크로노 트리거에 등장하는 이벤트 보스.
AD.2300년에 가면 만날수 있으며 제노사이드 돔(돔이긴 하지만 공장이다)의 모든 핵심. 마더 컴퓨터의 키가 다운되면 공장 전체가 다운 되는걸로 보아 제노사이드 돔 자체가 어쩌면 마더 컴퓨터라고 해도 거짓말이 아니다.
어딘가의 영화에 나오는 컴퓨터처럼 인류의 미래가 어두운 것을 깨닫고 인류만 없으면 라보스가 떠난 뒤 우리 기계들이 이 지구를 이끌어 나갈 수 있다라고 말한다.
참고로 제노사이드 둠은 모든 로봇들의 고향이며, 그렇기에 로보도 이 곳 출신.
일부 공략에서는 본체 뒤의 스크린[1]을 모두 파괴하지는 말라고 강조한 것도 있으나 이는 무시해도 무방하다. 스크린 3개를 모두 파괴할 시 마더 컴퓨터가 폭주하면서 전체공격기로 반격을 한뒤 일정시간마다 시간이 지날수록 거세지는 전체 대미지를 주는 것 때문에 그런 것 같은데, 마더 브레인의 체력이 매우 낮은 편이라 아군의 최종기가 갖춰진 상태라면 그냥 최종기 3번 긁어주면 그냥 다운되기 때문에 이쪽이 오히려 더 빠르다. 사실 이것도 주의해야 되는데, 스크린이 파괴되면 아군의 대미지가 점점 줄어든다. 웬만한 고렙이 아니라면 스크린 하나 남기고 단일 공격으로 때리는 것이 훨씬 낫다.
만약 저렙 플레이로 잡을려고 하면 루카의 최면 음파를 날려주자 운이 좋으면 스크린 3개가 전부 수면 상태에 들어가서 쉽게 잡을 수 있게 된다.
참고로 제노사이드 돔 초반부에 크로노 일행의 성능 테스트를 빙자하면서 졸개들을 내보내는데, 이것들 경험치와 스킬포인트가 꽤 짭짤한지라 정말 나중에 잡히는 이벤트 보스.[2]
후속작인 크로노 크로스에서도 언급한다.
크로노 크로스에서는 어나드 월드의 미래에서 폐기 당하고 대신 페이트를 만들어 크로노폴리스의 시스템을 대신하게 되지만 현대(A.D. 1010)에서 폭풍우가 치던 날 페이트 안에 숨어있던 마더 브레인이 페이트를 장악하였고 세르주를 구하기 위해 크로노폴리스 안에 들어온 세르주의 아버지, 와즈키의 몸을 빼앗았다.