1. 과거
사실 밀리의 양친은 대학살 직전에 제퍼에 의해 살해당했다. 그 때문에 제퍼는 밀리를 여동생으로 아끼면서도 과거의 자신의 행동에 대한 죄책감을 느끼고, 특히 밀리 루트에서 밀리에게 사랑한다고 고백하는 것을 주저한다.제퍼는 과거 소속부대인 재검천칭(리브라)에서, 혈통파에서 벌이는 신병기 개발 프로젝트의 중심인물이자 예지보병(아쿠아리우스) 부대에 소속된 연구자인 밀리의 양친을 암살하라는 명령을 받고 일가의 호위병으로 잠입했었다. 제퍼 자신은 브랑셰 가족의 따뜻함에 편안함을 느끼고 임무 수행에 대해 갈등하면서도 결국은 밀리의 양친을 살해하고, 직후 벌어진 대학살 때 부모님을 찾아 헤매던 밀리조차도 살해하려고 한다. 하지만 밀리가 의식을 잃기 전에 제퍼가 살아있어서 다행이라고 하는 말을 듣고, 결국 제퍼는 소속부대를 이탈하면서 동료들을 살해하고 치토세의 한쪽 눈을 상처입히면서까지 밀리를 필사적으로 지켜서 현장을 빠져나간다.
2. 루트 분기 이전
3. 밀리(본인) 루트
마성들이 제퍼와 벤데타를 습격했을 때 진의 공방에서 일하다가, 발제라이드의 뒷조사를 하던 치토세가 진을 찾아오면서 함께 센트럴에 가게 된다. 진이 자신의 과거와 아쿠아리우스 부대에서 진행했던 연구, 마성들에 대한 진실을 밝히자 충격을 받는다. 직후 치토세가 부모님을 살해한 사람이 자신의 명령을 받은 제퍼라고 고백하면서 과거에 대해 사죄하자 쇼크를 받으면서도 제퍼를 원망하지는 않고, 오빠가 자신에 대한 죄책감 때문에 계속 곁에서 희생하는 것이 아닌가 고민한다.하지만 진의 충고를 받고, 제퍼가 우라노스와 싸우던 도중에 벤데타를 통해 서로 교신하게 되면서 진실을 알면서도 오빠를 사랑한다고 고백한다. 제퍼 역시 "너의 웃는 얼굴 이상의 행복은 존재하지 않는다"고 고백하면서 각성하여 우라노스를 쓰러뜨린다.
이를 지켜보던 벤데타는 자신의 역할은 이제 끝났다고 생각하고 제퍼가 밀리와 함께 행복하기를 바라면서 기능정지한다. 성전을 진행하기 위해서 벤데타의 힘이 필요한 발제라이드와 카구츠치가 다른 마성들을 움직이기 시작하면서 루시드가 제퍼를 끌고 가려고 하자, 설득을 통해 루시드를 막는다.
아수라를 쓰러뜨렸으나 한 팔을 잃은 제퍼에게 진의 의수를 이식하고, 제퍼와 함께 부모님이 잠든 공동묘지에 인사드리러 가서 루시드와 제퍼의 결전을 지켜본다. 이 때 밀리가 이식한 진의 의수가 오리할콘이었고, 그 안에 벤데타의 잔영이 깃들게 되면서 이런저런 우연이 겹치지만 결국 제퍼, 밀리, 벤데타 간의 가족의 정의 힘으로 제퍼는 결정적 순간에 벤데타의 아스테리즘이 다시 한번 발동하게 되면서 루시드를 쓰러뜨린다.
이후에는 제국군의 추적을 어찌어찌 피해서 제퍼와 함께 상국으로 망명하고, 아이와 셋이서 행복한 생활을 보낸다.
4. 치토세 루트
진의 공방에서 일하던 도중 갑자기 공방을 그만두고 자신과 함께 도망치자는 제퍼의 말에 당황하면서도, 제퍼가 하고싶은 대로 하게 해 달라는 벤데타의 말에 일단 따른다. 결국 제퍼가 이브의 습격 이후 치토세와 맺어지면서 도망칠 필요는 없게 되었다.이후에는 제퍼와 함께 반란군의 거점으로 오고, 벤데타와 함께 다니는 모습을 보인다. 벤데타와 함께 제퍼가 자신이 아닌 다른 여성과 맺어지는 것을 안타까워하면서도 둘 사이를 축복하고 제퍼가 행복해지기를 바라는 듯한 모습을 보인다.
5. 벤데타 루트
발제라이드와 대치한 밀리는 발제라이드가 외치는 이상이 결국은 자기 자신의 만족을 위한 것이고, 자신에게는 그의 제국을 위한 헌신이 필요 없다고 외치며 소중한 가족들을 희생시키는 발제라이드가 싫다고 한다. 이브 역시 자신의 충동을 극복하고 밀리처럼 강해지기 위해 밀리를 따라오고, 발제라이드는 밀리의 지적이 옳다고 인정한다. 그러나 그는 그래도 자신은 앞으로 나아갈 줄만 아는 파탄자라고 자조하면서, 밀리, 이브와 전력으로 싸울 준비를 한다. 그러던 중 마침 루시드가 발제라이드를 공격하면서 루시드에게서 흰 장미를 맡고, 그의 부탁에 의해 이브와 함께 잠시 피신한다.
제퍼, 벤데타과 카구츠치의 싸움에서는 이브의 보호를 받으면서 흰 장미 속에 깃든 루시드의 아스테리즘의 잔영으로 가족들을 돕는다.
엔딩에서는 진의 공방을 혼자 운영하면서 제퍼와 벤데타가 돌아오기를 기다리는 중. 공방에는 자주 보호자와 자칭 올케가 찾아오면서 돌봐주고 있다고 한다. 그러다가 결국 집 안에서 힘들어서 혼자 울음을 터뜨리지만 제퍼의 나이프와 벤데타의 리본이 밀리 앞에 나타나면서 언젠가는 가족들이 돌아올 거라고 믿고 기다리기로 한다.
벤데타 루트 이후를 다룬 CS판 외전에서는 진 헤이젤이 생전에 남긴 연구결과를 토대로 오리할콘은 인간이 사용하기에는 위험하고, 아다만타이트 쪽이 오히려 개발할 여지가 많다는 결론을 내린다.[1] 치토세의 의뢰를 받아 아다만타이트를 가공해서 에스페란토의 아스테리즘을 증폭시키는 결정핵을 발명하기 위한 이론을 구축한다. 사야 키리가쿠레와는 친구 사이로 발전. 우수함 때문에 상국의 스파이의 습격을 받지만, 이를 미리 알고 있었던 치토세와 사야가 습격자들을 물리친다. 군부에 들어가야 할 입장이었지만 치토세가 어떻게 막아 주었고, 리브레에서 밀리와 같은 또래의 부대원을 호위로 붙여서 같이 살게 한다는 조건으로 지금처럼 제퍼와 벤데타와 함께 살던 집에서 살며 공방을 운영하는 생활을 할 수 있게 되었다.
[1] 발제라이드와 카구츠치가 주도한 기존의 연구에서는 성전을 진행하기 위해 오리할콘 중심으로 연구가 이루어졌다. 아다만타이트에 대한 연구는 거의 이루어지지 않았기 때문에 연구 결과는 발제라이드나 마성들에게만 통용되고 일반 사람들에게는 응용하기 어려웠다.