코드 기아스: Genesic Re;CODE

황력 2019년, 가면의 남자·제로가 신성 브리타니아 제국의 악역 황제 를르슈를 쓰러뜨린『제로 레퀴엠』에 의해서 세계에 평화가 찾아왔다.

그러나 그 이면에서는 이미 기어스의 근원인 집합 무의식적으로 이어지는『C의 세계』에 이변이 일어나고 있었다.
『내일의 소원』을 바란 소년의 순수한 마음이 운명과 인과, 사람의 의지가 작용하여, 결과적으로『C의 세계"는 본래의 기능을 잃고 세계의 일을 막는다.

이야기는 멈추어 버린 세계에서 일어난 기억도 없는 소년『알』이 갑자기 눈앞에 나타난 신비한 소녀 기기에서 소원을 바라는 것으로부터 비롯되었다.

세계를 멈춘 원인이『마지막의 달』이라고 불리는것이란것을 알고, 세계를 앞으로 나아가게 하려면 모든 시공에 떨어진 기어스의 조각을 모을 필요로 한다는것.
그리고 시공을 초월하는『위상 전이 기어스』을 가진 알이『관측자』여야 하는 것을 요구했다.

기기의 소원은『마지막 달』을 파괴하고 세계를 앞으로 나아가게 하는것.

알은 기기의 소원을 이뤄주기 위해서, 그리고 스스로의 기억을 되찾기 위해서 여행을 떠난다.
그러나 기어스를 쓴 뒤 깨어난 세계는 자기 자신이 아니다. 그것은 이야기를 만들어『기인』의 관측자로서 자각하게 된것이었다.