전작의 행복을 대신하며 전작처럼 미덕, 인격 특성, 협정으로 올릴 수 있는 전역 건강과 도시 건물을 올리거나 타일에 건강을 부과해서 도시별로 "산출"해내며 도시 인구수 이상으로는 산출할 수 없는 지역 건강이 따로 있다. 문명5에서는 나머지 행복 수치가 축적되어 황금기 발동에 사용되었지만, 이번 작에서 건강수치는 누적되지 않는다. 대신 현재 건강상태에 따라 보너스 / 페널티가 주어지는 방식으로 변경되었다.
각도시의 4 인구당 0.75의 건강을 떨어트리며, 건강을 확보하는 방법은 미덕, 건물 그리고 불가사의를 통해서 얻을 수 있는데 사치품등으로 간단하게 전역 건강을 충당할 수 있는 수단이 없는 본작의 특성상 건물이나 미덕이 쌓이는 중반 이전까지는 마이너스 건강은 원시티가 아니면 피할 수 없다.
발매 초기에는 건강 페널티가 워낙 약해서 건강 무시하고 막 멀티 하면서 깡 산출량으로 커버하는 방식이 많이 쓰였지만 2014 겨울 패치로 건강이 낮아질수록 페널티가 무지막지해져서 최소한의 관리는 해야 한다. 그래도 전반적으로 -20까지는 큰 지장이 없는 수준이기 때문에 +로만들 수 없으면 -20까지는 큰 지장 없이 운영할 수 있다. 설령 -20보다 아래로 내려가도 전작과는 달리 유닛 전투력이 낮아지거나 반란군이 생기거나 쿠데타로 도시가 넘어가는 일은 없기 때문에 "난 이제 내정 안 하겠다!"고 작정하면서 최후의 전쟁을 벌여도 문제없다. 역으로 건강이 +일 때 이득이 생각보다 커졌다. 건강 45 이상으로 유지만 한다면 모든 도시에 과학, 문화, 생산, 인구증가 +20% 보너스 받는데 전반적으로 배수가 적은 게임 특성상 이 보너스는 매우 강력하다.
- -21 ~ -70 - 생산력이 포인트당 1%감소(최대 -50%)
- -16 ~ -65 - 적의 첩보로 음모증가량 포인트당 2%증가(최대 100%)[1]
- -11 ~ -60 - 과학이 포인트당 1%감소(최대 -50%)
- -6~ -55 - 문화가 포인트당 1%감소(최대 -50%)
- -1 ~ -50 - 도시성장이 포인트당 2%감소(최대 -100%)
- -1 ~ -50 - 전초기지성장이 포인트당 2%감소(최대 -100%)
- 0 ~ 5 - 효과 없음
- 5 ~ 25 - 생산력이 포인트당 1%증가(최대 20%)
- 10 ~ 30 - 적의 첩보로 음모증가량 포인트당 2%감소(최대 -40%)
- 15 ~35 - 과학이 포인트당 1%증가(최대 20%)
- 20 ~ 40 - 문화가 포인트당 1%증가(최대 20%)
- 25 ~ 45 - 도시성장이 포인트당 1%증가(최대 20%)
- 25 ~ 45 - 전초기지성장이 포인트당 2%증가(최대 40%)
[1] 과거에는 -10되면 100% 증가여서 너무 공격적으로 멀티를 하면 첩보로 도시들이 줄줄이 반란을 일으키는 모습을 보였지만 이제 그런 걱정이 적어졌다. 물론 그 대신 다른 패널티들이 매우 커졌다.