1. 주인공 일행
2. 성 엘민 학원
- 오오이시 교장
눈의 여왕 가면에 대한 이야기를 짤막하게 설명해준다.
- 한야 교감
별명은 한냐. 전형적인 꼰대라 학생들에게 뒷담으로 까인다.
- 타카미 사에코
주인공 일행의 담임 선생. 현실에서는 밝은 성격이나, 이세계에서는 침울한 성격으로 나온다. 눈의 여왕 편에서는 8년 전에 친구 토모미와 눈의 여왕 역을 두고 경쟁한 사이이며 토모미가 사망하자 죄책감을 갖고 살아왔음이 밝혀진다.
- 요시노 나츠미
양호 선생. 요리를 잘 못한다. 눈의 여왕 편에서 휘프노스의 탑을 진행할 때 직접 만든 요리를 기대하는 남친에게 편의점 도시락으로 때우려는 모습을 보인다.
- 우치다 타마키
- 사토미 타다시
펜싱부 소속. 같은 부원인 타마키와 매일 투닥거린다. 눈의 여왕 편에서 휘프노스의 탑을 진행할 때 사실 타마키와 서로 좋아하는 사이임이 밝혀진다.
- 쿠로우리 츠토무
별명은 악마군. 도서실에 상주하고 있는 오컬트 매니아. 눈의 여왕 편에서 네메시스의 탑을 진행할 때 가시밭 위에서 팔굽혀펴기를 하는 고문을 당하는 모습으로 나온다.
- 요코우치 켄타
별명은 토로. 눈의 여왕 편에서 네메시스의 탑을 진행할 때 강제로 우유를 마시는 고문을 당하는 모습으로 나온다.
- 히메노 유코
2학년 4반 소속. 소노무라 마키의 친구. 현실에서는 집이 어려워 아르바이트를 하고 있으며, 이세계에서는 부잣집 딸로 나온다.
- 나이토 요스케
2개월 전에 데바 시스템에 의해 이세계로 오게 되었다. 카사이를 납치한 아키에게 덤벼들었으나 역으로 두들겨 맞았기 때문에 얼굴에 반창고를 덕지덕지 붙이고 있다. 이후 카사이를 만나 자신의 진심을 고백, 사건이 끝난 뒤 둘이 애정행각을 벌인다.
- 카사이 치사토
2개월 전에 데바 시스템에 의해 이세계로 오게 되었다. 이후 아키에게 마법의 거울을 받아 궁전을 세우고 블랙 마켓을 지배하는 '할렘 퀸'이 되었으며, 남자들을 모아 자기가 그린 그림 옆에 배치시켜놓고 칭찬하게 했다. 그러나 거울을 사용할 수록 그녀의 얼굴은 점투성이가 되어 갔다. 사실 자기보다 그림을 잘 그리고 인기가 많은 소노무라 마키를 질투하고 있었다. 그래서 마키가 나이토에게 호감이 있다는 것을 알게 되자 나이토에게 접근해 그와 사귀게 되었다.
주인공 일행이 자신의 그림보다 마키의 그림이 낫다고 하자 주인공과 마키를 제외한 멤버들을 돌로 만들어 버린다. 그러나 두 사람에게 패배한 뒤 본심을 털어놓게 되고, 나이토가 자신의 흉측한 얼굴을 보고도 여전히 좋아한다고 하자 본인 역시 나이토를 진심으로 좋아하고 있음을 깨닫게 된다. 이후 얼굴의 점도 사라지고 주인공 일행의 석화도 풀리게 된다.
- 히로세 쿠미
눈의 여왕 편에서 휘프노스의 탑의 수호자로 등장. 사용 페르소나는 휘프노스.
현실에서는 행복해질 수 없으나 꿈에서는 행복하게 살 수 있다고 믿고 있어, 성 엘민 학원에 있는 사람들을 재우고 꿈의 세계에 가뒀다. 정체는 눈의 여왕 역을 맡았던 피해자 중 한 명. 생전에는 전교 3등을 할 정도로 성적이 우수한 학생이었으나, 그녀의 부모는 1등을 해야 한다며 더 열심히 공부하라고 몰아붙였다. 이 때문에 눈의 여왕 역을 맡았으나 정작 나와서 연습을 하지 못해 연극부원들에게 부활동이 우습냐며 질타를 받았다. 이로 인해 정신적으로 궁지에 몰려 꿈의 세계로 도피한 것.
- 마츠다이라 미치코
눈의 여왕 편에서 네메시스의 탑의 수호자로 등장. 사용 페르소나는 네메시스.
추한 건 그 자체만으로 죄라며 악마 선생에게 쿠로우리와 켄타를 고문하게 한다. 정체는 눈의 여왕 역을 맡았던 피해자 중 한 명. 생전에는 동경하는 연극부 선배 옆에 있는 여학생을 퇴학시키거나, 교사를 매수해서 성적을 올리는 등 비열한 짓을 일삼았다. 사실 눈의 여왕 역도 뇌물을 줘서 얻은 것. 이 때문에 같은 반 학생들은 미치코를 매도하고 괴롭혔는데, 본인은 오히려 자신을 연약한 피해자라고 주장한다. 주인공 일행이 물리쳐도 마지막까지 반성하지 않는 인물.
- 야마모토 유리코
눈의 여왕 편에서 타나토스의 탑의 수호자로 등장. 사용 페르소나는 타나토스.
살아서 나이를 먹으면 추해질 뿐이니 자기처럼 가장 찬란하게 빛날 때 죽어서 이 탑에서 같이 살자고 한다. 정체는 눈의 여왕 역을 맡았던 피해자 중 한 명. 생전에는 가족과 친구들에게 둘러싸여 행복한 나날을 보내고 있었으나, 어느 날 이것이 내 생에서 최고로 행복한 순간이 아닐까, 앞으로는 인생이 내려갈 일만 남지 않았을까 라고 생각해 두려움에 시달리게 되었다. 그때 눈의 여왕 가면이 이대로 쭉 살게 해주겠다고 유혹했고, 정신을 차려보니 탑에 있었다고 한다. 당연히 현실에서는 그대로 사망.
- 후지모리 토모미
사에코 선생의 친구. 8년 전 연극부에서 사에코와 눈의 여왕 역을 두고 경쟁하던 사이였다. 경쟁 끝에 눈의 여왕 역을 맡게 되어 좋아하지만, 이내 사에코가 가면의 저주가 무서워서 자진 사퇴했다는 사실을 알게 된다. 그 후 가면을 썼다가 얼굴의 반쪽이 퍼렇게 변해버리며, 사에코를 불러내 가면이 떨어지지 않는다며 다 너 때문이라고 원망을 퍼붓는다. 사망한 뒤 눈의 여왕 가면에 혼이 갇히게 되며, 본편 시점에서 가면을 쓴 사에코에게 빙의한다.
주인공 일행이 악마의 거울을 비추자 토모미의 혼은 가면과 함께 사에코에게서 떨어져 나온다. 이때 토모미의 악한 면이 가면과 합쳐져 거대한 눈의 여왕 가면이 되나 주인공 일행에게 퇴치된다. 토모미는 거울에 비춰진 자신의 추한 모습을 보고 제정신으로 돌아오지만, 그녀의 페르소나인 밤의 여왕은 갈 곳을 잃고 폭주한다. 이후 악마의 거울을 방패로 바꿔준 뒤, 가면의 봉인을 강화하기 위해 눈의 여왕 연극에서 역대 주인공들이 입었던 의상이 있는 곳을 알려주고 성불한다.
- 소문을 좋아하는 남학생
- 소문을 좋아하는 여학생
- 사랑에 빠진 여학생
3. 세베크
- 칸도리 타카히사
- 타케다
칸도리 타카히사의 부하.
- 니콜라이 박사
데바 시스템의 개발자. 칸도리를 막기 위해 함께 죽을 각오로 시스템을 가동시키지만, 아키가 멈추는 바람에 실패한다. 데바 유가가 나타난 후에는 칸도리에게 세뇌당해 맛이 간 모습으로 등장한다.
- 소노무라 세츠코
소노무라 마키의 어머니. 세베크의 엔지니어로서 데바 시스템을 개발했으나, 칸도리의 음모를 눈치채고 경찰에게 알리기 위해 세베크를 탈출한다. 이후 칸도리의 부하에게 총을 맞고 쓰러졌으나 주인공 일행이 구출해 학교 양호실에 데려다 준다. 일행에게 세베크의 비밀 통로를 알려주고, 유령 저택에서는 차원 통로를 안정화시키는 활약을 한다.
4. 벨벳 룸
- 이고르
- 벨라돈나
'모든 사람의 혼의 시'를 노래하고 있는 가수.
- 나나시
'모든 사람의 혼의 시'를 연주하고 있는 피아니스트. 안대로 눈을 가리고 있다.
5. 그 외
- 아키
검은 옷을 입은 소녀. 정체는 소노무라 마키의 어두운 내면이 형상화된 섀도. 칸도리를 아빠라 부르며 따른다.
- 트릿슈
회복의 샘을 운영하는 요정. 요정계에서 장난을 너무 많이 쳐서 인간계로 추방당했으며, 선행을 많이 해야 돌아갈 수 있다고 하지만 돈을 너무 밝히는 탓에 돌아갈 날이 보이지 않는다. 페르소나 3에서 TV를 조사하면 트릿슈라는 리포터가 1, 2의 등장인물들의 이후 모습을 인터뷰하는 장면이 나온다.
- 야베 마리코
사립 야마쿠모 고등학교 소속. 초상 현상 연구회를 정식으로 설립하고자 하나, 담임이 인정해주지 않자 성 엘민 학원의 쿠로우리를 만나러 왔다. 눈의 여왕 편에서는 성 엘민 학원이 얼어붙자 멋진 초상 현상이라며 좋아한다.