이 노선은 80년대 북항주택단지가 개발되면서 10번[1]과 함께 신설되었다. 초기에는 10번과 사실상 동일 노선으로 공단[2]을 출발하여 터미널, 시청, 2호광장을 경유한 후 10번은 동명어시장, 인수당한약방, 목포역, 북항 방향 순으로 시계방향으로 한바퀴 돌아 다시 공단으로 향하고 13번은 10번과 동일하게 운행하다가 10번의 순환 구간을 반시계방향으로 돌아 석현동으로 돌아가는 형태로 운행되었다.
북항지역 개발이 완료되지 않았던 시점에는 10번과 13번 모두 청호로에서 갑자기 좌회전 하여 좁디 좁은 북항주택로와 터진목로를 경유 다시 농협북항지점 쪽으로 빠져서 당시 전경부대가 있던 중앙시장 앞을 찍고 다시 그 길로 돌아와 목포대교입구 뱡항으로 향했다. 90년대 초 현재와 같이 직선화가 되었다.
90년대 들어서 하당지구가 개발되면서 우미1,2차 부영, 우성, 비파아파트를 경유하여 터미널로 나오는 형태로 노선이 추가되었다. 당시 백년로가 완전 개통되지 않은 상태였고,[3] 하당지역에서 구도심으로 가는 노선이 절대적으로 부족한 시기였기 때문에 양 노선 모두 이용객이 많았다. 물론 시에서도 문제점을 인식하고 있었기 때문에 시차원에서 이루어진 98년 이루어진 대중교통 개선방안 용역에 포함되어 두 노선을 남측 노선[4]과 북측 노선[5]으로 나누어 각각 직선화 하는 개선안이 나왔으나, 백년로 완전 개통이 지연되며 일단은 이 상태로 운행이 계속되었다.
이 노선의 운명에 획기적인 변화를 가져온 계기는 1997년 9월 29일 백년로의 완전개통으로 원도심과 하당신도심을 직접 잇는 도로가 생기게 되어 하당과 원도심 그리고 북항을 빠르게 잇는 노선이 필요하게 되었다. 이에 따라 중복노선이던 10번과 13번에 칼질이 가해지게 되는데, 2000년 11월 6일 부로 13번은 비파아파트 인근을 경유하지 않고 우성아파트에서 백년로를 타고 연동건널목을 거쳐 목포역까지 바로 빠지게 됨으로써 하루아침에 완벽한 간선노선으로 탈바꿈하게 되었고, 점점 승객이 증가하여 지금과 같은 노선이 되었다.
태원여객, 유진운수의 주력 노선이다. 1번과 30번 통합 전에는 이용객 수가 가장 많은 노선이었고, 또한 13번 시절 이 노선의 수익금이 나머지 흑자노선들[6]의 수익금을 합친것보다 많으며, 수익금이 2위인 1A번의 수익금보다 3~4배 정도 많았다. 66번으로 변경된 이후엔 다시 이용객 수 1위 노선이 되었다.
다른 순환버스 노선은 지선버스 역할을 하나, 이 노선은 유일하게 간선버스 역할을 하는 순환버스 노선이다.
13번 시절에는 하당지역에서도 가장 수요가 많은 지역만을 골라서 경유하고 하당에서 북항지역의 중고교에 다니는 학생들의 통학 노선의 역할을 하였고, 2024년 개편 이후로도 청호로 구간을 제외하고는 기존 선형을 그대로 유지하고 있어서 동일한 역할을 수행하고 있는데다가, 존재감이 거의 없는 낭만버스를 제외하고는 용해지구를 경유하는 유일한 노선이 되버려서 등하교 시간에 수요가 넘쳐나고 있다. 하지만 이용객 수 1위인 이 노선에 중형차량을 배정해 놓아서 공급량 부족 문제가 심각했었다. 이후 2024년 4월 5일에 수요량이 타 노선에 비해 적은 3번과 차량 교환을 하여 13번 시절과 동일하게 대형차량으로 운행하게 되었다.
[1] 현재의 10번과는 관련이 없다.[2] 지금의 석현동차고지[3] 이 도로는 하당지구 조성 당시는 하당지역만 지나던 산업도로였고, 지금의 용해동아아파트 사거리(당시는 삼거리)에서부터 시내방향 공사가 시작되어 점점 서쪽으로 뻣어나가 지금의 백년로가 되었다.[4] 13번과 유사[5] 2024년 이전의 10번과 유사[6] 1A번, 3번, 7번