40화 타이치, 소라, 가루다몬과 함께 트로피아몬과 대치하나, 전투도중, 소라와 버드라몬을 구해주기위해 트로피아몬의 공격을 대신맞아 열매가되어버린다. 이후 소라가 타이치와 함께 다시구해주고, 가루다몬과 함께 필살기를 날려서 트로피아몬을 무찌른다.
43화 여기서는 구 애니판 20화처럼 메탈그레이몬으로 진화하여 다시 에테몬과의 대결을 펼쳤으나, 에테몬이 음파 공격으로 기가 디스트로이어의 탄도를 어긋나게 하는것도 모자라 퇴화시켜 버리기까지 한다. 물론 이번작의 에테몬은 구작과는 달리 악역이 아닌 반동인물 정도의 역할이다 보니 진지하게 싸울 필요는 없었다.
44화 ~ 47화 44화에서 47화에선 조역으로써 다른 디지몬을 조력하는 방향으로 싸운다 44화에선 엔젤우몬을 도와서 페탈드라몬을 진정시키고 45화에선 메탈가루몬이 패러사이몬을 쓰러뜨리는 장면을 지켜보고 46화에선 세피로트몬의 내부에 끌려들어가서 10화때 쓰러뜨린 메탈티라노몬과 싸운다 47화에선 세피토르몬한테서 빠져나와서 아토마데카르몬과 티라노몬을 쓰러뜨린다.
48화 땅속에서 무겐 캐논을 쏘며 나타난 파워드라몬을 상대로 엔젤우몬과 홀리엔젤몬을 제외한 완전체 6체가 다굴을 시도했지만 실패하고 메탈가루몬과 함께 궁극체 상태에서 싸웠다. 엔젤우몬의 버프를 받아서 파워드라몬과 구작처럼 1:1 일기토를 벌이는데 파워드라몬의 손톱에 가슴이 꿰뚫린 상태에도 처절한 사투끝에 그의 오체를 분리시키지만 파워드라몬이 몸통만 남은 상태에서 최후의 발악으로 타이치와 워그레이몬을 클라우드 대륙까지 함께 날아가 대폭발하고만다. 타이치와 아구몬은 일시적으로 리타이어.
49화 밀레니엄몬의 부활했을 때 불기둥을 일으키며 워그레이몬으로 진화하여 등장한다.
50화 검은 구체에 갇혀버린 다른 아이들을 구하기 위해서 혼자서 밀레니엄몬에게 돌진한다. 한번은 실패하고 다시 호수로 추락하나 다른 아이들의 격려로 다시 일어나서 밀레니엄몬의 공격을 브레이브 실드로 막은 뒤 턱을 브레이브 토네이도로 가격해서 구체를 뱉어내게 한다. 그 뒤 홀리드라몬이 만든 공간 안에서 밀레니엄몬과의 싸움을 지켜보다가 패배한 밀레니엄몬이 지드밀레니엄몬으로 변해 최후의 발악을 하자 대지에서 올라오는 희망을 끌어모아 모 작품을 떠올리게 만드는 모두의 힘을 끌어모은 가이아포스로 지드밀레니엄몬과 힘겨루기를 하다가 끝내 지드밀레니엄몬을 산화시킨다.
51화~57화 가비지몬의 연락으로 디지몬 세계의 모든 지식이 모인다는 지식의 나무를 찾아가서, 와이즈몬으로부터, 새로운 적이 다가올것이라는 이야기를 듣는다, 그리고 갑작스럽게 나타난 바프몬의 공격으로부터 지식의 나무를 지켜내고, 파트너인 타이치의 디지바이스만이 가르키는 방향이 정해지지않아서 소라와 함께 이동하게되고, 이동하던중 불시착한 화산지대에서 가루다몬이 호우오우몬으로 진화하는 것을 지켜보고는, 정크몬과 함께 막내들과, 죠가 있다는 온천으로 향한다. 온천에서는 고마몬과 온천을 되찾으려는 죠의 계획을 도와주고, 54화에서는 디지몬들이 난동을 피우는 황무지에서 리벨리몬, 큐트몬을 만난다. 그리고 리벨리몬이 볼트몬을 쓰러뜨리고, 강한적을 찾아나선다고 여행을 가자, 배웅해준다. 55화에서는 뜬금없이 클라우드 대륙의 디지몬 학교[1]에 갑자기 나타난다.[2] 그리고 반쵸콩알몬이 빅 콩알몬과 콩알몬군단을 이끌고 공격해오자, 할배몬과함께 어린디지몬들을 지켜낸다. 56화에서도 한밤 중, 대나무 숲에서 잔바몬과 싸우다가 위기에 처한 야마토를 도와주는 것으로 등장. 워그레이몬, 메탈가루몬으로 진화해서 공격했으나, 잔바몬에게는 효과가 없었고, 다음날 해가 뜰때까지 어떻게든 버텼다고 한다. 그리고 야마토와 가브몬이 스트라비몬을 따라서, 황금의 기사가 남겼다고 하는 무기를 찾으러 간사이, 대신 잔바몬과 맞서고 있었고, 워가루몬이 크레스가루몬으로 진화하는 것을 목격한다. 야마토와도 떨어져서 단독으로 행동하던 중, 하늘에 갑자기 나타난 눈에의해 어디론가 빨려들어가고, 그 곳에서 아르고몬들과 맞닥뜨리게 된다. 그들이 인간의 언어로 인사하며 진화[3], 갑자기 타이치와 아구몬의 유대를 시험한다며 타이치를 촉수로 붙잡고는, 무수히 많은 타이치들로 분열시킨다. 진짜를 찾아야하는 상황에서 고뇌하지만, 이럴 때 타이치라면 어떻게 할까라며, 다시금 생각하고, '용기의 버프'로 가짜 타이치들을 날린 뒤, 그레이몬-메탈그레이몬-워그레이몬으로 순서대로 진화하며, 아르고몬들을 쓸어버린다.
콜라보 스토리에서 리부트 타이치와 함께 본편 이후의 V테이머 세계에 불려가게 되어 V테이머세계의 타이치, 제로와 협력해 수정체를 파괴하려하나 당시의 아구몬은 완전체는 커녕 성숙기인 그레이몬이 한계였기에 수정제에서 궁극체 바이러스종 디지몬이 나오자 한방에 아구몬으로 퇴화한다.[4] 그러나 끝없이 몰려오는 적을 홀로 상대하는 제로의 모습에 그의 머리에 올라타선 자기도 함께 싸우겠다고 말하고, 두명의 타이치의 용기의 공명에 의해 워그레이몬[5]으로 워프진화해 같이 진화한 알포스브이드라몬 초궁극체와 함께 수정체를 파괴한다.