크게 1차 라운드와 결승 라운드로 나누어 진행하며, 1차 라운드에서는 그룹 당 4개팀씩 세 그룹으로 나누어 리그를 진행한다. 한 팀은 다른 세 팀과 한경기 씩 총 3경기를 치르며, 각 그룹 1위 3팀과 2위 팀 중 가장 성적이 좋은 한 팀이 결승 라운드에 진출한다. 결승 라운드도 1차 라운드와 동일하게 한팀은 다른 세팀과 한경기씩 총 3경기를 치른다.
2024시즌의 경우 결승 라운드 1위 팀은 JFL로 바로 승격하게 되고, 2위 팀은 JFL 최하위 팀과 승강 플레이오프를 치르게 된다.
협회는 3곳의 중립 경기장을 미리 정해 1차 라운드 각 그룹에 한 경기장씩을 배정한다. 즉, 1차 라운드가 끝날 때까지 계속 동일한 경기장에서 경기를 치르게 된다. 결승 라운드도 중립 구장에서 치러지며 역시 라운드가 끝날 때까지 계속 동일한 경기장에서 경기를 치른다.
1차 라운드와 결승 라운드 모두 승부차기와 연장전이 존재하지 않고 90분이 지나서 동점이 되면 무승부로 처리하게 된다.
1차 및 결승 라운드는 승리 시 3점, 무승부 시 1점, 패배 시 0점의 승점을 부여하며 먼저 승점을 기준으로 순위를 가린다. 승점이 같을 경우 득실차 > 팀 득점수 > 해당 팀들 끼리의 맞대결 성적 > 반칙 포인트 순으로 순위를 가리고 그래도 순위가 정해지지 않을 경우 추첨을 실시한다. 단, 각 그룹의 2위를 비교할 때에는 해당 팀들 끼리의 맞대결 성적은 기준에서 제외된다.
결승 라운드 2위 팀이 JFL 15위 팀과 승강 플레이오프를 치르기로 되어 있었지만 동년 10월 3일 JFL 소속 소니 센다이 FC가 JFL 탈퇴를 결정하면서 팀 수가 줄어들었고 소니 센다이 FC를 제외한 JFL 최하위 팀이 결승 라운드 2위 팀과 JFL 승강 플레이오프를 치르는 것으로 바뀌었다. JFL에서 직접 강등당하는 팀은 사라지게 되었다.
