해협의 이름은 이탈리아 풀리아 반도의 도시 오트란토에서 따왔다고 한다. 오트란토 해협은 고대부터 중요한 지역이었다. 로마인들이 동쪽으로 군대를 수송할 때 오트란토 해협을 이용하자 알바니아 영토로 항해하는 데 단 하루밖에 걸리지 않았다고 한다.# 1917년 5월 14일 오트란토 해협 해전이 벌어졌다. 이틀간 오트란토 해협에서 오스트리아-헝가리 제국 해군과 연합국 해군 간의 교전이 일어났는데, 오스트리아-헝가리 해군이 영국 해군을 상대로 압승을 거둔 몇 안 되는 전투이다.