츠구모 료코의 부친인 츠구모 젠조가 설립하여 경영하는 항공회사. 더빙판 OVA에선 동양항공으로 해적판 코믹스는 대왕항공으로 재명명했다.
작품 내에서는 JAL과 ANA와 맞먹는, 어쩌면 그보다 능가하는 위치를 가진 항공회사로서 등장한다. 신기종 채택에 있어서도 야마토 항공이 새 기종을 채택하면 다른 두 항공사도 그 뒤를 따를 정도.
하지만 맥웰 인터내셔널과 손을 잡은 칸자키 사토루의 음모로 인해 츠구모 회장은 회사의 경영권을 빼앗기게 되고, 츠구모 회장은 요양차 스위스로 떠난다(OVA에서는 파리). 그리고 칸자키는 맥웰의 신형 여객기인 MB-14형을 이용하여 여객운송에서 두 배의 이익을 올리지만, 부실한 안전장치 탓에 추락사고가 발생하여 엄청난 인명피해가 난다.
이후 야스다 타에코의 고발로 칸자키가 체포된 뒤의 야마토 항공이 어떻게 경영되었는가에 대해서는 작중에서 나오지 않으나, 어떤 과정을 거쳐서인지 몰라도 프로젝트4의 산하로 들어간 것은 분명하다. 밤바라에서 돌아온 카자마 신이 야마토 항공을 프로젝트4 세력으로부터 다시 매입한 후 프로젝트4의 군수품을 실어나르는 화물수송을 중단시켰기 때문. 한편 칸자키는 자기 인생의 유일한 오점이라고 생각해서 나름 애착을 가지고 있던 야마토 항공이 자기도 모르는 새 위원회의 결정에 의해 팔려나간 것을 알고 꽤나 분노했다. 그러면서 도대체 누가 사 간 건지 궁금해 하기도 했다.
회사를 사들인 신은 잠깐 동안은 자기가 직접 경영에 참가했으나 곧 전장으로 돌아가기로 결심하고 츠구모 회장에게 "1년만"이라고 부탁하여 다시 경영을 맡긴다. 그 후 돌아오지 못했으므로(몸은 돌아왔으나 정신은...) 경영은 계속 츠구모 회장이 맡았을 듯.