1. 1편 줄거리
때는 1920년대, 당시 유럽은 그린델왈드의 득세로 혼란스러운 시기였다. 영화가 시작하자마자 어느 대형 저택에서 그린델왈드가 자신을 포위하는 마법사 일당들을 일망타진하는 장면이 나온다. 그 후에는 그린델왈드 관련 소식과 각 나라마다의 대처[1] 등의 이슈를 담은 신문기사들이 해리 포터 5편[2]처럼 빠르게 지나간다. 그런데 어느 순간 그린델왈드가 유럽에서 자취를 감추게 된다.
1926년 겨울, 당시 미국 뉴욕에선 정체모를 습격들이 일어나고 있었다. 미국 마법사 의회(MACUSA)의 오러 퍼시발 그레이브스는 현장을 탐사하면서 무슨 일이 있었는지를 파악한다.[3] 한편 마법 동물을 수집하고 연구하는 뉴트 스캐맨더가 뉴욕으로 들어오게 된다. 대형 여객선에서부터 자꾸 그의 가방 잠금장치가 풀려서 뉴트는 상당히 걱정스러워하고 있었다. 항구에서 내려 세관 검사를 할 때 세관원이 미국에 처음 왔는지, 먹을 것이 안에 있는 지를 묻는다. 그 때도 잠금장치가 풀려 뉴트가 "고쳐야겠다"고 말하지만 수상히 여긴 세관원이 가방 안을 보겠다고 한다. 이에 뉴트는 '머글용' 위장 장치를 써서 세관원 눈에는 그 가방 안이 여행 용품들로 보이게 하였다. 결국 무사히 검사를 통과한 뉴트는 은행 앞에서 메리 루 베어본이 "마법사들이 여전히 우리 옆에서 위협을 가하고 있다"며 '제2의 세일럼회'를 선전하는 것을 보게 된다. 그 때 뉴트는 제이콥 코왈스키와 처음 마주쳤고 메리 루를 지켜보던 관중들 속에는 핫도그를 먹고 있던 티나 골드스틴도 있었다.
그런데 니플러가 가방에서 탈출해 걸인이 모은 동전을 훔쳐 은행으로 달아나자 뉴트가 쫓아간다. 은행으로 들어온 뉴트는 제이콥과 벤치에 동석했다가 은행을 들쑤시던 니플러를 발견해서 오캐미의 알을 떨어뜨리고 가고, 빵집을 차릴 목적으로 은행에서 대출을 받으려던 제이콥은 담보가 없다는 이유로 거절당했다. 그런데 갑자기 제이콥이 갖고 있던 오캐미의 알이 부화하려 하자 뉴트가 소환 마법으로 제이콥을 끌어 당기고 순간이동으로 은행 지하로 간다. 은행 금고 문틈으로 파고드는 니플러를 발견한 뉴트는 알로호모라로 금고 문을 열고 들어가 니플러를 잡는다. 그러나 은행장이 이 광경을 보고 신고하자 뉴트가 페트리피쿠스 토탈루스로 은행장을 제압한다, 결국 경찰 병력이 등장하자 제이콥과 함께 순간이동으로 도주하고 뉴트는 제이콥의 기억을 지우려 하지만 제이콥은 가방으로 뉴트를 때리고 도망간다. 은행 입구부터 뉴트를 수상하게 본 티나가 노마지(제이콥)의 기억을 지웠는지를 묻고 뉴트는 하지 못했다고 한다. 결국 법률 위반을 이유로 티나는 뉴트를 미국 마법사 의회 본부로 압송한다.
MACUSA로 오게 된 티나와 뉴트. 티나는 피쿼리 대통령을 만나러 가지만, 대통령은 시내에서 일어나고 있는 정체불명의 존재의 습격 사건에 대해 이 야기를 하고 있던 중이었고, 오러의 자격이 없는 티나를 힐난하며 물러가게 한다. 쫓겨난 티나는 일단 법률 절차에 따라 뉴트가 지팡이 사용 허가증을 받았는지 체크하려고 하나, 그때 마법부 직원 한 명이 들어와 티나가 제 2의 세일럼 회의 집회를 보러간 사실을 알고 그녀를 갈군다. 직후 들어온 퍼시발 그레이브스가 뉴트의 가방에 대한 이야기를 듣고 가방을 열자, 가방 안에 가득한 빵을 보고는 전부 아연실색한다. 은행에서 만난 제이콥과 가방이 뒤바뀌었던 것이다.
장면이 전환되어 은행에서 대출을 못 받고 실망하여 집으로 돌아온 제이콥은 할머니의 사진을 보면서 신세를 한탄한다. 그리고는 뉴트의 가방을 침대에 올려놓고 쉬고 있었는데...갑자기 가방의 잠금쇠가 저절로 풀리며 들썩 거리기 시작한다. 이상함을 느낀 제이콥이 가방에 가까이 접근하자 머트랩이 튀어나와 그를 공격하고 뒤이어 에럼펀트[4], 빌리위그, 오캐미, 데미가이즈 등의 동물들이 풀려나버리는 사태가 발생하고 만다. 한편 가방을 찾으러 거리로 나온 뉴트와 티나는 이 사고 현장을 목격한다. 수많은 노마지들이 당시 상황을 증언하는데 그 중 하나가 거대한 동물을 봤다고 말하려는 찰나 뉴트가 기억을 수정하여 가스 폭발로 말하게 한다. 제이콥의 집에 도착한 뉴트는 아수라장이 된 현장을 마법으로 복구하고 자신의 가방을 확인하지만 몇 마리가 탈출한 것을 알게 된다. 그리고 탈출한 동물들 중 하나인 머트랩을 잡는데 성공한다. 그렇지만 머트랩에게 물린 제이콥이 이상증세를 보이자 티나가 자신의 집으로 갈 것을 권유하며 뉴트와 함께 제이콥을 부축한다. 그들이 떠나면서 제이콥의 할머니 사진이 걸린 액자가 떨어지며 니플러가 등장한다.