당시에는 분지 아래쪽에 범람원이 있었기 때문에 구석기 및 승석문 시대 이후의 고고 유적지 분포는 적었다.
헤이안 시대 후반기에는 각 분지에서 장원이 성립되었지만, 북동부 나카다테 및 니시아라이 부근이 하치죠인령 카마타 장원, 서쪽 지역 끝 카미산죠와 시모산죠 부근은 도호쿠인령 후세 장원에 속해 있었다. 카마쿠라 시대 때 카마타 장원의 관리자 카마타 마사키요와 각 분지에 토착한 가이겐 가문의 일족인 아사리 가문의 존재가 발견되었다.
에도 시대 근세기에는 11개의 마을이 성립되었다. 모든 마을이 에도 시대 초기 때 막부직할령으로 인해 겐로쿠 시대 고후번 영토를 거쳐 1724년 가이 일국이 막부직할령화되자 관직 대리가 농촌을 지배하면서 카미이다 대관이 지배했다. 근세 때는 분지 아래 부분에 수해가 잇따르며 치수공사가 진행되었다.
1836년에는 카이 일국 규모의 백성들이 단결하면서 봉기를 일으킨 텐포운동으로 피해가 이르렀다.
고후 분지를 흐르는 카마나시 강과 후에후키 강 등을 모아 지하에서 나온 물은 풍부하고, 벼 농사를 중심으로 한 농촌 지대로 발전해 왔다. 1972년 고후지구 광역시정촌권의 지정으로 기업권 유치를 진행하는 등 적극적으로 광역 행정을 추진해 왔다.
1980년에는 국립 야마나시의과대학교가 개교했고, 1983년에는 야마나시의과대학부속병원이 개원했다. 이때부터 교육 시설 지구로서의 특색을 지니게 되었고, 도시화와 동시에 늘어난 인구수 증가률은 전국에서 유수한 신장세를 나타냈다.