에이션케이 소속 리모트 버스였다고 한다.