미스터리 작가 나카무라 미사오에게 '할아버지께 상속받은 양옥집에서 기묘한 일이 벌어지고 있으니, 해결해 달라'는 의뢰 편지를 받은 코고로. 발신인을 젊은 여성으로 추측하여 기대하며 찾아가지만, 중년의 남성 두 명이 코고로와 코난, 란을 맞이한다. 양옥집의 원래 주인이었던 사람이 유명한 시계 장인이어서, 저택 내부는 각종 시계로 가득 차 있는데...
「나카무라 미사오」라는 인물로부터 모리 탐정 사무소에 의뢰가 들어왔다. 뛰어난 시계 장인이었던 할아버지에게 물려받은 신비한 양옥의 수수께끼를 풀어달라는 것이다. 편지 내용을 통해 의뢰인이 아름다운 여성일 것이라고 추측한 코고로는 서둘러 양관으로 향하지만, 그곳에서 맞이한 사람은 미사오라고 소개한 남자와 그의 형이었다. 실망한 코고로 일행 앞에서, 양관 안의 시계들이 일제히 울리기 시작한다! 동물 모양으로 디자인된 가구들, 같은 위치에 상처가 난 디지털 시계... 신기한 장치들이 숨어있는 양관 안에서 코난은 다락방에서 수상한 기운을 느낀다.