전편에서 GDI에 의해 전원이 내려져버린 카발을 Nod가 다시 수복하게되는데, 카발은 Nod을 도우면서 그 와중에 GDI가 태시터스 해석을 위해 접근해오자 협조하는 듯한 모습을 보이며 자신을 제외한 태시터스을 해독할 수 있는 유일한 사람인 트라토스를 암살하고, 태시터스가 해석이 거의 다 되자 태시터스를 빼앗은 다음에 Nod의 이너 서클들을 암살한 다음, GDI와 Nod 모두를 배신하고 사이보그 군대를 이용한 지구 정복을 꾀하게 된다. 이에 GDI와 Nod가 일시적으로 전쟁을 중단, 공동전선을 구축해 카발의 사이보그 부대를 공격하였고 카발의 최종병기 코어 디펜더를 파괴하는 것으로 전쟁은 종결되었다. 태시터스는 다시 GDI에게 회수되었으며, 이후 해독작업은 계속되었다. 한편 Nod는 카발의 음모로 사망한 이너 서클 수뇌부들 대신 안톤 슬라빅이 직접 조직을 재편하게 된다.
파이어스톰 발매 당시 최초 미션부터 코디악 낙하 추락사건이 언급되며 설정에 관심이 많던 매니아들 사이에선 마이클 맥닐을 사망처리한게 아니냐는 이야기를 하게 되었다. 하지만 커맨드 앤 컨커 3 타이베리움 워 시기에 이런 저런 설정이 부가되던 중 22보병사단의 사령관쪽에 있는 설정이 부가되어 사망처리는 되지 않았다. 그 대신 당시 코디악에 탑승했던 부관 찬드라, 브링크는 추락 사고로 인해 사망한 것으로 확인.
Nod 엔딩에서는 카발의 목소리가 변경되며 케인의 목소리로 변하고 거대 인큐베이터 시설 중심에 케인의 모습이 나오게 되는데, 이것이 당시 팬들에게 카발=케인이라는 공식을 성립시키는 요인이 되었지만 이후 커맨드 앤 컨커 3 케인의 분노에서 카발은 그저 리전의 하위 A.I. 중 일부라는 언급이 나왔고, 데이터베이스중에 인큐베이터에 있던 케인은 치료중이었다는 내용이 나와 카발=케인이라고 보기 힘들게 되었다.[1]