제주방어사령부는 제주특별자치도 제주시에 주둔했었던 해군의 지역 방어 사령부였다.
한국 전쟁 중인 1950년 12월 11일, 북한군에게서 제주도를 방어하기 위해 제주시 건입동에서 "해군 제주기지"로서 창설되었다. 모슬포 대정읍에 있는 제1훈련소 맞은 편에 해병대 훈련소를 설치하여 3, 4기 해병을 훈련하였다. 1972년, 사령부를 서귀포시 연동의 정실마을로 이전하였다. 1974년, 제6해역사령부로 개편되면서 제91, 92, 93 해병대대를 창설하여 제주도 지상 방위를 강화하였다. 1986년, 방위 범위를 제주도 전역 및 주변섬으로 넓히면서 제주방어사령부로 개편되었다.
2016년, 제주 해군기지의 건설이 끝나면 제주방어사령부는 해체되었다. 지상 방위는 차후 창설되어 제91, 92, 93 해병대대를 지휘할 제9해병여단이, 그리고 해역은 제주 해군기지가 건설이 끝나면 부산 해군기지에서 건너올 제7기동전단이 각각 경비 및 방위 임무를 맡게 된다. 그리고 11월 30일, 사령부 주둔지에서 제9해병여단이 창설되었다. 예정대로 제주방어사령부는 해체되었으며, 남은 인원은 제주 해군기지로 옮겨가 기지전대에 합류했다.
한국 전쟁 중인 1950년 12월 11일, 북한군에게서 제주도를 방어하기 위해 제주시 건입동에서 "해군 제주기지"로서 창설되었다. 모슬포 대정읍에 있는 제1훈련소 맞은 편에 해병대 훈련소를 설치하여 3, 4기 해병을 훈련하였다. 1972년, 사령부를 서귀포시 연동의 정실마을로 이전하였다. 1974년, 제6해역사령부로 개편되면서 제91, 92, 93 해병대대를 창설하여 제주도 지상 방위를 강화하였다. 1986년, 방위 범위를 제주도 전역 및 주변섬으로 넓히면서 제주방어사령부로 개편되었다.
2016년, 제주 해군기지의 건설이 끝나면 제주방어사령부는 해체되었다. 지상 방위는 차후 창설되어 제91, 92, 93 해병대대를 지휘할 제9해병여단이, 그리고 해역은 제주 해군기지가 건설이 끝나면 부산 해군기지에서 건너올 제7기동전단이 각각 경비 및 방위 임무를 맡게 된다. 그리고 11월 30일, 사령부 주둔지에서 제9해병여단이 창설되었다. 예정대로 제주방어사령부는 해체되었으며, 남은 인원은 제주 해군기지로 옮겨가 기지전대에 합류했다.