| <rowcolor=#373a3c,#b8b8b8> 회차 | 제목 | 시놉시스 |
| <rowcolor=#373a3c,#dddddd> 시즌 1 |
| 제1화 | 큰 도시 | 사무라이가 되고 싶은 우사기. '니오에도'라는 도시로 향한다. 그곳에서 천 년 동안 감옥에 갇혀 있던 악당을 의도치 않게 풀어주고 만다. |
| 제2화 | 요괴 | 팔, 다리, 눈알이 여러 개 달린 거미의 모습을 한 요괴 카게히토와 싸우는 우사기와 친구들. 요괴의 공격으로부터 코가네 님을 보호해야 한다. |
| 제3화 | 빙의 | 우사기, 키츠네, 치주, 겐이 문화박물관에 간다. 오랫동안 버려진 물건에 사는 요괴와 어떤 모습으로든 변신하는 요괴를 만나게 되는데. |
| 제4화 | 달려 토끼, 달려 | 겐은 치료를 받으러 병원에 가고, 우사기와 키츠네는 모구라와 박쥐 비행대 사이에서 벌어진 싸움에 휘말린다. |
| 제5화 | 사부 | 도시 요괴 3인방을 물리치면 우사기의 사부가 되어 주겠다고 하는 카라스텐구. 후와 대장은 기운석을 훔쳐 니오에도를 지배하려는 계획을 개시한다. |
| 제6화 | 아무도 닌자를 좋아하지 않는다 | 고양이 닌자단이 신전을 습격한다. 치주는 어느 편에 서야 할지 갈등하는데. 한편, 겐은 알바를 하러 가고 우사기는 두 번째 요괴를 찾으러 나선다. |
| 제7화 | 위험한 잠입 | 우사기는 마지막 도시 요괴를 잡으러 치주와 함께 비밀의 도장에 간다. 하지만 결국 마음을 바꾸고. 카게히토는 찾아 헤매던 물건에 가까이 다가간다. |
| 제8화 | 돌아갈 거야 | 겐, 토시코, 치주, 키츠네에게 카게히토의 계획을 몰래 알려주는 치카부마. 마침내 우사기를 인정한 카라스텐구는 우사기의 수련을 시작하기로 한다. |
| 제9화 | 카게히토, 풀려나다 | 후와 대장과 닌자들에게 맞서 싸우던 친구들은 우사기와 다시 만나게 되고, 카게히토는 기운석에 열쇠를 붙이기 위해 맹렬한 공격을 퍼붓는다. |
| 제10화 | 영혼의 맹세 | 외계의 침략자가 들어오지 못하도록 입구를 닫으려 애쓰는 기운석. 하지만 중요한 조각 하나가 없다. 우사기와 친구들은 사라진 조각을 제때 찾을 수 있을까? |
| <rowcolor=#373a3c,#b8b8b8> 회차 | 제목 | 시놉시스 |
| <rowcolor=#373a3c,#dddddd> 시즌 2 |
| 제1화 | 엉망진창 훈련 | 기운석에게 무기를 선물받지만 그 이유를 모르는 치주, 키츠네, 겐. 자신을 사부로 내세운 우사기는 이 새로운 장비를 사용하도록 친구들을 훈련한다. |
| 제2화 | 강아지와 게임을 | 친구들이 아케이드에서 새로운 격투 게임을 해본다. 이제 요과와는 안 싸우겠다고 맹세한 우사기. 요괴가 깃든 해골인 오도쿠로에게 공격을 받는다. |
| 제3화 | 뽀송 조랑말 | 치주는 고양이 닌자단의 대장 자리를 걸고 후와 대장에게 도전한다. 한편, 키츠네가 생일을 축하해본 적이 없다는 사실을 알게 된 우사기와 겐. 키츠네를 위한 파티를 계획한다. |
| 제4화 | 닌자 꼬마 돌보기 대모험 | 도장이 삶의 전부가 아님을 닌자 아이들에게 보여주러 나선 우사기와 겐. 박쥐 비행대는 신전을 공격한다. |
| 제5화 | 또 다른 차원 | 다가오는 마키네의 침략에 대해 경고한 카게히토. 이후 친구들은 닌자와 두더지를 동맹으로 데려오기 시작한다. 후와 대장은 치주에 대한 복수를 계획한다. |
| 제6화 | 전쟁봇 | 귀중한 물건을 회수하기 위해 팀의 도움이 필요한 카게히토. 마키네 전쟁봇들이 도시 곳곳에서 나타나고 있는데, 대체 어디에서 온 것일까? |
| 제7화 | 버들가지 | 오도쿠로는 팀을 옛날 전투지로 데려간다. 여기서 우사기는 다가오는 침략을 막기 위해 조상의 검을 되찾으려 하는데. |
| 제8화 | 치주의 싸움 | 테츠진은 방어봇을 처음으로 선보이지만, 이 로봇을 조종할 사람이 필요하다. 치주는 고양이 닌자단을 이끌기 위한 마지막 싸움에서 후와 대장과 대결한다. |
| 제9화 | 알! | 키츠네의 애완동물 알이 무엇인지 그 정체를 깨달은 카게히토. 최악의 타이밍에 일어난 박쥐 비행대의 공격은 재앙을 불러와 마키네가 침략하게 된다. |
| 제10화 | 침공! | 마키네가 차원 문을 통해 거대한 괴물과 전쟁 봇 군대를 보낸다. 니오에도의 모두가 힘을 합쳐 싸워야 하는 상황. 도시를 구할 수 있을까? |