628년에 스이코 덴노(推古 天皇)가 죽고, 9월에 장례를 끝마치자 아베노 우치마로(阿倍 內麻呂)와 상의해 군신들을 자신의 집에 모이게 한 뒤 우치마로를 시켜 타무라 황자(田村 皇子)를 조메이 덴노(舒明 天皇)로 즉위시켰다. 642년에 조메이 덴노가 죽고, 그의 황후가 고교쿠 덴노(皇極 天皇)로 즉위하자 이전처럼 대신에 임명되었고, 겨울 12월에 모든 나라 안의 백성, 180부곡을 징발해 미리 쌍묘를 만들었는데 하나는 '대릉'이라 하여 에미시의 묘로 삼았고, 하나는 '소릉'이라 하며 이루카의 묘로 삼았다고 한다.
643년 겨울 10월 6일에 병으로 조정에 나오지 못하게 되자 아들 이루카에게 멋대로 관직을 주어 대신의 자리에 준하도록 했으며, 11월 1일에 이루카가 쇼토쿠 태자(聖徳 太子)의 아들인 야마시로노오에 왕(山背大兄 王)을 공격해 궁지에 몰아넣어 그의 일가가 자결하게 되자 이루카에게 어리석어 난폭한 짓을 행하였으니 생명 또한 위태로워졌다고 질책했다.
644년 겨울 11월에 이루카와 함께 나란히 아마카시 언덕(甘橿丘)에 집을 지어 에미시의 집을 '위쪽의 궁문'이라 불렀으며, 화재 및 군사의 습격에 대비해 물을 담은 배를 세워놓거나 무기고를 만들고 장사를 배치하는 등의 조치를 했다. 645년 6월 8일에 나카노오에 황자(中大兄 皇子)가 이끄는 세력들에게 아들 이루카가 살해되자(을사의 변), 13일에 자신의 집에 불을 지르고 자살했다.